e-Tax 個人事業主やり方｜マイナンバーカード+スマホで完結する手順

2026年2月16日

朝比奈蒼

この記事のポイント

✓e-Taxの個人事業主向けやり方を
✓マイナンバーカード+スマホで完結する手順から青色申告65万円控除の要件
✓freee・マネーフォワード連携まで網羅

e-Taxの個人事業主向けのやり方を結論から言うと、「マイナンバーカード+スマホ（マイナポータル連携）で送信」が現時点で最短ルートです。ICカードリーダーを買う必要はなく、PCのブラウザにスマホをかざすだけ、もしくはスマホ単体でも申告できます。本記事では、e-Taxを使う個人事業主が最低限おさえるべき事前準備、3つの送信方式の使い分け、青色申告で65万円控除を取り切るための条件、そして毎年つまずきがちな落とし穴を、現場目線で順に整理していきます。

「e-Taxは難しそう」というイメージで紙の確定申告を続けている個人事業主は、いまだに少なくありません。ただ、率直に言って2026年時点のe-Taxは、5年前とは別物と言っていいほど操作性が改善されています。マイナンバーカードと普通のスマホがあれば、税務署に行かずに数十分で送信が完了します。重要なのは「何をどの順番で準備するか」を最初に正しく把握しておくこと。順番を間違えると、申告期限ギリギリに「マイナンバーカードのパスワードを忘れた」「利用者識別番号が分からない」と詰む人が毎年必ず出ます。

e-Taxとは｜個人事業主が知っておくべき制度の全体像

e-Tax（イータックス）とは、国税庁が運営する国税電子申告・納税システムのことです。所得税・消費税の確定申告、青色申告承認申請、開業届、納税、各種届出書類の提出など、税務署に出向いてやっていた手続きの大半を、自宅のPCやスマホからオンラインで完結させられます。個人事業主にとっては、年に1回必ず発生する確定申告の負担を大幅に減らせる仕組み、と理解してもらえれば十分です。

国税庁のe-Tax公式サイトによれば、e-Taxで提出できる主な手続きは、所得税確定申告、消費税確定申告、贈与税申告、各種申請・届出、納税、納税証明書の請求など多岐にわたります。個人事業主が日常的に使うのは、ほぼ「所得税確定申告」と「消費税確定申告」「開業届」「青色申告承認申請書」の4種類に集約されます。

e-Taxで個人事業主が使える主な手続き

実務上、個人事業主が押さえておきたいのは以下です。

所得税の確定申告書（青色申告決算書・収支内訳書を含む）の提出
消費税の確定申告書の提出（インボイス登録事業者・課税事業者）
個人事業の開業・廃業等届出書（開業届）の提出
所得税の青色申告承認申請書の提出
インボイス（適格請求書発行事業者）の登録申請書の提出
納付手続き（ダイレクト納付、インターネットバンキング、クレジットカード、コンビニQR納付、スマホアプリ納付）
納税証明書の交付請求

特に、開業届と青色申告承認申請書をe-Taxで同時提出できるのは、起業初年度の人にとって便利です。税務署の窓口が混む時期に並ぶ必要がありません。

e-Taxとマイナポータル連携・確定申告書等作成コーナーの関係

ここで多くの人が混乱するのが、「e-Tax」「確定申告書等作成コーナー」「マイナポータル連携」の3つの違いです。

確定申告書等作成コーナー: 国税庁が無料提供している、申告書を作るためのWebサービス。入力フォームに数字を打ち込めばPDFや申告データができあがります
e-Tax: 作った申告データを「電子的に提出する」仕組み。送信機能のこと
マイナポータル連携: 給与・年金・医療費・生命保険料・社会保険料などのデータを、マイナポータル経由で自動取得して申告書に反映する機能

