資本金1000万円未満でも消費税がかかる特定新規設立法人

2026年3月1日

朝比奈蒼

この記事のポイント

✓特定新規設立法人届出は
✓資本金1000万円未満で作った会社でも設立1期目から消費税を納めることになる場合の届出です
✓5億円と50億円の基準

結論から書きます。資本金を1,000万円未満にしておけば設立から2年は消費税を納めなくてよい、という理解は半分しか当たっていません。株主が大きな会社や高収入の個人であるときは、資本金がいくらであっても1期目から消費税を納めることになります。その状態を特定新規設立法人と呼び、該当したら専用の届出書を税務署に出します。

特定新規設立法人届出という言葉で検索する人の多くは、すでに会社を作ったあとか、作る直前の設計で迷っている段階にいます。ここでは判定の順番、届出書の出し方、該当したあとに何年続くのかを、国税庁の手続案内と記載要領、それに条文をそのまま確認しながら整理します。

特定新規設立法人とは、資本金が小さくても消費税を納める会社のこと

先に、大もとの仕組みを1文で押さえます。消費税には、前々年度の売上が小さい事業者は納税を免除するという扱いがあります。この前々年度のことを基準期間と呼びます。

新しく作った会社には、1期目にも2期目にも前々年度が存在しません。だから原則としてこの2期は納税義務が免除されます。これが「設立から2年は消費税がかからない」と言われる理由です。

ただし例外が2つ用意されています。1つが新設法人の特例で、事業年度の開始日における資本金が1,000万円以上なら免除されません。もう1つが、この記事の主題である特定新規設立法人の特例です。

その事業年度の基準期間がない資本金1,000万円未満の法人（社会福祉法人を除きます。以下「新規設立法人」といいます。）のうち、その事業年度開始の日において特定要件に該当し、さらにその新規設立法人が特定要件に該当する旨の判定の基礎となった他の者および他の者と特殊な関係にある法人（特殊関係法人）のうちいずれかの者（判定対象者）のその新規設立法人のその事業年度の基準期間に相当する期間（基準期間相当期間）における課税売上高が5億円を超える法人（以下「特定新規設立法人」といいます。）については、その課税期間の納税義務は免除されません。出典: nta.go.jp

条文の引き写しなので読みにくいと思います。中身を日常の言葉に置き換えると、こうなります。資本金が1,000万円未満の新しい会社であっても、その会社を支配している人や会社の規模が大きければ、免除の恩恵は与えない。ここでいう規模の線が、課税売上高5億円です。

つまり判定は会社の資本金だけでは終わりません。株主が誰で、その株主がどれくらいの規模なのか。ここまで見て初めて答えが出る仕組みになっています。

免税の仕組みに穴を開けた理由

なぜこんな面倒な制度があるのか。背景を知っておくと、判定の意図が読めるようになります。

消費税の免税は、もともと小規模な事業者の事務負担を軽くするための扱いです。売上が1,000万円に届かない個人商店に、仕入税額控除の計算や申告書の作成まで求めるのは重すぎる。そういう発想の制度でした。

ところが、この扱いは資本金と設立年数だけで決まるため、規模の大きな会社が子会社を作るたびに2年分の免税が付いてくる形になっていました。事業部を切り出して子会社にする、新ブランドごとに別会社を立てる。そのたびに2年間の納税義務が消えるなら、制度の趣旨からずれます。

そこで、支配している側の規模を見る仕組みが後から足されました。正直なところ、この判定は小規模な会社にとっては過剰に複雑です。ただ、対象になるのは大きな親を持つ会社に限られるので、株主が自分と家族だけの会社なら判定の入口で外れます。自分がどちら側にいるのかを先に確かめる、というのが正しい読み方になります。

判定は2段構え。まず持株、次に規模

判定は必ず2段階で進みます。順番を飛ばすと答えを間違えます。

1段目は特定要件の判定です。 他の者が、その会社の発行済株式の50%超を直接または間接に持っているかどうかを見ます。消費税法施行令第25条の2は、次の場合を挙げています。

