個人事業主健康診断経費は計上できる？認められる条件と勘定科目の整理

2026年4月13日

朝比奈蒼

この記事のポイント

✓個人事業主の健康診断経費計上の可否を整理
✓従業員分は福利厚生費で計上可能
✓医療費控除の対象になるケース

「健康診断を受けたら、これって経費にできるんだろうか」。フリーランスや個人事業主として独立した人が、確定申告の時期になると必ず一度はぶつかる疑問です。結論から言うと、個人事業主本人の健康診断費用は、原則として経費に計上できません。これは税務上ほぼ確立されたルールで、解釈の余地はほとんどありません。

ただし、従業員を雇っている場合、その従業員分の費用は「福利厚生費」として経費計上が可能です。さらに、本人分でも一定の条件を満たせば「医療費控除」の対象になるケースが存在します。本記事では、なぜ本人分が経費にならないのか、勘定科目はどう仕訳すればよいのか、節約のためにどんな制度を使えるのかを、税法上の根拠とあわせて整理していきます。

個人事業主の健康診断経費計上の可否は「誰の分か」で決まる

まず大前提として、健康診断費用が経費になるかどうかは、「誰が受診したか」で判断が分かれます。同じ健康診断でも、本人なのか従業員なのかで取り扱いが180度変わるため、ここを最初に整理しておく必要があります。

個人事業主本人の健康診断は経費になりません。一方で、雇用している従業員の健康診断費用は、福利厚生費として計上できます。この違いは、健康診断の受診が「事業の遂行に直接必要かどうか」と「全従業員に公平に提供されているか」という観点から判定されます。

個人事業主（一人親方など）が健康診断を受ける際の費用は原則として経費にはなりませんが、医療費控除の対象になるケースもあります。この記事では、個人事業主の健康診断がどこで受診できるのか、また、経費や医療費控除の扱い、健康診断に用いる勘定科目などを解説します。

つまり、税務署が見ているのは「事業に必要な支出か、個人の健康管理のための支出か」という線引きです。健康診断はあくまで個人の身体に関わる支出であり、たとえ「健康でないと仕事ができない」と主張しても、税法上は私的支出と判断されるわけです。正直なところ、感覚的には「事業のために健康でいる必要があるのだから経費になっても良いのでは」と思いたくなりますが、この理屈はこれまで何度も否認されてきた経緯があります。

なぜ個人事業主本人の健康診断は経費にならないのか

経費として認められるためには、「事業遂行上必要な支出」であることが要件となります。法人であれば、役員や従業員は「法人とは別人格」として位置づけられるため、福利厚生費として認められる余地があります。しかし個人事業主の場合、事業主本人と事業は法的に同一人格です。事業主本人に対して福利厚生費を計上するという概念がそもそも成立しません。

加えて、労働安全衛生法では、事業者は雇用する労働者に対して健康診断を受診させる義務を負いますが、個人事業主本人にはこの義務が課されていません。法律上の義務がないため、「事業の遂行に必要な支出」とは認められないという論理構造になっています。

一人社長（法人成り）との違い

ここで多くの方が混乱するのが、「同じ一人で仕事をしているのに、法人化したら経費になるのか」という点です。結論としては、法人成りすれば一定の条件下で経費計上が可能になります。

法人の役員・従業員の健康診断費用は、以下の条件を満たせば福利厚生費として経費にできます。第一に、全役員・全従業員を対象としていること。第二に、健康診断の費用を会社が直接医療機関に支払っていること。第三に、受診内容が常識的な範囲（人間ドックでも10万円程度まで）であること。

「個人事業主のまま頑張るより、法人化したほうが節税になる」という議論の根拠の1つがこれです。ただし、法人化には別途コスト（法人住民税の均等割で年間最低7万円程度、税理士報酬、社会保険料の事業主負担など）が発生するため、健康診断費用の経費化だけを目的にするのはおすすめしません。

