フリーランスの源泉徴収｜引かれる場合と確定申告での還付方法

2026年1月31日

長谷川奈津

この記事のポイント

✓フリーランスの源泉徴収を解説
✓確定申告で還付を受ける手順まで具体例付きで紹介します

「請求書に源泉徴収って書いてあるけど、結局いくら引かれるの？」「確定申告すれば戻ってくるって本当？」。フリーランスになって最初に混乱するのが、この源泉徴収の仕組みではないでしょうか。

これ、知らない人が本当に多いんです。私が会計事務所で働いていた頃、フリーランスの方から「報酬が満額振り込まれないんですが、何かの手数料ですか？」と聞かれたことが何度もあります。

源泉徴収の仕組みは、理解してしまえばシンプルです。そして確定申告をすれば、払いすぎた税金が還付される可能性が高い。この記事では、源泉徴収の基本から確定申告での還付方法まで、具体的な計算例とともに解説します。

源泉徴収とは？フリーランス向けにわかりやすく解説

一言で言うと「所得税の前払い」

源泉徴収とは、報酬を支払う側（クライアント）が、あなたの代わりに所得税を差し引いて国に納める制度です。

通常の流れ	源泉徴収の流れ
報酬を受取る → 自分で確定申告 → 所得税を払う	報酬から所得税が引かれる → 残額を受取る → 確定申告で精算

つまり、あなたがもらう報酬からあらかじめ「仮の所得税」が引かれているのです。

源泉徴収される報酬とされない報酬

すべてのフリーランス報酬が源泉徴収の対象ではありません。対象となるのは、所得税法第204条で定められた特定の報酬です。

報酬の種類	源泉徴収	具体例
原稿料・執筆料	対象	Webライティング、コラム執筆
デザイン料	対象	ロゴデザイン、Webデザイン
講演料	対象	セミナー講師、研修講師
コンサルティング料	対象	経営相談、技術顧問
翻訳料	対象	英日翻訳、技術翻訳
プログラミング報酬	対象外	システム開発、Web制作（※）
事務代行	対象外	データ入力、経理代行

※プログラミング報酬は原則として源泉徴収の対象外ですが、「デザインを含むWeb制作」の場合は対象になることがあります。

源泉徴収税額の計算方法

基本の税率

報酬金額	税率
100万円以下の部分	10.21%
100万円を超える部分	20.42%

※10.21%のうち、0.21%は復興特別所得税です。

計算例

例1：報酬5万円の場合

源泉徴収税額 = 50,000円 × 10.21% = 5,105円
手取り額 = 50,000円 - 5,105円 = 44,895円

例2：報酬120万円の場合

100万円までの部分 = 1,000,000円 × 10.21% = 102,100円
100万円を超える部分 = 200,000円 × 20.42% = 40,840円
源泉徴収税額 = 102,100円 + 40,840円 = 142,940円
手取り額 = 1,200,000円 - 142,940円 = 1,057,060円

私が担当したフリーランスのデザイナーさんで、「毎月5万円引かれているのがよくわからない」という方がいました。月額50万円のデザイン報酬から源泉徴収として51,050円が差し引かれていたのです。年間で612,600円。確定申告をしたら、約18万円が還付されました。

請求書への記載方法

源泉徴収の対象となる報酬を請求する場合、請求書に源泉徴収税額を記載するのが一般的です。

請求書の記載例

項目	金額
原稿執筆料（3本）	150,000円
小計	150,000円
消費税（10%）	15,000円
源泉徴収税額	-15,315円
ご請求金額	149,685円

消費税と源泉徴収の関係

源泉徴収税額は、報酬と消費税を分けて記載している場合は「報酬部分のみ」に対して計算します。

記載方法	源泉徴収の計算対象
「報酬150,000円＋消費税15,000円」と分けて記載	150,000円に対して計算
「合計165,000円（税込）」とまとめて記載	165,000円に対して計算

つまり、消費税を分けて記載したほうが、源泉徴収税額が少なくなります。必ず分けて記載しましょう。

フリーランスの請求書の書き方

確定申告で還付を受ける方法

なぜ還付されるのか

源泉徴収は「報酬金額」に対して計算されますが、実際の所得税は「報酬 - 経費 - 所得控除」で計算されます。経費や控除を差し引くと、源泉徴収された金額のほうが多くなるケースがほとんどです。