・他の者ひとりで50%超を持っている場合・他の者と、その親族等を合わせて50%超を持っている場合・他の者と、その関係者が完全に支配している法人を合わせて50%超を持っている場合・議決権の50%超を持っている場合

ここで見落とされやすいのが親族等の合算です。自分が40%、配偶者が20%を持っている会社は、本人だけなら50%以下でも、合わせて60%になるので特定要件に該当します。

2段目は規模の判定です。 1段目で浮かび上がった人や会社を判定対象者と呼び、その基準期間に相当する期間の課税売上高が5億円を超えるかを見ます。判定対象者には、特定要件の基礎になった他の者本人だけでなく、特殊関係法人も含まれます。

特殊関係法人とは、その他の者と、生計を一にする親族等が完全に支配している別の法人のことです。逆に、生計を別にしている親族が支配している法人は非支配特殊関係法人として判定から外れます。同居して家計をともにしているかどうかで扱いが変わる、という点だけ覚えておけば実務上は足ります。

1段目と2段目の両方を満たしたときだけ、特定新規設立法人になります。株主が個人1人で、その人の年間の課税売上高が数百万円なら、1段目に該当しても2段目で外れます。逆に、親会社の売上が10億円あっても、持株が30%なら1段目で外れます。

そしてこの判定は、1期目と2期目のそれぞれの事業年度開始の日に、別々に行います。1期目で外れたから2期目も安心、とはなりません。1期目の途中で株主構成が変わった場合、2期目の開始日の状態で判定し直します。

5億円に加わった50億円の基準

この制度には、比較的新しく足された線があります。令和6年10月1日以後に開始する課税期間からは、課税売上高5億円の基準に加えて、総収入金額50億円の基準でも判定されるようになりました。

令和6年10月1日以後に開始する課税期間からは、判定対象者の基準期間相当期間における課税売上高が5億円を超える場合に加え、売上金額、収入金額その他の収益の額の合計額が50億円を超える場合も、特定新規設立法人に該当します。この「売上金額、収入金額又はその他の収益の額の合計額」とは、国内において行われる資産の譲渡等の対価の額に限らず、国外において行われる資産の譲渡等の対価や資産の譲渡等の対価以外の収入も含みます。出典: nta.go.jp

この2つの基準は性質がまったく違います。5億円のほうは国内の課税売上高だけを見ます。50億円のほうは、国外の売上も、売上以外の収入も全部足します。

国税庁の記載要領には、何を足すのかが具体的に書かれています。損益計算書上の売上高、受取利息、有価証券利息、受取配当金、有価証券売却益、為替差益、貸倒引当金戻入益、固定資産売却益、負ののれん発生益など、すべての収益の額が含まれるとされています。

なぜこの線が足されたのか。5億円の基準は国内の課税売上高だけを見るため、海外での売上が大きい会社や、国内では非課税の取引が中心の会社は、規模が大きくても基準に届かないことがありました。そこに50億円という別の物差しを当てた、という構図です。

小規模な会社を作る立場からすると、50億円は遠い数字に見えます。ただし判定対象者が海外に本体を持つグループ会社であるとか、投資会社である場合は現実味が出てきます。株主に法人が入っている会社は、国内の課税売上高だけで判断せず、決算書の収益の合計を確認したほうが安全です。

届出書は「速やかに」。期限が日付で決まっていない

該当することが分かったら、消費税の特定新規設立法人に該当する旨の届出書を出します。国税庁の手続案内は次のとおりです。

［提出時期］事由が生じた場合、速やかに［提出先］納税地を所轄する税務署長［手続根拠］消費税法第57条第2項、消費税法施行規則第26条第6項出典: nta.go.jp