つまり、確定申告書等作成コーナーで申告書を作り、その送信ボタンを押すことでe-Taxを使う、という関係です。マイナポータル連携を併用すれば、医療費の領収書を1枚ずつ入力する手間を省けます。これは正直、毎年使わない理由がないレベルで便利な機能です。

なぜ個人事業主はe-Taxを使うべきか｜マクロ視点でのメリット・デメリット

e-Taxの利用率は年々上昇しています。国税庁が公表しているe-Tax利用状況によれば、所得税申告全体に占めるe-Tax利用率は近年6割超で推移しており、特に個人事業主・フリーランスの利用率は高い傾向が見られます。背景には、青色申告65万円控除がe-Tax提出を条件としていることや、コロナ禍以降にオンライン手続きが一気に普及したことがあります。

メリット｜青色申告65万円控除・還付の早さ・添付書類の省略

個人事業主にとってのe-Taxのメリットは、概ね次の5点に集約されます。

青色申告で65万円の特別控除が取れる: 紙提出だと55万円控除止まりです。所得税率が20%の人なら、差額10万円×20%=2万円の節税。住民税まで含めると年間3万円前後の差になります
還付金の入金が早い: 紙提出だと1〜2か月かかる還付が、e-Taxだと最短2〜3週間で振り込まれるケースが多いです
添付書類の省略: 医療費の領収書、生命保険料控除証明書、住宅ローン控除関連書類など、一部の添付書類の提出を省略できます（5年間の保存義務はあります）
24時間提出可能: 税務署の開庁時間に縛られません。確定申告期間中はメンテナンス時間を除き24時間利用できます
税務署に行かなくていい: 確定申告期の税務署は2〜3時間待ちが当たり前です。その時間を本業に回せる価値は、控除10万円より大きいかもしれません

なお、55万円控除の要件に該当しており、電子帳簿での帳簿保存またはe-Taxを使用して期限内に確定申告を行えば、65万円控除を受けることが可能です。また、e-Taxによる提出の場合、還付金の入金がほかの提出方法よりも早い可能性があります。

デメリット｜事前準備の煩雑さと電子証明書の更新

一方で、e-Taxには無視できないデメリットもあります。フェアに書いておきます。

初期設定が面倒: マイナンバーカード、パスワード、利用者識別番号、暗証番号、署名用電子証明書のパスワード…記憶する情報が多い
電子証明書の有効期限: マイナンバーカードに格納されている署名用電子証明書は5年で失効します。期限切れに気づかず申告日に詰む人が一定数います
スマホ・PCが必須: 操作に不慣れな人にとっては心理的ハードルが高い
エラー時の自己解決が難しい: 紙なら税務署で職員に聞けますが、e-Taxのエラーは原因特定にコツが要ります
マイナンバーカードのパスワード: 5回連続で間違えるとロックされ、市区町村窓口での再設定が必要になります

正直なところ、これはどうかと思います、と言いたくなるくらい「最初の設定」が複雑です。ただ、一度設定してしまえば翌年以降はほぼコピペで済むので、初年度だけ気合いを入れて乗り切る価値はあります。

e-Tax 個人事業主のやり方｜事前準備チェックリスト

ここから具体的な手順に入ります。e-Taxを始めるために、個人事業主が確実に揃えるべきものを順番に並べます。

1. マイナンバーカードの取得（最重要・最優先）

e-Taxを使う前提として、マイナンバーカードは事実上必須です。通知カードや住民票、運転免許証では代用できません。総務省・市区町村のオンライン申請から申し込んで、受け取りまで概ね1〜2か月かかります。確定申告期（2月16日〜3月15日）に申請しても間に合わない可能性が高いので、年内に取得を済ませておくことを強く推奨します。

カード受け取り時に設定する4つのパスワードを、必ずメモして保管してください。混同する人が非常に多いので整理しておきます。

署名用電子証明書のパスワード: 英数字混在6〜16桁。e-Tax送信時の電子署名に使用
利用者証明用電子証明書のパスワード: 数字4桁。e-Taxログインやマイナポータル利用時に使用
住民基本台帳用のパスワード: 数字4桁
券面事項入力補助用のパスワード: 数字4桁