個人事業主の健康診断費用の相場とマクロ視点

経費の話に入る前に、そもそも健康診断にいくらかかるのかを整理しておきます。費用感を把握しておくと、節税策の効果も判断しやすくなります。

一般的な健康診断（法定健診相当）の費用は、自費の場合10,000円〜15,000円程度が相場です。人間ドックになると30,000円〜80,000円と幅が広く、脳ドックやPET検査などを追加すると10万円超になることもあります。

厚生労働省の調査によれば、自営業者・個人事業主の健康診断受診率は、雇用されている労働者と比較して大きく下回る傾向が見られます。会社員は労働安全衛生法によって年1回の健診が義務付けられている一方、個人事業主には法的義務がなく、費用も全額自己負担となるため、受診を後回しにする層が一定数いるのが実態です。

個人事業主が受診できる健康診断の選択肢

個人事業主が健康診断を受ける場合、主に以下の経路があります。

第一に、市区町村の国民健康保険（国保）が実施する特定健診です。40歳〜74歳を対象に、メタボリックシンドロームに着目した健診を低額もしくは無料で実施しています。基本項目は身体測定、血圧、血液検査、尿検査などで、自治体によって追加項目が異なります。

第二に、地域の医療機関で受ける任意の健康診断や人間ドックです。費用は自己負担になりますが、検査項目を自由に選択できます。

第三に、商工会議所や同業組合などの団体が実施する集団健診です。会員価格で受けられるケースがあり、所属している場合は活用価値があります。

第四に、配偶者の勤務先の被扶養者健診です。配偶者が会社員で扶養に入っている場合、配偶者の健康保険組合が実施する家族健診を低額で受けられる場合があります。

私自身、フリーランスとして独立してから最初の年は「忙しいから来年でいいや」と健診を飛ばしてしまい、翌年に体調を崩した経験があります。これは経費の話以前の問題で、収入の不安定な個人事業主こそ健康投資を後回しにすべきではないと痛感しました。

個人事業主が健康診断費用を「医療費控除」に組み込める条件

経費にはならない健康診断費用ですが、医療費控除の対象になる場合があります。これは見落とされがちな節税ポイントなので、しっかり整理しておきましょう。

医療費控除とは、本人または生計を一にする家族が支払った医療費が年間10万円（総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5%）を超えたとき、その超過分を所得から控除できる制度です。所得税・住民税の節税につながります。

健康診断が医療費控除の対象になるケース

原則として、健康診断や人間ドックの費用は「予防」目的の支出と見なされ、医療費控除の対象外です。健康な人が念のため受けるものは、医療行為とは認められないという考え方ですね。

ただし、健康診断で重大な疾病が発見され、引き続き治療を受けた場合には、健康診断費用も含めて医療費控除の対象になります。「健康診断は予防ではなく診断の一部だった」と評価されるためです。

国税庁のタックスアンサーでも、次のような取り扱いが示されています。健康診断や人間ドックで「異常なし」だった場合は対象外、「異常あり」で治療に進んだ場合は健診費用も合算可能、というのが基本ルールです。

医療費控除の対象になる費用・ならない費用

健康診断以外にも、医療費控除では迷いやすい支出が多くあります。個人事業主の方が押さえておくべき項目を整理します。

対象になるもの: 病院・診療所での診察費、治療費、入院費、医薬品の購入費（処方薬・市販薬の一部）、治療目的の通院交通費、出産費用、はり・きゅう・あんま・指圧などの治療費、視力矯正のための眼鏡（治療目的に限る）。

対象にならないもの: 健康増進・予防目的の支出（健康診断、人間ドック、予防接種、ビタミン剤）、美容目的の支出（美容整形、ホワイトニング）、通院のためのタクシー代（公共交通機関が使える場合）、自家用車のガソリン代・駐車場代。