「速やかに」という書き方に戸惑う人が多いところです。開設から1か月以内、設立から2か月以内といった他の届出と違い、この届出には日付の期限がありません。

ただし、期限がないことと出さなくてよいことは別です。納税義務そのものは届出を出したかどうかに関係なく発生します。届出を出さなかったからといって免税事業者に戻れるわけではなく、申告と納付の義務は残ったまま、税務署の側は把握が遅れる。後から指摘されて、過去の期間の消費税をまとめて納めることになるほうが負担は重くなります。

提出方法は、パソコンからe-Taxソフトのウェブ版で作って送る方法、e-Taxソフトをダウンロードして使う方法、紙で作って持参または郵送する方法の3つです。税務署の窓口は8時30分から17時まで開いており、閉庁日は時間外収受箱に投函すれば提出したことになります。

ここで、よく似た届出との違いを1つ挙げておきます。資本金1,000万円以上で新設法人に該当する場合は、法人設立届出書にその旨と所定の事項を書けば、消費税の新設法人に該当する旨の届出書を別に出さなくてよい扱いがあります。ところが特定新規設立法人には、この省略の扱いがありません。法人設立届出書を出したから終わり、とはならないので、別の1枚として用意します。法人設立届出書そのものの期限や添付書類は、国税庁の内国普通法人等の設立の届出の案内で確認できます。設立登記の日から2か月以内、添付は定款の写しです。

届出書の欄ごとの書き方

様式は1枚です。記載要領に沿って、埋める欄を見ていきます。

消費税の特定新規設立法人に該当することとなった事業年度開始の日。1期目から該当するなら設立日、2期目から該当するなら2期目の初日を書きます。

設立年月日。法人を設立した日、つまり設立登記の日です。

事業年度。定款で決めた会計期間を書きます。1期目が変則的に短い場合でも、ここには通常時の事業年度を書くと記載要領に説明されています。

事業内容。具体的に書きます。「各種サービス業」のような広い書き方ではなく、実際にやっていることを書きます。

イ特定要件の判定の欄。ここが1段目の判定を書き写す場所です。

特定要件の判定の基礎となった他の者の納税地等と、氏名または名称
その者が直接または間接に保有する株式の数または金額
新規設立法人の発行済株式等の総数または総額
3のうち2が占める割合

この4つを書くと、50%を超えていることが数字で示される構成になっています。他の者が個人で事業をしていない人なら、納税地の欄には住所または居所を書きます。

ロ基準期間に相当する期間の課税売上高又は総収入金額の欄。ここが2段目です。判定対象者の納税地等、氏名または名称、基準期間に相当する期間、その期間の課税売上高、その期間の総収入金額を書きます。

この欄には親切な省略の規定があります。判定対象者が、特定要件の判定の基礎となった他の者と同じ人である場合は、納税地等と氏名または名称の欄を書かなくてよいとされています。上の欄に同じことを書いているからです。

参考事項の欄。イの欄に書いた人と、ロの欄に書いた人が違う場合に、その関係を説明します。たとえば株を持っているのは社長個人だが、5億円を超えているのは社長が100%持っている別会社である、といったケースです。この関係が読み取れないと税務署の側で判定を追えないので、図や文章で補足しておくと問い合わせが減ります。

該当したあと、3年続く縛りがある

特定新規設立法人に該当すると、1期目から課税事業者になります。ここまでは分かりやすい。問題は、その先に別の縛りが待っていることです。

基準期間がない課税期間、つまり1期目か2期目のうちに、調整対象固定資産を買って、その期の申告を一般課税で行った場合、その期から3年を経過する日の属する課税期間まで、免税事業者に戻れません。あわせて、その間は簡易課税制度を選ぶこともできません。

調整対象固定資産とは、棚卸資産以外の資産で、建物とその付属設備、構築物、機械装置、船舶、航空機、車両運搬具、工具器具備品、鉱業権などのうち、1つの取引単位の価額が税抜き100万円以上のものを指します。

