e-Taxで確定申告するやり方｜フリーランス向けに画面つきで手順を解説

Q: Q. 利益が 20万円 以下なら確定申告は不要ですよね？

所得税の確定申告については、会社員で副業の雑所得が20万円以下であれば不要というルールがあります。しかし、 「住民税」にはその20万円ルールの特例はありません。 利益が 1円 でもあれば、お住まいの市区町村役場へ住民税の申告を行う法的義務があります。これを怠ると、後に発覚して無申告加算税の対象となります。

2026年3月29日

高橋莉奈

この記事のポイント

✓フリーランスがe-Taxで確定申告を行う手順をステップごとに解説
✓マイナンバーカードの設定
✓よくあるエラーと対処法までカバーします

確定申告の時期が近づくと、税務署には長い行列ができます。私は以前、朝8時に税務署に並んで、提出が終わったのは午後1時でした。あの半日を返してほしい、と心底思いました。

その翌年からe-Taxに切り替えたところ、自宅で1時間もかからずに申告が完了。しかも青色申告特別控除が55万円から65万円にアップするというおまけつきです（e-Taxで提出すると10万円加算されます）。

この記事では、フリーランスがe-Taxで確定申告を行うための準備から提出完了までの手順を解説します。

e-Taxとは

e-Tax（国税電子申告・納税システム）は、インターネットを通じて確定申告書の提出や納税ができる国税庁のシステムです。

e-Taxで申告する3つのメリット

メリット	内容
65万円控除が受けられる	紙提出では55万円、e-Taxなら65万円
自宅で完結	税務署に行く必要なし
還付が早い	紙提出より2〜3週間早い

特に1つ目の控除額の違いは大きいです。所得税率20%の方なら、10万円の控除差で所得税・住民税合わせて約3万円の差が出ます。毎年のことなので、早めにe-Taxに切り替えておくことをお勧めします。

事前準備：e-Taxに必要なもの

必要なもの一覧

必要なもの	備考
マイナンバーカード	通知カードは不可
ICカードリーダー	またはマイナンバーカード対応スマホ
利用者識別番号	初回のみ取得（e-Tax上で取得可能）
確定申告に必要な書類	収支内訳書・青色申告決算書のデータ
会計ソフトのデータ	freee、マネーフォワード等

マイナンバーカードの準備

マイナンバーカードを持っていない場合、申請から受取まで約1〜2ヶ月かかります。確定申告の直前に慌てないよう、早めに申請しておきましょう。

カードの電子証明書には2種類のパスワードがあります。

パスワード	桁数	用途
署名用電子証明書	6〜16桁（英数字）	e-Taxでの申告書送信
利用者証明用電子証明書	4桁（数字）	マイナポータルのログイン

署名用のパスワードは5回連続で間違えるとロックされ、市区町村の窓口で解除手続きが必要になります。忘れないようにメモしておいてください。

ICカードリーダーまたはスマホの準備

マイナンバーカードの読み取りには、ICカードリーダーが必要です。USB接続のものが2,000〜3,000円程度で購入できます。

スマホのNFC機能で読み取る方法もあります。iPhoneはiPhone 7以降、AndroidはNFC対応機種であればOK。マイナポータルアプリをインストールしてください。

e-Taxで確定申告する手順

ステップ1: 確定申告書等作成コーナーにアクセス

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（https://www.keisan.nta.go.jp/）にアクセスします。

「作成開始」をクリックし、「e-Taxで提出（マイナンバーカード方式）」を選択します。

ステップ2: マイナンバーカードの認証

画面の指示に従って、マイナンバーカードをICカードリーダーまたはスマホで読み取ります。初回はマイナポータルとの連携設定を求められますが、画面の案内通りに進めれば問題ありません。

ステップ3: 申告書の種類を選択

フリーランスの場合は以下を選びます。

所得税の確定申告書 → 「決算書・収支内訳書」から作成
青色申告の場合 → 「青色申告決算書」を選択
白色申告の場合 → 「収支内訳書」を選択

ステップ4: 青色申告決算書の入力

会計ソフトを使っている方は、ここが楽になります。

会計ソフトから直接e-Tax送信する場合

freee、マネーフォワード、弥生会計などの主要な会計ソフトには、e-Tax連携機能があります。会計ソフト側で「e-Tax送信」を選択すれば、確定申告書等作成コーナーを経由せずに直接送信できます。

確定申告書等作成コーナーで手入力する場合

会計ソフトから出力した決算書の数字を、画面の各項目に入力していきます。主な入力項目は以下の通りです。

売上（収入）金額
経費の各項目（通信費、旅費交通費、消耗品費、地代家賃など）
青色申告特別控除額
減価償却費の内訳

ステップ5: 所得税の確定申告書の入力

決算書の入力が完了すると、その数字が所得税の申告書に自動反映されます。追加で入力が必要なのは以下の項目です。

所得控除: 社会保険料控除、小規模企業共済等掛金控除、iDeCo、生命保険料控除、医療費控除など
源泉徴収税額: クライアントから源泉徴収されている場合、その合計額
住民税に関する事項: 特別徴収か普通徴収かの選択（副業の場合は普通徴収を選ぶケースが多い）