国税庁の医療費控除の取り扱いについては、確定申告前に必ず最新情報を確認することをおすすめします。詳細は国税庁の公式サイトで公開されています。

セルフメディケーション税制との使い分け

医療費控除には「セルフメディケーション税制」という特例があります。これは、健康診断や予防接種など健康増進の取り組みを行っている人が、特定の市販薬（スイッチOTC医薬品）を年間12,000円を超えて購入した場合に、超過分（上限88,000円）を所得控除できる制度です。

健康診断費用そのものは控除対象にはなりませんが、健康診断を受けていることが「特例適用の要件」になっています。つまり、健康診断費用は直接控除されないものの、市販薬の購入費を所得控除に変えるための「鍵」として機能します。通常の医療費控除との併用はできず、どちらかを選択する形になります。

健康診断や予防接種を年1回受けていて、市販薬の購入が多い個人事業主は、セルフメディケーション税制の活用余地がないか確認する価値があります。

個人事業主の健康診断に用いる勘定科目と仕訳

ここからは、従業員を雇っている個人事業主や、本人分・家族分を支払ったときの仕訳の話に入ります。勘定科目の選択は税務調査でも見られるポイントなので、正確に押さえておきましょう。

従業員分の健康診断費用＝福利厚生費

雇用している従業員に健康診断を受けさせた場合、その費用は「福利厚生費」として経費計上します。

個人事業主が従業員の健康診断費用を負担したときは、「福利厚生費」で経費に計上します。個人事業主が従業員の健康診断費用3万円を負担したときの仕訳例は、以下のとおりです。

仕訳例を示します。従業員1名分の健康診断費用30,000円を現金で支払ったケース。

借方: 福利厚生費 30,000円 / 貸方: 現金 30,000円摘要: 〇〇クリニック従業員〇〇定期健康診断費用

これを福利厚生費として経費化するには、以下の3条件をすべて満たす必要があります。

第一に、全従業員が受診対象になっていること（一部の従業員だけが受診できる制度はNG）。第二に、健康診断の費用を事業主が直接医療機関に支払うこと（従業員に現金を渡して各自で受診させる方式はNG）。第三に、健診内容が常識的な範囲であること（高額すぎる人間ドックなどは認められない場合あり）。

特に「全従業員対象」という条件は重要です。事業主と特定の従業員だけが受診し、他の従業員には機会を与えていない場合、「事業主の私的支出」「特定従業員への給与」と判定されるリスクがあります。

事業主本人分の健康診断費用＝事業主貸

個人事業主本人が健康診断を受けた場合、その費用は経費になりません。会計帳簿上は「事業主貸」として処理します。

仕訳例: 本人の健康診断費用15,000円を事業用口座から支払ったケース。

借方: 事業主貸 15,000円 / 貸方: 普通預金 15,000円摘要: 〇〇クリニック事業主本人健康診断（事業外）

事業用口座から支払うこと自体は問題ありませんが、経費にはならず「事業主の生活費を一時立替」した扱いになります。プライベートのクレジットカードや現金で支払えば、そもそも帳簿に記載する必要はありません。

家族（青色専従者）の健康診断費用の扱い

青色申告で家族従業員（青色事業専従者）を雇っているケースも整理しておきます。青色事業専従者の健康診断費用は、原則として福利厚生費に計上できません。

理由は、青色事業専従者は「生計を一にする家族」であり、税務上は事業主と一体と見なされるためです。一般従業員と同じ扱いにはなりません。専従者の健康診断費用も、事業主本人分と同様に「事業主貸」として処理する必要があります。

ただし、生計を別にする親族で、かつ実態として通常の従業員として勤務している場合は、福利厚生費として計上できる余地があります。実態と書類の整合が問われるため、判断に迷う場合は税理士に確認するのが安全です。