100万円という金額は、事業を始めたばかりの会社でも普通に超えます。厨房設備、撮影機材、サーバー、社用車。どれも1台で100万円を超えることがあります。設備を買った年の消費税は還付になることが多いので、一般課税を選ぶ判断そのものは合理的です。ただしその選択が、3年間の身動きの取れなさとセットになっている点は先に知っておくべきでしょう。

簡易課税とは、実際の仕入れを集計せず、売上に業種ごとの一定割合を掛けて納める税額を計算する方法です。事務負担が軽く、業種によっては納税額も小さくなります。3年間これを選べないということは、その間ずっと帳簿を細かく付けて一般課税で申告し続けるということです。

なお、インボイス制度の登録をしている場合は前提が変わります。適格請求書発行事業者は、基準期間の課税売上高や、この記事で扱っている免除の特例の適用があるかどうかに関係なく、納税義務が免除されません。登録している会社にとっては、特定新規設立法人に該当するかどうかは納税義務の有無ではなく、届出をどう出すかという手続の問題になります。

似ている3つの制度を並べて見分ける

会社設立の場面では、消費税の判定に関する制度が3つ4つ同時に出てきます。混ざりやすいので表にします。

制度	判定のポイント	該当したときの届出
新設法人の特例	事業年度開始日の資本金が1,000万円以上	消費税の新設法人に該当する旨の届出書（法人設立届出書への記載で代替可）
特定新規設立法人の特例	資本金1,000万円未満で、株主の持株50%超かつ規模5億円超または50億円超	消費税の特定新規設立法人に該当する旨の届出書（代替なし）
特定期間の判定	前事業年度の前半6か月の課税売上高と給与等の支払額がともに1,000万円超	消費税課税事業者届出書【特定期間用】
基準期間の判定	前々事業年度の課税売上高が1,000万円超	消費税課税事業者届出書【基準期間用】

設立2期目を判定するときは、特定新規設立法人の判定だけでは終わりません。1期目に特定期間が生じている場合は、特定期間の課税売上高等による判定も必要になります。判定の入口が複数あり、どれか1つでも引っかかれば課税事業者になる、という構造です。

記載要領には、設立第2期目以降に該当したときに出す届出書が4種類並べて書かれています。課税事業者となることを選択する場合は消費税課税事業者選択届出書、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えた場合は基準期間用、特定期間の課税売上高等が1,000万円を超えた場合は特定期間用、新設法人に該当することとなった場合は新設法人の届出書。どの理由で課税事業者になったかによって、出す紙が変わります。

会社を作る前に決めておくと後が楽なこと

ここまでの内容を、設立前の設計に落とし込みます。

株主構成を先に固める。 特定要件は持株の割合で決まるので、誰に何%持たせるかがそのまま判定結果になります。親会社の出資を50%以下に抑えるのか、それとも課税事業者として始めることを織り込むのか。資本政策の話であって、税務の話ではありません。

判定対象者の売上を確認する。 株主が法人なら、その会社の直近の課税売上高と、決算書の収益の合計額を見ておきます。5億円と50億円、どちらの線にも届かないなら、この制度は関係なくなります。

設備投資の時期を考える。 1期目に100万円以上の設備を買う予定があるなら、3年間の縛りを前提に資金繰りを組みます。逆に、設備投資が2期目以降になるなら、その期の選択肢は広がります。

インボイスの登録をどうするか決める。 取引先が課税事業者ばかりなら、登録しない選択は現実的でないことが多い。登録するなら、免税かどうかの議論は最初から成立しません。

このあたりは金額と事情で結論が変わります。株主構成や設備投資の金額が具体的に決まっている段階なら、所轄の税務署か税理士に事前に確認してください。ここで書いているのは、確認するときに何を持っていけばよいかの整理です。