確定申告で頻繁に使うのは上の2つ（特に署名用）です。署名用パスワードを5回連続で間違えるとロックされ、市区町村窓口での再設定が必要になります。

2. ICカードリーダー or スマホ（マイナポータルアプリ）

電子署名を行うには、マイナンバーカードを「読み取る」装置が要ります。選択肢は2つです。

スマホ読み取り方式（推奨）: マイナポータルアプリをインストールしたスマホでカードをかざす。追加コスト0円
ICカードリーダー方式: PCにUSB接続するカードリーダーを購入。2,000円〜3,500円程度

2026年時点ではスマホ方式が完全に主流です。iPhoneは7以降、AndroidはマイナンバーカードのNFC読み取りに対応した機種であれば動作します。ICカードリーダーは「PCで全部完結させたい」「スマホを別用途で常時使っていて切り替えが面倒」という人向けの選択肢、と整理しておけば十分です。

3. 利用者識別番号の取得

利用者識別番号は、e-Taxにおける個人事業主の「ID」のような16桁の番号です。取得方法は以下の3パターン。

マイナンバーカード方式で初回ログイン時に自動発行（最速）
e-Taxの開始届出書をオンラインで提出して取得
税務署窓口で書面提出して取得

マイナンバーカードがあれば1番目の方法で即時取得できます。実務上はこれ一択でOKです。

4. スマホ・PC・ブラウザ環境

国税庁の確定申告書等作成コーナーで動作確認されている環境は概ね以下です。

Windows: Microsoft Edge、Google Chrome、Firefox
Mac: Safari、Google Chrome、Firefox
iPhone/iPad: Safari
Android: Google Chrome

OSやブラウザのバージョンが古すぎると弾かれることがあるので、申告作業の前にアップデートを済ませておいてください。

5. 会計ソフトの準備（青色申告は事実上必須）

複式簿記による青色申告決算書を手書きや表計算ソフトで作るのは現実的ではありません。クラウド会計ソフトを使うのが標準です。代表的な3サービスを整理します。

サービス	個人向け年額（目安）	強み
freee会計	11,760円〜（スターター）	簿記知識がなくても使える設計、e-Tax連携が直感的
マネーフォワードクラウド確定申告	11,760円〜（パーソナルミニ）	銀行・クレカ連携が広く、副業の人にも合う
弥生青色申告オンライン	初年度0円キャンペーン有	老舗の安心感、サポートが手厚い

会計ソフトで作成した青色申告決算書はe-Tax用の電子データ（XML）で書き出せるので、確定申告書等作成コーナーにアップロードすればそのまま申告に使えます。

e-Tax 3つの送信方式｜マイナンバーカード方式・ID/パスワード方式・税理士代理送信

e-Taxの送信方式は大きく3つあります。個人事業主にとってどれが最適かを整理します。

マイナンバーカード方式（推奨）

マイナンバーカード+スマホ or ICカードリーダーで送信する方式です。65万円控除の電子申告要件を満たすため、青色申告者は基本これ一択です。利用者識別番号の発行も自動なので、初年度の手続きが最もスムーズです。

ID/パスワード方式

マイナンバーカードを持っていない人向けの暫定方式です。事前に税務署で本人確認を受けて利用者識別番号と暗証番号を発行してもらいます。注意点としては、青色申告65万円控除の要件である「電子申告」として認められるかどうかは、国税庁が当初「暫定措置」と位置付けているため、長期的にはマイナンバーカード方式への移行が推奨されています。