ステップ6: 送信前の確認

入力が完了すると、申告書のプレビューが表示されます。以下を最終確認してください。

売上金額と経費の合計が正しいか
青色申告特別控除が65万円になっているか（e-Tax送信の場合）
所得控除の漏れがないか
納付税額または還付税額が想定通りか

ステップ7: 送信

マイナンバーカードを再度読み取り、署名用パスワードを入力して送信します。送信完了後、「受付番号」が表示されますので、必ず控えておいてください。

送信後、e-Taxの「メッセージボックス」に受付結果が届きます。「正常に受け付けました」と表示されれば完了です。

よくあるエラーと対処法

エラー1: マイナンバーカードが読み取れない

ICカードリーダーのドライバーが最新か確認
スマホの場合、NFC機能がONになっているか確認
カードの向きが正しいか確認

エラー2: 署名用パスワードがロックされた

5回連続で間違えるとロックされます。お住まいの市区町村の窓口で解除手続きが必要です。本人確認書類を持参してください。

エラー3: 「利用者識別番号が一致しません」

過去に利用者識別番号を取得したことがある場合、重複登録になっている可能性があります。税務署に電話で問い合わせてください。

エラー4: 送信がタイムアウトする

確定申告期間中（特に3月上旬〜中旬）はアクセスが集中します。早朝や深夜の時間帯に試すか、期間の前半に提出するのがおすすめです。

納付方法

e-Taxで申告した後の税金の納付方法は複数あります。

納付方法	手数料	備考
ダイレクト納付	無料	事前登録が必要
インターネットバンキング	無料	銀行のネットバンキング契約が必要
クレジットカード	0.83%程度	国税クレジットカードお支払サイト
QRコードでコンビニ	無料	30万円以下のみ
振替納税	無料	引落日は4月中旬

振替納税は引落日が約1ヶ月後になるため、資金繰りの面でも有利です。

会計ソフトの選び方

e-Taxでの申告をスムーズに行うには、会計ソフトの活用が欠かせません。

ソフト名	月額料金	e-Tax連携	特徴
freee	1,480円〜	あり	簿記知識不要。初心者向け
マネーフォワード	1,280円〜	あり	銀行連携が強い
弥生（やよい）	0円〜	あり	白色申告なら無料

@SOHOの資格ガイドでは、簿記などの経理関連資格についても解説しています。確定申告の基礎知識を体系的に学びたい方は、日商簿記3級の取得を検討してみてください。学習期間は1〜3ヶ月程度で、帳簿作成の基本がわかるようになります。

まとめ

e-Taxでの確定申告は、最初の設定さえ済ませてしまえば、翌年からは驚くほどスムーズに完了します。自宅で完結し、65万円控除の恩恵も受けられる。フリーランスなら使わない理由がありません。

まだ紙で提出している方は、次回の確定申告からe-Taxへの切り替えを検討してみてください。マイナンバーカードの準備だけは早めに。

スマホ申告（マイナポータル連携）の最新フロー

2026年現在、e-Taxで一番手軽なのは「スマホ＋マイナポータル連携」のフローだ。ICカードリーダーを買う必要すらない。私もここ2年は完全にスマホ申告に切り替えていて、確定申告にかかる時間は30〜45分まで短縮できた。

スマホ申告の準備物は以下の通り。

準備物	用途	注意点
マイナンバーカード（NFC）	本人認証・電子署名	通知カードは不可
マイナポータルアプリ	カード読み取り	App Store / Google Playで無料
国税庁確定申告書等作成コーナー	申告書作成	スマホ専用画面が用意されている
利用者証明用パスワード（4桁）	ログイン時	連続3回ミスでロック
署名用パスワード（6〜16桁）	送信時	連続5回ミスでロック

スマホ申告の最大のメリットは、マイナポータル連携を有効化すると以下のデータが自動取得できることだ。

・給与の源泉徴収票（マイナポータル連携済み勤務先のみ）・公的年金の源泉徴収票・国民年金保険料の控除証明書・小規模企業共済等掛金の払込証明書・iDeCoの掛金額・生命保険料控除証明書（連携済み保険会社）・地震保険料控除証明書・住宅ローン年末残高証明書（連携済み金融機関）・ふるさと納税の寄附金受領証明書（楽天ふるさと納税・さとふる等の連携済みサイト）・医療費通知情報（健康保険組合経由のもの）

これらが自動で申告書に反映されるため、入力ミスがゼロになる。特にふるさと納税を10件以上している人は、寄附金受領証明書を1枚ずつ入力する手間が消えるだけで30分以上の時短になる。