「基準期間に相当する期間」はいつからいつまでか

判定の2段目で出てくる「基準期間に相当する期間」は、言葉が重くて読み飛ばされがちですが、ここを取り違えるとどの年度の数字を拾うかがずれます。

考え方の起点は、新しく作った会社の事業年度が始まる日です。消費税法施行令第25条の4は、この日を新設開始日と呼び、そこから2年前の日の前日から1年を経過する日までの期間を軸に定めています。

判定対象者が個人の場合は、その期間の中に12月31日が来る年の1月1日から12月31日までが、基準期間に相当する期間になります。個人の所得は暦年で区切るので、暦年に置き換えるわけです。

判定対象者が法人の場合は、その期間の中に終わった事業年度が、基準期間に相当する期間になります。判定対象者の決算月が何月かによって、拾う年度が変わります。3月決算の会社と12月決算の会社では、同じ設立日でも見る年度が1つずれることがあります。

そしてもう1つ、年換算の規定があります。基準期間に相当する期間が1年に満たない場合は、その期間の金額を月数で割って12を掛けた金額で判定します。判定対象者自身が設立して間もない会社である場合に効いてくる規定です。半年で3億円の売上があった会社は、年換算で6億円になるので、5億円の線を超えます。半年分の数字をそのまま見て「5億円以下だから大丈夫」と判断すると、答えを間違えます。

課税売上高の計算には細かい調整も入ります。売上の返品や値引き、割戻しをした分は、その金額を差し引いて計算します。輸出取引に係る対価の返還等も含めて調整する仕組みです。決算書の売上高をそのまま書くのではなく、消費税の計算に使う課税売上高を拾う、という点を押さえておいてください。

持株比率だけでは決まらない。間接保有と議決権

特定要件の判定は「株を50%超持っているか」で説明されることが多いのですが、条文はもう少し広く網を張っています。見落としやすい2つを挙げます。

1つは間接保有です。条文には「直接又は間接に」と書かれています。社長個人が新会社の株を持っていなくても、社長が100%持っている別会社が新会社の株を60%持っていれば、社長は間接に60%を保有していることになります。株主名簿に個人の名前が出てこないので気づきにくい場面です。

もう1つは議決権です。施行令第25条の2は、株式の数や金額とは別に、議決権の50%超を持っている場合も特定要件に当たると定めています。対象になる議決権は、事業の全部または重要な部分の譲渡、解散、継続、合併、分割、株式交換、株式移転、現物出資に関する決議に係るものなどです。種類株式を使って、持株比率は抑えつつ重要事項の議決権を握るという設計をしている場合は、株の数だけ見ていると判定を外します。

そして先に触れたとおり、個人が他の者である場合は親族等の分も合わせて数えます。ここでいう親族等は、民法でいう親族の範囲を基礎にした広い概念で、配偶者や子だけではありません。家族で少しずつ出資して作った会社は、1人ずつの比率が小さくても合計で50%を超えることがあります。

実務上の進め方としては、株主名簿を作った時点で、個人株主ごとに「本人」「親族」「本人または親族が完全に支配している会社」の3列を作り、合計が50%を超える組み合わせがあるかを機械的に見るのが確実です。感覚で「うちは大株主がいないから大丈夫」と判断するのがいちばん危ない。

判定を誤ったときに起きること

該当しているのに免税事業者として扱ってしまった場合、何が起きるのかを書いておきます。

まず、申告そのものをしていないことになります。消費税の確定申告は、課税期間の末日の翌日から2か月以内が期限です。期限を過ぎてから申告すれば、無申告加算税と延滞税の対象になります。税務調査で指摘されてから申告する場合と、自分で気づいて申告する場合とでは扱いが変わるので、気づいた時点で所轄の税務署に相談するほうが結果的に軽く済みます。

次に、預かっていたはずの消費税の問題があります。免税事業者のつもりで請求書を出していても、取引の対価には消費税相当額が含まれているのが通常です。納税義務があった以上、その分を納めることになります。売上が大きければ、まとまった金額を後から用意する話になります。