税理士代理送信方式

税理士に確定申告を依頼している場合の方式です。税理士の電子署名で代理送信されるため、自分でe-Taxの操作をする必要はありません。年商1,000万円を超えて消費税申告が必要になった、不動産所得が複雑になった、といったタイミングで税理士に切り替える人が多いです。

e-Taxによる確定申告の手順｜マイナンバーカード方式での最短ルート

ここからが本題です。マイナンバーカード+スマホでの確定申告手順を、実際の操作順に追っていきます。

Step 1. 会計ソフトで決算書を確定させる

確定申告期に入る前に、12月31日時点の帳簿を締めて、青色申告決算書（または収支内訳書）を確定させます。具体的には次の作業をします。

年内の取引をすべて記帳する（請求書ベース・現金主義どちらか統一）
銀行・クレカ連携データを最終取り込み・仕訳確認
棚卸（在庫を持っている事業の場合）
固定資産の減価償却計算
家事按分（自宅兼事務所の家賃・光熱費・通信費）
期末残高の確認（現預金・売掛金・買掛金）

freeeやマネーフォワードなら、決算書作成のウィザードが用意されているので、流れに沿って入力すれば自動で青色申告決算書ができあがります。

Step 2. 確定申告書等作成コーナーにアクセスしてログイン

国税庁の確定申告書等作成コーナーにアクセスします。「作成開始」→「e-Taxで提出マイナンバーカード方式」を選択。マイナポータルアプリ（スマホ）でQRコードを読み取り、マイナンバーカードの**利用者証明用パスワード（数字4桁）**を入力してログインします。

Step 3. マイナポータル連携で各種データを取り込む（任意・推奨）

ログイン後、マイナポータル連携の画面が表示されます。事前にマイナポータルで連携設定を済ませておけば、以下のデータが自動で取り込まれます。

給与所得の源泉徴収票（給与所得がある場合）
公的年金等の源泉徴収票
国民年金保険料の控除証明書
国民健康保険料の支払額
生命保険料控除証明書
地震保険料控除証明書
医療費通知（マイナポータルに連携した医療費データ）
ふるさと納税の寄附金受領証明書（一部自治体）
住宅ローン控除関連書類

医療費の領収書を1枚ずつ集計する作業がほぼ消えるので、家族分を含めて医療費控除を申請する人ほど恩恵が大きいです。

Step 4. 申告書の入力

「所得税」→「青色申告決算書がある」を選択し、会計ソフトで作った青色申告決算書のデータ（XML形式）をアップロードします。事業所得が自動で反映されたら、以下を入力していきます。

給与所得・公的年金等の所得（マイナポータル連携で自動入力可）
一時所得・雑所得（副業の所得など）
配偶者・扶養親族の情報
各種所得控除（社会保険料・生命保険料・地震保険料・医療費・寄附金・小規模企業共済等掛金・iDeCo拠出金など）
住宅ローン控除（2年目以降は計算が一気にラクになる）
源泉徴収税額（取引先から源泉徴収されている場合）

入力が終わると、納税額または還付額が自動計算されます。

Step 5. 申告データの送信（電子署名）

入力内容を確認したら「送信」ボタンへ進みます。ここでマイナポータルアプリでQRコードを読み取り、マイナンバーカードの**署名用電子証明書のパスワード（英数字6〜16桁）**を入力。スマホでカードをかざして読み取りが完了すると、電子署名が付与されて送信されます。

送信完了画面で「送信結果」「受付番号」「受信通知」が表示されます。受信通知のPDFは必ず保存してください。後日、住宅ローン審査や保育園の入園書類で「確定申告した証拠」として求められる場面があります。

Step 6. 納税（または還付待ち）

納付がある場合は、以下から選択します。

ダイレクト納付（事前に銀行口座を登録しておく必要あり・手数料0円）
インターネットバンキング（Pay-easy）
クレジットカード納付（決済手数料が別途必要：概ね0.836%）
スマホアプリ納付（PayPay・d払い・au PAY・LINE Pay・Amazon Pay・楽天Pay）
コンビニQR納付（30万円以下）
振替納税（4月下旬に登録口座から自動引落）