個人事業主が確定申告で健康診断費用を扱う際の注意点

確定申告で健康診断費用を扱うときには、いくつか実務上の注意点があります。間違えると税務調査で指摘される可能性があるため、慎重に処理しましょう。

領収書・明細書の保管は必須

医療費控除や福利厚生費の対象として処理する場合、領収書・明細書の保管は7年間義務付けられています（青色申告の場合）。健康診断は領収書をもらい忘れがちな項目ですが、医療費控除の可能性を考えて必ず保管してください。

2017年分の確定申告から、医療費控除を受ける際の「医療費の領収書の添付」は不要になりましたが、代わりに「医療費控除の明細書」を作成・添付し、領収書は5年間保管する必要があります。事業の帳簿書類保管義務（青色申告7年）と合わせて、7年を目安に保管するのが無難です。

健康保険組合等から補助金を受けた場合

国保や健康保険組合、自治体から健康診断の補助金や助成金を受けた場合、その分は医療費控除の対象金額から差し引く必要があります。たとえば、人間ドック費用50,000円のうち20,000円を組合から補助されたなら、実質負担額は30,000円です。

「補助金を引かずに全額を医療費控除に入れた」というのは典型的なミスで、税務調査で発見されると修正申告を求められます。

家族の医療費との合算ルール

医療費控除は、本人だけでなく「生計を一にする親族」の医療費も合算できます。配偶者、子ども、別居していても仕送りで生活している親などが対象です。

家族全員の医療費を合算して10万円を超えれば医療費控除を申請できるため、個人事業主世帯では「世帯まとめて申告」がセオリーになります。所得が高いほうの確定申告に集約すると、節税効果も大きくなります。

健康診断費用の助成金・補助金制度

個人事業主向けの健康診断助成制度は限定的ですが、活用できるものを整理します。

国民健康保険の特定健診: 40〜74歳が対象。自治体によって無料〜数千円程度で受診可能。

協会けんぽの被扶養者健診: 配偶者が会社員で扶養に入っている場合、配偶者の健康保険組合経由で被扶養者健診を受けられる。

各種医師会・歯科医師会など職業組合の助成: 加入している場合、団体経由の集団健診や補助金が利用可能なケースがあります。

商工会議所の会員向け健診: 地域の商工会議所が会員企業・個人事業主向けに割引価格で健診を提案している場合があります。

健康診断費用を「経費にできない」ことを理由に受診を控えるのではなく、こうした公的・準公的制度を活用してコストを下げる方向に頭を切り替えるのが現実的です。

健康診断以外で個人事業主が活用したい節税・福利厚生制度

健康診断は経費にできませんが、個人事業主が「自分への福利厚生」として活用できる制度はいくつかあります。健康診断費用の経費化にこだわるより、こちらを使い倒したほうが節税効果ははるかに大きいです。

小規模企業共済

中小機構が運営する小規模企業共済は、個人事業主の退職金制度として知られます。月額1,000円〜70,000円の範囲で掛金を設定でき、全額が所得控除の対象になります。年間最大84万円の所得控除が得られるため、節税効果が極めて大きい制度です。

iDeCo（個人型確定拠出年金）

iDeCoは老後資金形成のための私的年金制度で、掛金が全額所得控除されます。個人事業主（国民年金第1号被保険者）の場合、月額上限68,000円、年間最大81.6万円まで拠出可能です。

経営セーフティ共済（中小企業倒産防止共済）

取引先の倒産による連鎖倒産を防ぐための共済制度ですが、掛金が全額経費（必要経費）として計上できる点で節税効果があります。月額上限20万円、累計800万円まで積み立て可能です。

国民年金基金・付加年金

公的年金の上乗せ制度で、掛金が全額社会保険料控除の対象になります。

これらの制度は健康診断と違って、「事業主本人のための支出」でも控除や経費化が認められる例外的な仕組みです。所得が高い個人事業主ほど、活用しないと損になる制度群と言えます。所得や生活費の状況を整理したうえで、組み合わせを検討してみてください。お金まわりの選択をもう少し広く見直したい方は、年会費・ポイント還元・経費管理機能の観点から比較した個人事業主クレジットカードおすすめも参考になります。