逆のパターン、つまり該当しないのに課税事業者として申告していた場合も、無害ではありません。設備投資をして還付を受けていたなら、その還付が過大だったことになります。

もう1つ、見落とされやすい損があります。該当していることに気づかないまま1期目を過ごし、その期に大きな設備投資をしていた場合です。課税事業者なのですから、本来は仕入れにかかった消費税を控除して還付を受けられたかもしれません。申告をしていなければ、その機会は使われないまま過ぎます。期限後申告で取り返せる場合もありますが、条件が絡むので個別の確認が要ります。

判定の材料は、設立の時点でほぼそろっています。株主名簿と、株主側の直近の決算書。この2つを設立の週に確認しておけば、あとから慌てる場面はほとんど作らずに済みます。

確認した結果は、形に残しておくことをおすすめします。誰が何%持っていて、判定対象者は誰で、その課税売上高と総収入金額がいくらだったのか。これをA4で1枚にまとめて、株主名簿の写しと株主側の決算書の該当ページを添えておく。税務署から問い合わせが来たときも、2期目の判定をやり直すときも、この1枚があれば数分で答えられます。1期目と2期目で判定を別々に行う制度なので、1期目の結論を残しておかないと2期目に同じ調べ直しをすることになります。

株主構成が動いたときも同じです。増資で新しい株主が入った、既存株主が持分を譲渡した、親会社が合併した。どれも持株比率と判定対象者を変える出来事です。変更登記をした月に、その1枚を更新する習慣をつけておけば、次の事業年度の開始日に判定材料がそろった状態で迎えられます。手間としては年に1回か2回、10分程度の作業です。

会社の形を決める前に、手取りの構造を見ておく

消費税の判定に神経を使うのは、それが手元に残る金額を直接変えるからです。同じ売上でも、納税義務があるかないかで年間の資金繰りは変わります。ただ、手取りを決める要素はそれだけではありません。

職種ごとの相場を把握しておくと、法人化の損益分岐が見えやすくなります。ソフトウェア作成者の年収・単価相場では全国平均と都道府県別の水準が確認でき、発注の中心地と居住地の差をどう交渉に使うかの材料になります。文章まわりの仕事なら著述家，記者，編集者の年収・単価相場が同じ見方で使えます。

単価を押し上げる方向で資格を足すなら、企業の文書整備に直結するビジネス文書検定や、ネットワークの保守運用につながるCCNA（シスコ技術者認定）が継続案件と相性がよい部類です。案件の種類そのものを広げたいなら、AIコンサル・業務活用支援のお仕事やAI・マーケティング・セキュリティのお仕事のように、企業の課題に直接入っていく仕事の形が参考になります。開発の受託を軸にするならアプリケーション開発のお仕事の整理が近いでしょう。

20年この市場を見てきた運営者の立場から言えば、法人を作ったあとに安定するかどうかを分けるのは、案件の数より1件あたりに残る金額です。仲介が間に入らない直接の取引は、依頼する側から見れば同じ予算でより多くを頼めて、受ける側から見れば手数料0%の分だけ手取りが厚くなる。この差は1件では小さく見えますが、消費税や社会保険料という固定の支出を抱えたあとには、そのまま資金繰りの余裕になります。

税金まわりの知識を自分で持っておくことも、同じ方向の備えです。確定申告メリットを最大化！フリーランスが知るべき節税と還付のコツでは経費と還付の考え方が整理されており、法人を作ったあとの役員個人の申告でもそのまま使えます。手元資金の置き方まで考える段階になったら、【20年で2倍？】毎月10万円の積立投資で資産形成する最強のポートフォリオの長期試算が判断材料になります。職種ごとの収入差をさらに細かく見たい場合は、UI/UXデザイナーの平均年収は？職種別の収入格差を公開【2026年版】も同じ軸で読めます。