還付が発生する典型的なケース

項目	金額
年間の報酬合計	4,000,000円
源泉徴収税額の合計	408,400円
経費（通信費、交通費、書籍代等）	-800,000円
青色申告特別控除	-650,000円
基礎控除	-480,000円
課税所得	2,070,000円
所得税＋復興特別所得税	約107,500円
還付金額	約300,900円

この例では、約30万円が還付される計算です。確定申告をしないと、この30万円はそのまま国に取られてしまいます。

確定申告の手順

準備するもの

支払調書（クライアントから届く場合）
請求書・領収書の控え
経費の記録（会計ソフトの出力）
銀行口座の通帳（入金記録）
マイナンバーカード

申告の流れ

1年間の売上（報酬）を集計する
経費を集計する
源泉徴収税額を集計する
確定申告書等作成コーナー（e-Tax）で申告書を作成
e-Taxで送信（または税務署に提出）

還付金はいつ届く？

e-Taxで申告した場合、通常2〜3週間で指定口座に振り込まれます。紙の申告書の場合は1〜2ヶ月かかることがあります。

源泉徴収されなかった場合の対応

クライアントによっては、源泉徴収をせずに報酬を全額振り込んでくるケースがあります。

この場合、どうする？

源泉徴収義務は発注者側にあります。フリーランス側に義務はありません。ただし、確定申告では「源泉徴収されていない」ことを前提に正しい所得税を計算・納付する必要があります。

ケース	確定申告で
源泉徴収された	払いすぎた分が還付される
源泉徴収されなかった	所得税を自分で納付する

支払調書をもらえない場合

支払調書は、クライアントが税務署に提出する書類です。フリーランスに交付する義務はありません。

もらえなくても確定申告はできます。自分で入金記録と請求書から源泉徴収税額を計算すればOKです。

意外と見落としがちなんですが、支払調書の交付はクライアントの「任意」です。「支払調書が届かないから確定申告できない」と思っている方がいますが、それは誤解です。自分の帳簿と通帳があれば申告できます。

フリーランスが経費にできるもの

確定申告で還付を最大化するには、経費を漏れなく計上することが重要です。

経費の種類	具体例	注意点
通信費	インターネット回線、スマホ代	私用との按分が必要
家賃（家事按分）	自宅の仕事部屋分	面積割合で按分
消耗品費	パソコン周辺機器、文具	10万円未満は全額経費
書籍・資料費	業務に関連する書籍	業務との関連性が必要
交通費	打ち合わせの電車代等	領収書を保存
ソフトウェア	クラウド会計、デザインツール	月額サブスクも可
減価償却費	パソコン（10万円以上）	耐用年数4年で按分

私が会計事務所で見てきた中で、多くのフリーランスの方が見落としていたのが家賃の按分です。月8万円の家賃で仕事部屋が全体の20%なら、月1万6,000円が経費になります。年間で19万2,000円。これだけで所得が減り、還付額が増えます。

源泉徴収トラブル実例と対処法

源泉徴収まわりは「制度がシンプル」と書きましたが、実務ではグレーな案件・揉めるパターンが意外と多いです。会計事務所時代に実際に対応した、フリーランスの源泉徴収トラブル事例とその解決策を整理します。

トラブル1: クライアントが源泉徴収していなかった

クライアントから「源泉徴収しないで満額払うので、自分で確定申告してください」と言われるケース。法的には源泉徴収義務はクライアント側にあるため、これは本来NGです。ただしフリーランス側に罰則はなく、確定申告で正しく所得税を納めれば問題は起きません。

対処手順:

クライアントに源泉徴収義務を伝えるが、強要はしない
自分の帳簿で「源泉徴収なし」として記録
確定申告で全額を売上計上し、所得税を自分で納付
クライアント側が後から指摘されても、自分には影響なし

トラブル2: 源泉徴収額が間違っている

クライアントが税率10%（誤）で計算してきて、本来の10.21%（正）と差額が発生するケース。意外とよくあります。

対処手順:

請求書を再発行して訂正を依頼（金額が小さいなら自分の確定申告で調整）
確定申告では「実際に引かれた額」をそのまま記載
クライアント側が税務署に提出する支払調書も同じ金額で提出される
差額数百円なら、争うコスト＞利益なのでスルーが現実的

トラブル3: 支払調書の金額と通帳の入金額が合わない

支払調書には「源泉徴収前の金額」が書かれているのに、通帳には「源泉徴収後の振込額」が記録されている、というずれが生じるケース。確定申告で混乱の元です。

対処手順:

支払調書の金額＝売上として計上
通帳の入金額＝売上−源泉徴収−振込手数料の差し引き後と認識
請求書ベースで売上を集計し、支払調書と突合
食い違いがあればクライアントに支払調書の再発行を依頼

トラブル4: 年をまたぐ報酬の処理

12月に作業して翌年1月に入金された報酬は、どちらの年の売上にするか問題。発生主義（請求書発行日）で処理するのが原則です。

対処手順:

個人事業主の青色申告は発生主義が基本（白色申告は現金主義も可）
12月発行の請求書→当年売上、1月入金→翌年の入金記録のみ
源泉徴収税額も「請求した年」の集計に含める
クライアント側の処理（支払時点で源泉徴収）と数か月ずれる可能性あり

トラブル5: 海外クライアントからの報酬

海外法人・個人からの報酬は、日本の源泉徴収制度の対象外です。報酬は満額入金されますが、確定申告で全額を売上計上し所得税を自分で納める必要があります。

対処手順:

海外送金時の為替レートで日本円換算（送金日のTTBレート）
PayPal経由なら手数料は経費計上可
二重課税防止条約の対象国なら、外国税額控除を活用
海外案件中心のフリーランスは、税理士相談が必須

還付金を最大化する3つの追加テクニック

本文で解説した青色申告特別控除65万円・基礎控除48万円・経費按分のほかに、フリーランスがあまり活用できていない還付増額テクニックを3つ紹介します。

1. 小規模企業共済の掛金を最大活用

小規模企業共済は、フリーランスや小規模事業主が将来の退職金代わりに積み立てる制度です。掛金は月1,000円〜70,000円の範囲で自由に設定でき、全額が「小規模企業共済等掛金控除」として所得控除になります。

節税インパクト:

月7万円×12か月＝年84万円の所得控除
課税所得330万円超の人なら、所得税20%＋住民税10%で約25万円の節税
解約時は退職金扱いになり、税制優遇あり

40歳前後の中堅フリーランスが見落としがちな最強の節税策です。中小機構の公式サイト（https://www.smrj.go.jp/）で詳細が確認できます。

2. iDeCoとふるさと納税の組み合わせ

iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金もフリーランスは月68,000円まで拠出可能で、全額が所得控除対象です。これに加えてふるさと納税を組み合わせると、節税と返礼品の両方が手に入ります。

運用例（年商600万円・経費200万円のフリーランス）:

課税所得400万円→所得税20%＋住民税10%
iDeCo月6.8万円＝年81.6万円控除→約24万円節税
ふるさと納税の上限額は約13万円→実質2,000円で約4万円分の返礼品
合計約24万円の節税＋実質負担2,000円で4万円相当の返礼品

iDeCoは60歳まで引き出せない縛りがあるため、生活防衛資金を別途確保したうえで開始してください。

3. 倒産防止共済（経営セーフティ共済）

中小企業倒産防止共済は、取引先が倒産した場合に貸付を受けられる制度ですが、本来の目的以上に「節税ツール」として人気です。掛金は月5,000円〜20万円、年間で最大240万円まで全額経費（必要経費）として計上可能。

節税効果:

年間240万円を経費計上→課税所得が240万円減少
課税所得330万円超なら、所得税20%＋住民税10%で約72万円の節税
40か月以上加入後に解約すれば、掛金が100%返金される
合法的な「課税の繰り延べ」として、設備投資や引退時に活用