健康診断費用は「自己投資コスト」として捉える

経費にならないとはいえ、年間1〜3万円程度の健康診断費用は、フリーランスが負うべき「自己投資コスト」と捉えるのが妥当です。会社員のように健康保険組合や勤務先が肩代わりしてくれない以上、自分で組み込むしかありません。

具体的には、毎月3,000円程度を「健康投資積立」として別口座に確保しておくと、年間36,000円となり、人間ドック1回分が無理なく賄えます。経費化できなくても、計画的に支出できる体制を作っておけば心理的ハードルが下がります。

体調管理が直接的に稼働率に影響する職種

フリーランスの稼働率は、健康状態と直結します。たとえばAIコンサル・業務活用支援のお仕事やAI・マーケティング・セキュリティのお仕事のような高単価案件は、長期間にわたる継続的なコミュニケーションが必要で、体調不良による中断は信頼失墜につながりやすい領域です。

一方、アプリケーション開発のお仕事のような成果物納品型の案件も、納期遵守のためには安定した稼働が前提となります。

資格取得と健康投資はセットで考える

スキル系の自己投資、たとえばCCNA（シスコ技術者認定）やビジネス文書検定のような資格取得は、フリーランスとして単価を上げる王道の戦略です。ただし、資格を取っても体調を崩して仕事ができなければ意味がありません。

「スキル投資」「健康投資」「節税投資」の3軸でバランスを取るのが、長く稼げる個人事業主の共通項です。健康診断費用の経費化を狙うより、こちらの全体最適を考えるほうが圧倒的にリターンが大きくなります。

お金まわりの整理は健康診断と同じく「定期点検」が必要

健康診断が体の点検なら、確定申告や保険・ローンの見直しはお金の点検です。とくに個人事業主は、所得証明や経費計上のロジックが審査に強く影響します。住宅購入を視野に入れている人は個人事業主住宅ローン審査通りやすい、節税と返礼品を同時に得たい人はふるさと納税上限額個人事業主も読んでおくと、年間の資金計画が立てやすくなります。

健康診断費用そのものは経費にできなくても、トータルで「フリーランスとして長く稼ぎ続ける体制」を整える視点を持つことが、結局のところ最も合理的な節税戦略になります。経費か否かの一点で判断するのではなく、所得控除制度・自己投資・健康投資・スキル投資の組み合わせで全体最適を考えていきましょう。

公的機関・関連参考情報

本記事の内容に関連する公的機関や信頼できる情報源は以下の通りです。最新情報は公式サイトで確認してください。

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よくある質問

Q. 予防接種や健康診断の費用は医療費控除に含まれますか？

原則として、病気の「治療」ではないため医療費控除の対象外です。ただし、健康診断の結果、重大な病気が見つかり、引き続き治療を行った場合には、その診断費用も治療費の一部として控除対象に含めることができます。一方、セルフメディケーション税制では、これらの費用自体は控除できませんが、制度を利用するための「一定の取組」の証明として活用します。

Q. 医療費控除とセルフメディケーション税制、結局どっちがおすすめですか？

基本的には「医療費総額が10万円（または所得の5%）を超えるかどうか」が最初の分岐点です。超える場合は、診療費も含められる「医療費控除」の方が得になるケースが大半です。超えないけれど、薬局で買った対象の市販薬が1万2,000円を超えるなら、迷わず「セルフメディケーション税制」を選択しましょう。

Q. 2026年に医療費控除を忘れずにやる最大のメリットは何ですか？

「住民税の劇的な軽減による、手取りキャッシュの増加」です。医療費控除を行うと、今年の所得税が還付される（春にお金が戻る）だけでなく、翌年6月以降に納める「住民税（一律10%）」の金額が確実に安くなります。フリーランスにとって重くのしかかる翌年の固定費（税負担）を削れることが、精神的にも財務的にも最大のメリットです。