実務的には振替納税が最も便利です。納付が約1か月後ろ倒しになり、引落も自動なので「払い忘れ」のリスクがゼロです。

還付の場合は、登録した銀行口座に約2〜3週間で振り込まれます。マイページから入金状況を確認できます。

e-Taxを使う個人事業主が陥りがちな落とし穴と対処法

ここからは、毎年の現場で繰り返し見ている「やらかしポイント」を共有します。私自身、編集者として複数のフリーランス向けメディアで確定申告ガイドを担当してきましたが、書いた内容を自分の申告で実践した初年度に、マイナンバーカードの署名用パスワードを忘れていることに3月13日の夜に気づいて青ざめたことがあります。土日を挟むと役所が開かず、結局確定申告期間中に間に合わせるためにかなり走り回りました。パスワードのメモは本当に大事です。

落とし穴1. 電子証明書の有効期限切れ

マイナンバーカードの署名用電子証明書は発行から5年で失効します（カード本体の有効期限とは別物）。失効していると送信時に弾かれます。マイナポータルアプリで有効期限を確認し、期限の3か月前くらいから市区町村窓口で更新手続きをしておくのが安全です。

落とし穴2. パスワードロック

5回連続で署名用パスワードを間違えるとロックされます。解除は市区町村窓口での対面手続きが必要で、即日対応してくれない自治体もあります。申告期限直前の発覚は致命傷になりかねないので、パスワードに自信がない人は、12月のうちに一度ログインテストをしておくと安心です。

落とし穴3. ブラウザ拡張機能との競合

広告ブロッカー、セキュリティ系拡張機能、翻訳拡張機能などが原因で、確定申告書等作成コーナーが正しく動作しないケースがあります。送信時に固まる・読み取り画面が出ない、といった症状が出たら、シークレットウィンドウ（拡張機能オフ）で開き直すか、別ブラウザを試してください。

落とし穴4. 送信したつもりが「送信中断」

入力後にブラウザを閉じる・タイムアウトで切れる、といったタイミングで送信が完了していないことがあります。必ず「受信通知」のメッセージボックスを確認し、受付日時と受付番号が表示されているかをチェックしてください。

e-TaxはPCやスマホを操作する必要があるため、電子機器の使用に苦手意識がある場合は手続きが難しいと感じる方もいるかもしれません。また、e-Taxへの入力操作や必要な周辺機器に慣れていない場合は、窓口での手続きのほうが簡単に感じる可能性もあります。ただし、操作に慣れてしまえば自宅から簡単に確定申告ができるので、事前準備と同じように翌年以降の負担は軽減されます。

落とし穴5. インボイス課税事業者の消費税申告漏れ

2023年10月のインボイス制度開始以降、適格請求書発行事業者として登録した個人事業主は、所得税申告に加えて消費税申告も必須になります。所得税だけ申告して消費税を忘れる、というミスが特に登録初年度に多発しています。e-Taxでは所得税と消費税は別データなので、両方の送信を忘れないようにしてください。

スキル分野ごとの単価相場と確定申告の必要性

また、著述家，記者，編集者の年収・単価相場では、Webライター・編集者の単価が文字単価0.5〜10円と幅広いことが分かります。副業からスタートする人が多い職種だからこそ、所得が20万円を超えたら確定申告が必要、というラインを意識しておく必要があります。給与所得者が副業として活動する場合、年間所得20万円超で確定申告義務が発生し、e-Taxを使えば自宅から短時間で完結できます。

案件カテゴリから見るe-Tax対応の重要性

AIコンサル・業務活用支援のお仕事は、企業のDX推進や生成AI導入支援といった、報酬単価の高い案件が中心です。月額顧問契約や成果報酬型の案件では、源泉徴収の有無や請求書発行のルールが取引先によって変わるため、帳簿管理と確定申告のスキルが事業継続の土台になります。

