Shopify 個人事業主｜EC構築と確定申告で押さえる5要素

Q: Q. 会社員の副業として活動している場合でも、開業届を出して青色申告ができますか？

可能です。ただし、副業の所得が「事業所得」として認められる程度の継続性や規模感 を持っている必要があります。単発の小遣い稼ぎ（雑所得）とみなされる場合は、青色 申告の特別控除は受けられないため、自身のビジネスの性質を事前に確認しましょう。

2026年2月23日

朝比奈蒼

この記事のポイント

✓Shopifyで個人事業主としてECを始める際の開業届・確定申告・経費計上・特定商取引法・住所表記の5要素を
✓料金プランや手数料データと併せて客観的に整理
✓初心者が最短で運営開始できる実務手順をまとめました

「Shopify 個人事業主」と検索する人の多くは、副業や独立を視野にECサイトを立ち上げようとしている段階にいます。プラットフォーム選定の悩みよりも、本当に知りたいのは「開業届はいつ出すのか」「Shopifyの利用料は経費にできるのか」「個人の住所を載せずに運営できるのか」といった、運営開始後に避けて通れない実務論点のはずです。

結論から書きます。Shopifyを個人事業主として運営するなら、押さえるべき要素は5つ。「開業届の提出」「料金プランの選択」「特定商取引法に基づく表記」「経費計上と確定申告」「販売手数料の把握」です。この5つを最初に整理しておけば、運営開始後に税務署や消費者庁の指摘で慌てることはほぼなくなります。

本記事は「Shopifyで売る」というハウツーではなく、「個人事業主としてShopifyを使う」ことに特化した実務ガイドです。料金、税務、法律、そして手数料コストまで、副編集長としてEC事業者を取材してきた経験を踏まえて客観的に整理しました。

Shopifyを個人事業主が選ぶ背景と市場動向

国内ECプラットフォーム市場では、Shopify、BASE、STORES、楽天市場、Amazonの5サービスが個人事業主層の主要選択肢となっています。中でもShopifyは、世界175カ国以上で利用されるカナダ発の越境EC対応プラットフォームとして、国内でも導入が拡大している傾向が見られます。

経済産業省の電子商取引に関する市場調査によれば、日本のBtoC-EC市場規模は22兆円を超え、物販系分野だけでも継続的に成長を続けています。この市場拡大の中で、個人事業主が小規模ECを立ち上げる動きも加速しています。

Shopifyが個人事業主に選ばれる主な理由は3点に集約できます。1つ目は、初期費用が事実上不要で、月額費用のみで始められること。2つ目は、デザインテーマが豊富でコーディング知識がなくてもプロ品質のサイトが作れること。3つ目は、決済・在庫・配送・税務連携までECに必要な機能が標準搭載されていることです。

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ただし、Shopifyは「個人向け」に最適化されたプラットフォームではありません。本来はあらゆる規模の事業者向けに設計されており、個人事業主が使う場合は法人と同じ料金体系・同じ手数料体系が適用されます。この点はBASEやSTORESといった「個人事業主向け無料プラン」を持つサービスと根本的に異なる部分で、コスト構造を理解せずに始めると月々の固定費が想定外の負担になる傾向があります。

正直なところ、Shopifyの料金プランは個人事業主にとって決して安くはありません。最も安いBasicプランでも月額数千円かかり、年間にすると数万円の固定費になります。販売実績がほとんどない立ち上げ初期にこの金額を払い続けられるかは、事業計画次第です。

開業届の提出は必須なのか｜青色申告との関係を整理

Shopifyで個人事業主として活動を始める際、最初に直面するのが「開業届を出すかどうか」という論点です。結論から言うと、Shopifyで継続的に販売する予定があるなら、開業届は出すべきです。

国税庁の規定では、事業所得が発生した日から1ヶ月以内に「個人事業の開業・廃業等届出書」を所轄税務署に提出することが義務付けられています。提出を怠っても罰則は科されませんが、青色申告の特典を受けるには事前に「所得税の青色申告承認申請書」を提出する必要があり、こちらは期限を過ぎると白色申告扱いになります。

青色申告のメリットは大きく3つあります。1つ目は、最大65万円の特別控除が受けられること。2つ目は、家族への給与を経費にできる「青色事業専従者給与」制度が利用できること。3つ目は、赤字を3年間繰り越せる「純損失の繰越控除」が使えることです。

Shopifyの場合、初年度はテーマ購入費、アプリ費用、商品仕入れ、撮影機材などで赤字になりやすい構造です。青色申告で赤字を繰り越しておけば、翌年度の黒字と相殺できるため、税務上の優位性は無視できないレベルになります。

