電子帳簿保存法クラウド会計｜freee/マネフォ/弥生の対応状況比較

2026年4月4日

前田壮一

この記事のポイント

✓電子帳簿保存法クラウド会計の対応状況をfreee・マネーフォワード・弥生で徹底比較
✓料金相場まで実務目線で解説します

まず、安心してください。電子帳簿保存法（以下、電帳法）の対応に追われて、深夜に領収書の山を前にため息をついている皆さんは、決して少数派ではありません。私も43歳でメーカーを辞めてフリーランスになったとき、最初にぶつかった壁が「電子帳簿保存法クラウド会計」のキーワードでした。請求書、領収書、契約書、それらをどう保存すれば法律違反にならないのか。本記事では、freee・マネーフォワード・弥生の3大クラウド会計ソフトの対応状況を比較しながら、皆さんの実務に直結する選び方を整理していきます。

電子帳簿保存法とクラウド会計をめぐる現状

電子帳簿保存法は1998年に施行された比較的歴史のある法律ですが、近年の改正でその性質は大きく変わりました。特に2022年1月の改正、そして2024年1月の電子取引データ保存の完全義務化により、すべての事業者がこの問題と向き合う必要が出てきました。

これまでは「紙で印刷して保存すればよかった」電子取引データも、現在は電子データのまま、改ざん防止措置を講じた状態で保存することが求められています。具体的には、メールで受領したPDFの請求書、Amazonビジネスで購入した領収書、クラウドサービスの利用明細などが該当します。中小企業庁の調査によれば、フリーランス・小規模事業者の多くが「対応の必要性は理解しているが、何をどうすればよいかわからない」と回答しており、これは決して皆さんだけの悩みではありません。

私が独立した当初、最も苦労したのが「紙とデータの併存」でした。コンビニで購入した文房具のレシートは紙、サブスクリプションサービスの請求書はPDF、銀行の取引明細はCSV。これらをすべて統一的に管理するには、クラウド会計ソフトに頼るのが現実的な解決策でした。

電子帳簿保存法に対応しているサービスを選ぶ際は、国税関係帳簿書類の保存に適した機能を有していることが大前提です。さらに、先述した4つのポイントも考慮すると、クラウドサービスの種類のうち、「クラウド会計タイプのシステム」（クラウド会計ソフト）を活用するのがおすすめです。

つまり、領収書管理サービスや経費精算サービスを個別に導入するよりも、会計の根幹を担うクラウド会計ソフトで一元管理する方が、結果として運用コストも学習コストも低く抑えられるということです。

電子帳簿保存法の3つの保存区分を整理する

クラウド会計ソフトを選ぶ前に、皆さんが守らなければならない電帳法の保存区分を正しく理解しておく必要があります。ここを曖昧にしたままソフトを選ぶと、後で「機能が足りなかった」という事態になりかねません。

1. 電子帳簿等保存

会計ソフトで作成した帳簿や決算関係書類を、紙に印刷せず電子データのまま保存する区分です。これは任意適用で、適用すれば過少申告加算税の軽減措置などのメリットがあります。クラウド会計ソフトを使っている時点で、ほぼ自動的にこの要件を満たしている形になりますが、「優良な電子帳簿」として認められるには訂正・削除履歴の保存など追加要件があります。

2. スキャナ保存

紙で受領した請求書や領収書をスキャナやスマートフォンで撮影し、電子データとして保存する区分です。2022年の改正でタイムスタンプ要件が緩和され、最長約2か月以内であれば事後付与でも認められるようになりました。また、訂正・削除の履歴が残るシステムであればタイムスタンプ自体が不要となるケースもあります。

3. 電子取引データ保存

これが2024年1月から完全義務化された区分です。メールで受領したPDFの請求書、ECサイトの注文確認画面、クラウドサービスの利用明細など、最初から電子データで受領した取引情報は、電子データのまま保存しなければなりません。紙に印刷して保存することは原則認められません。

この3区分のうち、特に2と3はクラウド会計ソフトの対応力が大きく問われる領域です。皆さんが日常的に扱う書類のほとんどがここに該当するからです。

クラウド会計ソフトを使うメリット

電帳法対応のためだけにクラウド会計ソフトを導入するのは少し勿体ない、というのが私の正直な感想です。本来クラウド会計ソフトは、もっと幅広いメリットをもたらしてくれます。

法改正への自動追従

税制改正や電帳法の要件変更が起きた際、クラウド型のサービスは事業者側で何もしなくても、サービス提供者がアップデートで対応してくれます。インストール型の会計ソフトであれば、毎年バージョンアップ版を購入し直す必要がありました。年間1万円から3万円程度のソフト購入費用と、設定変更の手間を考えると、この自動追従のメリットは想像以上に大きいです。