AI・マーケティング・セキュリティのお仕事では、Web広告運用代行・SEO支援・情報セキュリティコンサルなど、専門性の高い継続案件が多数あります。年間取引額1,000万円を超えるとインボイス制度の影響を強く受け、消費税申告（e-Taxの活用）が事実上必須になります。

アプリケーション開発のお仕事では、Web/モバイルアプリ開発の請負・受託案件が中心です。複数クライアントから報酬を受け取るため、源泉徴収済み所得・源泉徴収なし所得を区別して集計する必要があり、会計ソフトとe-Taxの連携が時間節約のカギになります。

資格と組み合わせた専門特化の方向性

e-Taxを使いこなせる個人事業主は、確定申告以外にも「税務・経理リテラシー」を案件に活かせる場面があります。たとえばビジネス文書検定で身につく書類作成スキルは、税務関連書類・契約書・請求書・見積書の作成精度を上げることに直結します。バックオフィス代行・経理支援といった案件は、リモート完結型かつ継続的に受注しやすいため、副業から本業への移行ルートとしても有力です。

技術系ではCCNA（シスコ技術者認定）を取得してネットワーク・インフラ案件を受託しながら、確定申告でしっかり節税して手取りを最大化する、という型もあります。インフラ系フリーランスの単価は高水準で安定しているため、税務最適化のリターンも大きくなります。

副業からの段階的なキャリア設計

副業フリーランスからスタートする人にとっては、e-Taxの操作を覚えること自体が「事業者としての第一歩」です。具体的なロードマップ事例として、FP資格の「やり方」を徹底解説！未経験から効率的に取得するロードマップでは、FP資格取得を起点にお金のリテラシーを高めて副業・本業に活かす道筋が紹介されています。FPの知識は、自分自身の確定申告・税務戦略にも直接役立ちます。

技術系では【現役エンジニアが解説】DXリスキリング資格取得やり方ロードマップと費用対効果で扱われているように、DX・AI領域のリスキリングを進めることで、高単価案件にアクセスできる土台ができます。高単価化すれば確定申告の重要性が増し、e-Tax+青色申告での税務最適化が手取り増に直結します。

執筆業の人は、Webライターのポートフォリオの作り方｜案件獲得率が上がるテンプレート付き【2026年版】を参考にポートフォリオを整備しつつ、開業届・青色申告承認申請書をe-Taxで提出することで、所得20万円超のラインを越えても慌てない体制を最初から作っておくことが推奨されます。

プラットフォーム選びと手数料の現実

副業・フリーランスとして案件を獲得するには、クラウドソーシングやエージェント・案件マッチングプラットフォームを使うのが現実的です。ただし、大手クラウドソーシングサービスでは案件報酬から16.5〜22%の手数料が差し引かれます。年間100万円の案件を受託すると、手数料で16.5〜22万円が消える計算です。

e-Tax活用が拓く法人成りの選択肢

個人事業主としての売上が継続的に1,000万円を超えるようになると、法人成り（マイクロ法人化）を検討する段階に入ります。法人化すると消費税の納税義務、社会保険加入義務、決算申告の複雑化など、税務手続きが個人事業主時代より格段に重くなります。

ここで、個人事業主時代にe-Taxによる電子申告に慣れているかどうかが、法人化後の業務効率に大きな差を生みます。法人税・消費税・法人住民税・法人事業税の申告も、地方税ポータルシステム（eLTAX）と連携した電子申告が標準化されつつあります。「個人時代に電子申告を使い倒した経験」が、法人化後のスムーズな移行に直結します。

逆に言えば、e-Taxを敬遠して紙申告を続けていると、法人化のハードルが心理的にも実務的にも高くなりすぎ、所得が高水準で安定しているのに法人成りできずに高い所得税率を払い続ける、という機会損失が発生します。e-Taxは「単なる確定申告ツール」ではなく、フリーランスとしてのキャリア設計の土台になる仕組み、と捉えるのが妥当です。