開業届と青色申告承認申請書は、同時にe-Taxまたは紙提出で行うのが効率的です。詳細な手続きはe-Taxの公式サイトで電子提出の手順が公開されており、マイナンバーカードがあれば自宅から完結します。

私が個人事業主のEC運営者を取材した中で印象的だったのが、「開業届を出さないままShopifyで1年間販売し、確定申告のタイミングで初めて事業所得の存在に気づいた」というケースです。結果として青色申告の特典を1年分逃しただけでなく、帳簿の遡及作成に膨大な時間を費やすことになりました。開業届は紙1枚で済む手続きなので、販売を始めると決めた時点で出してしまうのが合理的です。

なお、副業として会社員がShopifyを運営する場合、年間所得が20万円を超えると確定申告が必要になります。所得は売上から経費を引いた金額で計算されるため、Shopify利用料、決済手数料、仕入れ費、配送費などを正確に経費計上することが節税の前提になります。

Shopifyの料金プラン｜個人事業主が選ぶべき選択肢

Shopifyは複数の料金プランを提供しており、個人事業主は基本的に下位プランから選ぶことになります。プラン別の特徴と、個人事業主にとっての判断軸を整理します。

Shopify公式が現在提供している主要プランは、Basicプラン、Shopifyプラン、Advancedプランの3種類で、それぞれ月額費用と決済手数料率、機能の制限が異なります。個人事業主の立ち上げ期はBasicプランから始めるのが一般的で、月商が100万円を超えてきたタイミングで上位プランへの切り替えを検討する流れになります。

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このプロモーションが示すように、Shopifyは無料体験期間と低価格スタートキャンペーンを継続的に展開しています。立ち上げ期の3ヶ月間を月額数百円で運営できる期間は、商品撮影・ストア構築・初期マーケティングに集中するための時間的猶予として活用できます。

ただし注意したいのが、月額料金とは別に発生する「決済手数料」と「取引手数料」の存在です。Shopify ペイメントを使った場合の決済手数料は国内クレジットカード決済で3.4〜3.9%程度、Shopify ペイメント以外の決済代行を使うと別途取引手数料が加算される構造になっています。

つまり、月額料金が安いプランほど決済手数料率は高くなる設計で、売上規模に応じて損益分岐点が変わります。月商50万円程度であればBasicプランが有利、月商200万円を超えるとShopifyプランの方が手数料の節約効果でトータルコストが下がるケースが多く見られます。

料金プラン選択でもう1つ重要なのが、追加で必要になるアプリ費用です。Shopifyは基本機能をシンプルに保つ代わりに、機能拡張は有料アプリで補う設計になっています。日本語対応のレビュー機能、定期購入機能、ポイントシステムなどを追加すると、月額数千円〜1万円のアプリ費用が積み重なる傾向があります。

ECサイト運営の実務は商品撮影、商品登録、SEO対策、SNS運用と多岐にわたります。これらの作業を外注したい場合は、ECサイト制作・運用・画像制作のお仕事で実際の案件相場を確認できます。商品撮影や商品登録の単発依頼は1件あたり数千円から発注可能で、個人事業主でも費用対効果を測りながら活用できる選択肢です。

特定商取引法に基づく表記｜個人の住所を載せたくない場合の選択肢

ECサイトを運営する以上、特定商取引法に基づく表記の掲載は義務です。これは消費者保護のための法律で、違反すると業務改善指示や業務停止命令の対象になります。

Shopifyの場合、ストア設定の中に特定商取引法表記のテンプレートが用意されており、必要項目を埋めるだけで法的要件を満たす表記ページが作成できます。記載が必要な主な項目は、事業者名（個人事業主の場合は氏名）、住所、電話番号、メールアドレス、販売価格、送料、支払方法、引渡時期、返品条件などです。

個人事業主が直面する最大の論点は、「自宅住所と個人電話番号を不特定多数に公開しなければならない」点です。法律上は自宅住所での記載が認められていますが、プライバシーや安全面のリスクを考えると躊躇する人が多いのが実情です。

この問題への現実的な解決策は3つあります。1つ目はバーチャルオフィスの利用で、月額3,000円〜10,000円程度で都心の住所を借りられます。2つ目はレンタル電話番号サービスの利用で、月額1,000円〜3,000円程度で専用の固定電話番号や転送番号が取得できます。3つ目は、住所と電話番号は記載するが「請求があった場合に遅滞なく提供する」と表記する方法で、消費者庁のガイドラインで認められている特例的な対応です。

特定商取引法の詳細なガイドラインは経済産業省の公式サイトで公開されており、最新の改正情報も随時更新されています。表記内容に不安がある場合は、運営開始前に必ず確認しておくべき情報源です。