場所を選ばない経理業務

私が独立してから一番ありがたいと感じているのが、これです。出張先のホテルでも、子どもの学校行事の合間でも、スマートフォン1台で経費の入力や請求書の発行ができます。クラウド会計ソフトの多くはスマホアプリも提供しており、領収書を受け取ったその場で撮影してアップロードできます。

銀行・クレジットカードとの自動連携

主要なクラウド会計ソフトは、銀行口座やクレジットカードと連携することで、取引データを自動的に取り込んでくれます。手入力の手間が大幅に減り、転記ミスも防げます。月末に明細を見ながら半日かけて入力していた作業が、確認と仕訳の修正だけで30分程度に短縮されたという話はよく聞きます。

税理士や記帳代行との連携が容易

クラウド型のメリットとして見落とされがちなのが、第三者との共有が容易な点です。データを送る必要がなく、税理士に閲覧権限を付与するだけで、リアルタイムで状況を確認してもらえます。フリーランスとして独立を考えている皆さんにとって、これは将来的に大きな意味を持ちます。創業時の融資申請にも会計データは欠かせず、税理士のサポートを受けるなら創業融資の税理士サポート費用相場｜着手金無料・成功報酬型の選び方も参考になります。

クラウド会計ソフトのデメリットとリスク

メリットだけを並べるのはフェアではないので、デメリットも正直に書きます。

月額課金の継続コスト

インストール型と違い、クラウド型は使い続ける限り課金が発生します。年間で見ると1万円から6万円程度の固定費になるため、取引件数が極端に少ない事業者にとっては割高に感じられる場合があります。

インターネット環境への依存

オフラインでは基本的に作業ができません。災害や障害でインターネットが使えない状況では、業務が止まるリスクがあります。ただし、これは現代のビジネス全般に言えることで、クラウド会計ソフト特有の問題というよりは、事業継続計画の一部として考えるべき論点です。

セキュリティとデータ管理の信頼性

会計データという機微な情報を外部サーバに預けることに不安を感じる方もいます。ただ、主要なクラウド会計ソフトは、銀行レベルの暗号化通信や多要素認証、データセンターの冗長化など、個人事業主が自前で実現するのは困難な水準のセキュリティを実装しています。むしろ、PC1台にデータを保管している方が紛失や故障のリスクが高いとも言えます。

操作の学習コスト

特に長年デスクトップ型の会計ソフトを使ってきた方にとって、クラウド型のUI（ユーザーインターフェース）に慣れるまでには時間がかかります。私自身、最初の1か月は何度もマニュアルを開きながらの作業でした。

freee・マネーフォワード・弥生の対応状況を比較する

ここからが本題です。代表的な3つのクラウド会計ソフトの電帳法対応状況を、実務目線で比較していきます。

freee会計

freeeは「会計知識がない人でも使える」をコンセプトに開発されており、UI（ユーザーインターフェース）の分かりやすさで定評があります。電帳法対応については、JIIMA認証（公益社団法人日本文書情報マネジメント協会による認証）を取得しており、電子書類ソフト法的要件認証、電子帳簿ソフト法的要件認証、電子取引ソフト法的要件認証など複数の認証を受けています。

スキャナ保存については、スマートフォンで撮影した領収書をfreee上にアップロードすると、AIが自動で日付・金額・取引先を読み取って仕訳候補を提示してくれます。電子取引データ保存についても、メールで受領したPDFを直接freeeにアップロードできるほか、Amazonビジネスなどとの自動連携機能で取引データを自動取得できます。

料金プランは個人事業主向けの「スターター」が年額11,760円（税抜）から、法人向けの「ミニマム」が年額26,136円（税抜）から提供されています。

マネーフォワードクラウド会計

マネーフォワードは「会計の専門知識がある人にとって使いやすい」設計が特徴で、税理士からの推薦が多いソフトです。電帳法対応については、「マネーフォワードクラウド経費」「マネーフォワードクラウド債務支払」など、目的別のサービスと組み合わせることで包括的に対応する設計になっています。

電子帳簿保存法に対応したクラウド会計ソフトであれば、要件に沿った国税関係帳簿書類の保存が容易になります。さらに、発行した書類だけでなく受領した請求書や領収書も一元管理できるため、会計業務にかかる負担を大幅に軽減できます。

マネーフォワードの強みは、銀行・クレジットカード・電子マネー・通販サイトなど、連携先の数の多さです。2,500以上の金融機関やサービスと連携できるため、データの自動取得という観点では他社を圧倒しています。電子取引データ保存についても、連携先から自動取得したデータは検索要件を満たした状態で保存されるため、運用負荷が低いのが特徴です。