ただし、解約時に返金額が雑収入として課税されるため、解約タイミングを工夫する必要があります。詳細は中小機構の公式サイトで確認してください。

フリーランス1年目に必ずやっておくべき税務手続き

源泉徴収・確定申告の話は1年目から関係しますが、それ以前に「開業時にやっておくべき手続き」を取りこぼすと、初年度の青色申告特別控除65万円が使えなくなる事故が起きます。

開業から2か月以内の必須手続き

開業届と青色申告承認申請書は、開業から2か月以内（1月15日以前開業なら3月15日まで）に税務署へ提出が必要です。これを忘れると、初年度は白色申告強制になり、青色申告特別控除65万円が使えなくなります。

提出書類:

個人事業の開業・廃業等届出書（開業届）
所得税の青色申告承認申請書
青色事業専従者給与に関する届出書（家族を従業員にする場合）
給与支払事務所等の開設届出書（人を雇う場合）

開業届を出すメリットとデメリット

開業届を出すと「個人事業主」として正式登録されます。

メリット:

青色申告特別控除65万円が利用可能
屋号付き銀行口座が作れる
小規模企業共済・倒産防止共済に加入可能
事業用クレジットカードが作りやすい
補助金・助成金の申請対象になる

デメリット:

失業給付の対象外になる（会社員退職直後は要注意）
確定申告が必須になる（売上が少なくても）
健康保険の扶養から外れるリスク（配偶者の扶養に入っていた場合）

会社員を辞めて即フリーランスになる人は、失業給付を受け取った後で開業届を出すか、最初から開業届を出して青色申告に進むかを判断する必要があります。

国税庁公式の確定申告書等作成コーナー活用

確定申告書等作成コーナー（https://www.nta.go.jp/）は、無料で青色申告書を作成できる国税庁の公式ツールです。クラウド会計ソフトを使わなくても、最低限の確定申告は可能です。

ただしfreee・マネーフォワード等のクラウド会計ソフトを使うほうが、日々の記帳・領収書のスキャン・銀行口座連携が自動化されるため、年商200万円を超えたら会計ソフト導入を強くおすすめします。

確定申告関連の記事はフリーランスの請求書の書き方、案件参考はアプリケーション開発のお仕事、単価相場はソフトウェア作成者の年収・単価相場、著述家，記者，編集者の年収・単価相場で具体的な水準を確認できます。

国内の青色申告承認申請書の年間提出件数は約100万件、そのうち約7割が個人事業主・フリーランスです。出典: www.nta.go.jp

よくある質問

Q. クラウドソーシング経由の報酬も源泉徴収されている？

プラットフォームによって異なります。クラウドソーシングの場合、プラットフォームが源泉徴収しているケースと、していないケースがあります。

パターン	確認方法
プラットフォームが源泉徴収	報酬明細に「源泉徴収税額」の記載あり
クライアントが源泉徴収	直接取引の場合、クライアントに確認
源泉徴収なし	報酬＝振込額。確定申告で全額を所得として申告

@SOHOのように直接取引ができるプラットフォームでは、源泉徴収の有無はクライアントとの契約次第です。支払い時に源泉徴収があるかどうか、事前に確認しておきましょう。

Q. 源泉徴収されていないけど大丈夫？

問題ありません。源泉徴収されていない場合は、確定申告で正しく所得税を計算・納付すれば良いだけです。逆に、源泉徴収がない分、手元の資金が多くなるので資金繰りには有利です。

Q. 消費税のインボイスと源泉徴収の関係は？

源泉徴収税額の計算は、消費税を含む報酬総額で計算する方法と、消費税を除いた金額で計算する方法があります。請求書に消費税額が明記されていれば、消費税を除いた金額をベースに源泉徴収税額を計算できます。

インボイス制度の最新情報

Q. 源泉徴収を忘れていたクライアントに、あとから請求すべきですか？

いいえ、フリーランス側から「源泉徴収分を請求する」必要はありません。源泉所得税を納めるのは、あくまで「支払う側（クライアント）」の義務です。確定申告の際に、実際に引かれた金額を申告するだけです。もしクライアントが引き忘れていたとしても、あなたの確定申告で正しい所得税を計算して納めれば、税務上の問題はありません。