個人的には、長期的にEC事業を続けるならバーチャルオフィスの契約をおすすめします。コスト負担は発生しますが、自宅住所の流出リスクを完全に避けられるうえ、配送業者からの受取代行サービスも利用できるため、運営効率の面でもメリットがあります。

Shopifyの経費計上と確定申告｜何が経費になるかを整理

Shopifyで個人事業主として運営する場合、確定申告で経費計上できる項目を正確に把握することが節税効率を大きく左右します。経費漏れは余分な税金を払うことと同義で、年間で数万円から数十万円の差が生まれることも珍しくありません。

Shopify運営で経費計上できる主な項目を整理します。月額利用料、決済手数料、取引手数料、テーマ購入費、有料アプリ費用、独自ドメイン費用、商品仕入れ費、撮影機材費、PCやスマホの按分費用、自宅作業スペースの家賃按分、通信費の按分、勉強会・書籍費用などが該当します。

特に見落としやすいのが「家事按分」の対象になる費用です。自宅でEC運営をしている場合、家賃、電気代、通信費の一部を事業用として経費計上できます。按分比率は事業に使っている面積比や時間比で計算するのが一般的で、家賃の20〜30%程度を経費にしているケースが多く見られます。

確定申告の手続きは、青色申告の場合は複式簿記での記帳が必須になり、ハードルが高く感じられがちです。ただし、freeeやマネーフォワードといったクラウド会計ソフトを使えば、ShopifyやShopify ペイメントとの連携で売上データを自動取り込みでき、複式簿記の知識がなくても帳簿が作成できます。

会計ソフトの月額費用も経費計上できるため、年間1万円〜2万円程度のソフト費用は実質的に節税効果と相殺されることが多いです。

確定申告で特に注意したいのが、消費税の取り扱いです。年間売上が1,000万円を超えると、その2年後から消費税の納税義務が発生します。また、2023年10月から始まったインボイス制度により、取引先が法人や課税事業者の場合、適格請求書発行事業者として登録するかどうかの判断も必要になります。

インボイス制度の詳細は国税庁の公式サイトで継続的に情報が更新されており、個人事業主にとっては免税事業者のままでいるか課税事業者になるかという重要な経営判断が伴います。

Shopify運営に関する税務処理を外注したい場合の選択肢として、EC運用代行・商品登録のお仕事では商品登録や受注処理の代行案件が確認できます。税務処理そのものは税理士の領域になりますが、付随する事務作業を外注することで本業に集中できる環境を整える選択肢もあります。

また、EC事業の戦略設計やマーケティング全般について専門家の助言が欲しい場合は、EC/D2C・店舗運営コンサルのお仕事で個人事業主向けのコンサルティング相場を把握できます。月数万円から契約できるケースもあり、立ち上げ初期の方向性検討に活用する事業者も増えています。

Shopifyで取り扱える商材と取り扱えない商材

Shopifyは原則としてあらゆる商材を販売できる設計になっていますが、決済代行サービスの規約により、Shopify ペイメントで取り扱えない商材が明確に定められています。これを知らずに事業を始めると、決済停止という致命的な事態に直面することがあります。

Shopify ペイメントで取り扱えない主な商材カテゴリは、アダルト関連商品、武器・銃器、ドラッグやそれに類する商品、ギャンブル関連、虚偽・誇大広告を伴う商品、知的財産権を侵害する商品などです。これらは国際的な決済ネットワークの規約に基づくもので、日本だけの規制ではありません。

加えて、日本の法律で販売に許可が必要な商材も注意が必要です。中古品の販売には古物商許可、酒類販売には通信販売酒類小売業免許、食品販売には食品衛生法上の営業許可、化粧品販売には化粧品製造販売業許可がそれぞれ必要になります。

これらの許認可の取得については、警察署、税務署、保健所、都道府県など、商材ごとに異なる窓口で手続きが必要です。事前確認を怠ると、運営開始後に営業停止や罰則の対象になる可能性があります。

中古品販売の古物商許可については、所管が各都道府県警察になります。申請手数料は19,000円で、申請から許可までに約40日かかるのが一般的です。Shopifyで中古品を扱う予定があるなら、サイト構築と並行して申請を進めるのが効率的です。

EC運営の業界知識を体系的に学びたい個人事業主向けに、関連分野の参考情報としてEC運営の副業ガイド｜Shopify・BASEで始めるネットショップでは、ShopifyとBASEの比較を含む副業EC運営のノウハウがまとめられています。プラットフォーム選定段階の方が参考にできる内容です。