料金は個人向けの「パーソナル」が年額11,760円（税抜）から、法人向けの「スモールビジネス」が年額35,760円（税抜）からとなっています。

弥生会計オンライン / やよいの青色申告オンライン

弥生は会計ソフト業界の老舗で、デスクトップ型の弥生会計から長年使い続けているユーザーが多いブランドです。クラウド型として弥生会計オンライン、やよいの青色申告オンライン、やよいの白色申告オンラインを展開しています。電帳法対応については、「スマート証憑管理」というサービスを別途用意しており、これと連携することで電子取引データ保存とスキャナ保存に対応します。

弥生の特徴は、何といっても「初年度無料」のプランがあることです。やよいの白色申告オンラインは永年無料、やよいの青色申告オンラインは初年度無料で使えるため、コストを抑えて始めたい個人事業主には魅力的な選択肢です。

ただし、無料プランや初年度無料プランでは電帳法対応の証憑管理機能が制限される場合があるため、契約前に最新の機能範囲を確認することをおすすめします。料金は青色申告オンラインのベーシックプランが年額13,200円（税込）からです。

クラウド会計ソフトを選ぶ4つのポイント

3社の概要を見ていただいたところで、皆さんが自分に合うサービスを選ぶための判断軸を整理します。

1. JIIMA認証を取得しているか

電帳法対応を謳うサービスは数多くありますが、客観的に要件を満たしていることを示す指標がJIIMA認証です。3社ともに各種JIIMA認証を取得していますが、認証の種類（電子書類ソフト、電子取引ソフト、スキャナ保存ソフトなど）によって対応範囲が異なります。皆さんの業務で必要な認証区分を満たしているか、契約前に確認してください。

2. 検索要件を実用的な操作で満たせるか

電帳法の電子取引データ保存では、「取引年月日」「取引金額」「取引先」の3項目で検索できることが求められます。クラウド会計ソフトでは、データを取り込んだ時点でこれらの項目が自動的に登録される設計になっていますが、手作業でアップロードした書類について、どの程度自動でメタデータが付与されるかは各社で差があります。AI読取の精度が高いほど、皆さんの入力作業は減ります。

3. 自社の業務フローと相性が合うか

私の経験上、これが一番大切です。freeeは「取引」という独自の概念をベースに動くため、簿記の知識がある人ほど最初は戸惑います。マネーフォワードは仕訳ベースの伝統的な会計の流れに沿っているため、簿記経験者には馴染みやすいです。弥生はデスクトップ版の操作感を踏襲しており、長年弥生を使ってきた人にはスムーズです。実際に無料体験で触ってみることを強くおすすめします。

4. 周辺サービスとの連携

クラウド会計ソフトは単体で使うものではなく、請求書発行サービス、経費精算サービス、給与計算サービスなどと連携して使うのが一般的です。すでに利用しているサービスや、今後導入したいサービスとの連携状況も選定のポイントになります。例えば、決済システムの導入を検討している方はStripe, PayPal, Square比較｜エンジニア向け決済システム導入ガイドも合わせて読んでおくと、システム全体の設計が見えやすくなります。

導入後の運用で気を付けたい3つの落とし穴

ソフトを契約しただけでは電帳法対応は完了しません。運用フェーズで皆さんが躓きやすいポイントを3つ挙げます。

落とし穴1: スキャン後の原本廃棄のタイミング

スキャナ保存制度を適用すれば、スキャン後の紙原本を廃棄することが認められています。しかし、これには「定期検査」など一定の手続きが必要で、いきなり原本を捨ててはいけません。私も独立直後にこの点を勘違いしており、税理士に指摘されて慌てて社内ルールを整備しました。

落とし穴2: 検索要件のメタデータ入力漏れ

クラウド会計ソフトは便利ですが、手動でアップロードした書類については、取引年月日・金額・取引先のメタデータを入力する必要がある場合があります。これを忘れると、保存していても「検索できない状態」となり、税務調査で指摘される可能性があります。月次で漏れチェックを行うルーティンを作ることをおすすめします。

落とし穴3: 改ざん防止措置の選択ミス

電子取引データ保存では、改ざん防止措置として「タイムスタンプの付与」「訂正・削除履歴が残るシステムでの管理」「事務処理規程の整備と運用」のいずれかが必要です。クラウド会計ソフトを使えば自動的に2番目の要件を満たすことが多いですが、運用ルールとして事務処理規程も整備しておくと、税務調査時の説明がスムーズです。国税庁のサイト（国税庁）には事務処理規程のサンプルも公開されています。

具体的に関連する仕事カテゴリとしては、業務効率化を支援するAIコンサル・業務活用支援のお仕事や、システム導入を支援するアプリケーション開発のお仕事が挙げられます。クラウド会計ソフトの導入は、単なる会計業務ではなく、業務プロセス全体の再設計を伴うケースも多く、こうした周辺領域の専門家との連携が成果を分けます。