ただし、マイナポータル連携には初回設定が必要で、各データ提供事業者ごとに「連携を許可する」操作が必要。確定申告の前年12月までに連携を済ませておくのがおすすめだ。連携が反映されるまで数日かかるサービスもある。

開業1〜2年目のフリーランスがハマる申告ミス6選

過去5年、副業仲間の確定申告を10件以上手伝ってきたなかで、開業初期のフリーランスが必ずと言っていいほどやらかすミスがある。事前に知っておけば全部回避できる。

ミス	発生頻度	影響額の目安	対策
国民健康保険料の控除入力漏れ	高	所得税1〜3万円	自治体から届く納付額通知をPDF保存
源泉徴収税額の合算ミス	高	還付2〜10万円	支払調書を全クライアントから回収
開業届を出し忘れて青色申告できない	中	控除65万円分（税額換算で12〜20万円）	開業から2ヶ月以内に提出
家事按分の比率を毎年バラバラに変える	中	税務調査リスク	按分根拠を文書化して固定
インボイス登録後の消費税処理を放置	中	追徴課税	登録の翌月から処理開始
暗号資産・株の譲渡益の申告漏れ	低	加算税10〜35%	マネーフォワード等で自動集計

特に多いのが「源泉徴収税額の合算ミス」だ。クライアントから「支払調書」が送られてくるが、これは法律上の発行義務がないため、送ってこないクライアントも多い。自分の会計ソフトで「源泉徴収された金額の年間合計」を集計し、それを申告書に入力するのが正しい手順。支払調書が届かなくても、こちら側の記録があれば還付は受けられる。

「家事按分」も曖昧にやると、後から税務調査で否認されることがある。家賃を按分する場合は「事業に使っている部屋の面積÷総面積」、通信費なら「平日昼間の使用時間÷総使用時間」など、計算根拠を必ずメモしておく。私は毎年同じ比率（家賃30%、通信費60%、電気代25%）を使い、按分根拠書類を1枚作って毎年使い回している。

国税庁の確定申告書等作成コーナーは、画面の案内に従って金額等を入力することにより、税額などが自動計算され、所得税及び復興特別所得税、消費税及び地方消費税、贈与税の申告書、青色申告決算書・収支内訳書などが作成できます。出典: nta.go.jp

提出後にやるべき「2週間以内のチェックリスト」

申告書を送信して「正常に受け付けました」が出たら終わり、ではない。提出後にやらないと損する手続きが意外と多い。私は以下のチェックリストを毎年回している。

提出当日にやること ・受信通知（XML形式）をPDFまたはスクリーンショットで保存・送信した申告書PDFをローカルとクラウドの両方に保存・受付番号を会計ソフトの備考欄にメモ

提出後3日以内にやること ・国税庁から「メッセージボックス」に届く受付完了メッセージを確認・住宅ローン控除や医療費控除の還付見込額を再計算・ダイレクト納付を選んだ場合は引落日と口座残高を確認・住民税の通知が届く時期（5〜6月）をカレンダーに登録

提出後1〜2週間以内にやること ・税務署からの「お尋ね」メッセージが届いていないか週1で確認・マイナポータル連携を翌年用に更新（保険会社の証明書発行設定など）・翌年に向けて開業届・青色申告承認申請書の見直し・控除証明書類の電子帳簿保存（7年保管）

特に重要なのが「お尋ね」への対応だ。e-Taxで申告すると、税務署からの問い合わせもメッセージボックス経由で来ることが多い。郵送と違って気付きにくいため、確定申告から3ヶ月くらいは週1でメッセージボックスを確認する習慣をつけたい。

還付金は申告から2〜3週間で指定口座に振り込まれる（紙提出だと1〜2ヶ月）。3週間経っても振り込まれない場合は、メッセージボックスに「処理中」「保留」のメッセージが届いている可能性が高いので、必ず確認する。

電子帳簿保存法対応として、確定申告関連の書類はすべて電子データで7年間保管する義務がある。私はGoogle Driveに「確定申告_2026」のような年度別フォルダを作り、そこに以下を保存している。

保存書類	形式	保存期間
申告書本体	PDF	7年
受信通知	XML / PDF	7年
売上・経費の証憑	PDF / スクショ	7年（赤字繰越時は10年）
控除証明書	PDF	7年
帳簿（仕訳帳・総勘定元帳）	CSV / PDF	7年

紙の領収書をスキャンする場合は、スマホアプリの「スマートレシート」や「Adobe Scan」を使うと、自動でOCRがかかってファイル名検索できるようになる。これだけで翌年の申告準備が劇的に楽になる。

よくある質問

Q. 利益が 20万円以下なら確定申告は不要ですよね？

所得税の確定申告については、会社員で副業の雑所得が20万円以下であれば不要というルールがあります。しかし、「住民税」にはその20万円ルールの特例はありません。利益が 1円でもあれば、お住まいの市区町村役場へ住民税の申告を行う法的義務があります。これを怠ると、後に発覚して無申告加算税の対象となります。