Shopifyと他のECプラットフォームの手数料比較

Shopifyを選ぶ前に、他のECプラットフォームとの手数料構造の違いを客観的に比較しておくことが重要です。プラットフォーム選定は一度決めると変更コストが大きいため、事業規模や商材特性に合わせた判断が必要になります。

主要なECプラットフォームの手数料構造を整理すると、Shopify、BASE、STORES、楽天市場、Amazon、独自構築（WordPress + WooCommerce等）でそれぞれ異なる料金体系を持っています。

Shopifyは月額固定費＋決済手数料モデルで、月額数千円から始まり決済手数料は3.4〜3.9%。BASEは月額無料プランがあり、決済手数料＋サービス料で6.6%＋40円のスタンダードプラン。STORESも同様の構造で、月額無料プランの決済手数料は5%程度。

楽天市場は月額固定費が2万円〜10万円と高額で、加えて売上の3〜7%程度のシステム利用料が発生する仕組み。Amazonは個人プランで月額無料、商品が売れるごとに100円＋販売手数料8〜15%の体系です。

個人事業主が選ぶ際の判断軸は、「想定月商」と「集客力」の2軸で整理できます。集客は自前で行う前提で、月商30万円以下ならBASE・STORESの月額無料プランが有利、月商30〜100万円ならShopify Basic、月商100万円以上でShopify上位プランや楽天出店を検討、という構造になります。

正直なところ、デザイン性と拡張性を重視するならShopify、コスト最優先ならBASE・STORES、集客力を借りたいなら楽天・Amazon、自由度最優先なら独自構築、という棲み分けがフェアな比較結果です。

ここで一つ視点を加えると、ECサイト運営に関連する業務（商品撮影、商品登録、ライティング、SEO対策、SNS運用）はクラウドソーシングで外注できる時代になっています。クラウドソーシングサービスの多くは仲介手数料を取る構造で、業界標準では16.5〜20%の手数料が発注金額に上乗せされます。

ソフトウェア作成者の年収・単価相場のデータでは、Shopifyのカスタマイズやアプリ開発を含むEC関連エンジニアの単価相場が確認できます。スクリプト改修やテーマカスタマイズの単発案件は数万円から、フルカスタマイズの本格案件では数十万円規模での発注が見られる傾向があります。

商品説明文の作成やECサイト全体のSEOライティングについては、著述家，記者，編集者の年収・単価相場でライティング業務の単価相場が把握できます。商品説明文1点あたり500円〜3,000円、SEO記事1本あたり5,000円〜30,000円程度が市場相場の中央値となっています。

Shopify運営に必要なスキルセットを内製で確保するか、外注するかの判断は、個人事業主にとって重要な経営判断です。内製化のメリットは長期的なコスト削減と知見蓄積、外注のメリットは初期のスピード感と専門性の活用です。

スキルアップを内製化の方向で検討するなら、関連する資格としてビジネス文書検定はEC運営におけるメール対応や商品説明文作成の基礎力向上に役立ちます。また、独自構築や本格的なカスタマイズを目指すならCCNA（シスコ技術者認定）に代表されるネットワーク技術の知識も、サーバー連携やセキュリティ理解の土台として活用できます。

Shopifyの個人事業主運営においては、「すべてを自分でやる」と「すべてを外注する」の中間で、自分の時間単価と外注単価を比較しながら役割分担を決めることが現実的です。商品撮影は月数万円で外注し、商品登録は自分で行い、SEO記事は月1〜2本だけプロに依頼するといった組み合わせが、立ち上げ初期から黒字化までの段階で多く採用されています。

請求書や帳簿の管理についても、外注と内製のバランスが重要です。シンプルな取引であれば個人事業主請求書テンプレート無料 Excel！2026年最新の書き方で紹介されているExcelテンプレートで十分対応できますが、取引数が増えてきたタイミングで会計ソフト導入や税理士契約を検討するのが効率的です。

最後に、EC運営は孤独な作業時間が長くなりがちで、集中力維持が事業継続の鍵になります。在宅で長時間集中して作業する技術は、在宅ワークの集中力アップ｜ポモドーロ以外に効く7つのテクニックで具体的なテクニックが紹介されています。Shopify運営の生産性を上げる土台として、作業環境とリズム作りを最初に整えておく価値があります。

Shopifyで個人事業主としてECを始めることは、単にプラットフォームを契約するだけの作業ではありません。開業届、青色申告、特定商取引法、経費計上、商材の許認可、外注戦略までを一連の経営判断として捉える視点が、長期的に事業を継続できるかを左右します。本記事で整理した5要素を起点に、自分の事業規模と商材特性に合った運営体制を構築してください。