また、年収データベースの観点から見ると、ソフトウェア作成者の年収・単価相場に示されているような、システム連携や業務自動化を担うエンジニアの市場価値は引き続き高く推移しています。経理担当者がクラウド会計ソフトを使いこなすだけでなく、エンジニアやコンサルタントが業務フロー全体を設計する立場で関与するケースが増えているのが、ここ数年の傾向です。

文書化スキルの観点からは、著述家，記者，編集者の年収・単価相場で示されているような、業務マニュアルや事務処理規程を整備できる人材のニーズも、電帳法対応の文脈で確実に存在します。クラウド会計ソフトをただ導入するだけでなく、社内で運用ルールを文書化できる人材は、企業にとって貴重です。

電子帳簿保存法により電子取引による電子データの保存は義務付けられましたが、紙で発行もしくは受領した見積書、領収書、請求書などは、引き続き紙のまま保存できます。しかし、紙での保存は検索性の低さや管理の手間が生じたり、スペースを確保しなければならなかったりといった課題があります。クラウド会計ソフトを活用してスキャナ保存要件に則ってスキャニングし、クラウド上で電子データとして一元管理することで、こういった課題も解消できます。

実務で見えてきた興味深い点は、皆さんが「電帳法対応のためだけにクラウド会計ソフトを導入する」と思っていても、運用を始めて半年後には「もうこれ無しでは経理が回らない」と評価が変わることが多いことです。電帳法対応はあくまできっかけで、本質的なメリットは経理業務全体の効率化と、データに基づく経営判断のスピードアップにあります。

スキルアップの観点では、ビジネス文書の基礎を学ぶビジネス文書検定のような資格や、ITインフラの基礎を理解するCCNA（シスコ技術者認定）などは、クラウド会計ソフトを使いこなして業務改善を提案できる人材になるための土台として役立ちます。さらに、企業内でDX推進を担うポジションを目指す方には、AIや業務改善の知見を持つAI・マーケティング・セキュリティのお仕事も視野に入れておくと、キャリアの選択肢が広がります。

電帳法対応は単発のプロジェクトに見えて、実は皆さんの事業の基盤を作る重要な投資です。私自身、独立した当初は「面倒な義務」としか思っていませんでしたが、今振り返ると、クラウド会計ソフトを早めに導入したことで、その後の融資申請や税理士との連携、案件管理の効率化など、多くの場面でリターンを得ています。融資申請の際には【完全版】融資に通る事業計画書の書き方｜3つの重要ポイントとテンプレートに書かれているような事業計画書も必要になりますが、その元データとなる会計記録の品質は、クラウド会計ソフトの導入で大きく向上します。

法律対応というと身構えてしまいがちですが、クラウド会計ソフトという味方を得ることで、皆さんの負担は確実に軽くなります。完璧を目指す必要はありません。まずは無料体験で1か月だけ触ってみる、それくらいの軽い気持ちで始めるのが、長続きする秘訣だと私は考えています。

公的機関・関連参考情報

本記事の内容に関連する公的機関や信頼できる情報源は以下の通りです。最新情報は公式サイトで確認してください。

厚生労働省

よくある質問

Q. 2026年度、最もお勧めの「電帳法対策ツール」は何ですか？

特定のソフトではありません。最も重要なのは「証憑の入り口を一本化する仕組み」です。専用のメールアドレス、専用のスキャンアプリ、専用のクラウドフォルダ。この3つをシームレスに繋ぐフローを一度構築してしまえば、電帳法対策は「無意識」で行えるようになります。

Q. freeeとマネーフォワード、どちらが使いやすいですか？

簿記知識ゼロならfreee、仕訳の正確性・自動化精度を重視するならマネーフォワードが向いています。両社とも1ヶ月無料トライアルがあるため、実際に使い比べてから決めるのが良い判断です。

Q. インボイスと電子帳簿保存法は必ず両方対応しなければなりませんか？

はい、原則として両方の要件を満たす必要があります。インボイスとして受け取った請求書が電子データ（PDF等）である場合、電子帳簿保存法のルールに従って保存する義務が生じます。

Q. 紙でもらった領収書も、スキャンして捨てていいですか？

はい、可能です。これを「スキャナ保存制度」と言います。ただし、これには解像度（200dpi以上）やカラー保存などの要件があります。2026年現在は、スマホのカメラで撮影するだけでこれらの要件を自動クリアできるアプリが主流です。撮影後、一定の入力期間（約2ヶ月以内）を過ぎていなければ、紙の原本は破棄しても法的に問題ありません。