インボイス2026 経過措置｜免税事業者から仕入れたら控除はいくら可能？

2026年3月4日

丸山桃子

この記事のポイント

✓インボイス 2026 経過措置の最新情報を徹底解説
✓令和8年度税制改正大綱で控除率が80→70%に緩和された経緯
✓フリーランス・発注側双方の対応策をマクロ視点で整理しました

「インボイス 2026 経過措置」で検索された方の多くは、2026年10月に予定されている経過措置の変更内容と、自分のビジネスへの影響額を具体的に知りたいはずです。結論から書くと、当初予定の「80%控除→50%控除への引き下げ」は令和8年度税制改正大綱で見直され、80%→70%へと緩和されました。本記事ではアパレル・EC領域のフリーランスとして発注側・受注側の両方を経験してきた立場から、計算方法・契約交渉・実務上の落とし穴までマクロ視点で整理します。

インボイス2026 経過措置の現在地：80%→70%への変更が決まった背景

インボイス制度（適格請求書等保存方式）が始まったのは2023年10月。同時に「免税事業者からの仕入れでも、一定割合は仕入税額控除を認める」という6年間の経過措置がスタートしました。当初のスケジュールでは、2026年9月までは80%控除、2026年10月から2029年9月までは50%控除、2029年10月以降は控除なし、という3段階の設計でした。

しかし、課税事業者側からすると「2026年10月にいきなり30%分の税負担が増える」というのは、想定外のコスト増です。私の周囲のアパレルEC事業者でも、撮影スタッフ・ライター・モデルなど免税事業者の取引先が多く、「2026年問題」として頭を抱える声が上がっていました。

この急激な負担増を緩和するために、令和8年度税制改正大綱で経過措置が再設計されました。具体的には、3段階だった控除率を5段階に細分化し、2026年10月以降の控除率を50%ではなく70%に引き上げる方向で見直しが入っています。

2026年10月、インボイス制度が転換期を迎えます。これまで免税事業者との取引に適用されていた消費税の控除割合が80%から70%へ縮小されるためです。(令和8年度税制改正大綱により、引き下げのペースが50％から70％に緩和されました。)

緩和されたとはいえ、控除率が下がる方向であることに変わりはありません。発注側・受注側のどちらの立場でも、2026年10月の切り替えを前提に、契約条件や見積もりロジックを見直す必要があります。詳細は国税庁の公式情報も併せて確認してください。

そもそも仕入税額控除の経過措置とは何か

インボイス制度の根幹は、「適格請求書発行事業者（登録事業者）が発行したインボイスがないと、仕入税額控除が原則として使えなくなる」というルールです。免税事業者はインボイスを発行できないため、課税事業者がその仕入れに対して支払った消費税を、本来は1円も控除できなくなります。

しかし、これでは制度開始時に免税事業者との取引が一気に切られる懸念がありました。フリーランスや小規模事業者の取引から免税事業者を排除する動きが急加速すれば、市場全体に大きなショックが走ります。そこで国は、経過措置として6年間にわたって段階的に控除を縮小していくクッションを用意しました。

経過措置の基本的な期間と内容は次の通りです。

期間：2023年10月～2029年9月（6年間）
対象：インボイス未登録の免税事業者からの仕入れ
内容：段階的に控除率を引き下げながら、最終的に控除を打ち切る

・期間：2023年10月～2029年9月・インボイス未登録の免税事業者からの仕入れについても、６年間は段階的に控除を認める経過措置・現在（2026年9月まで）：仕入税額の80％を控除可能

私自身、EC運営代行で外注先のカメラマンが免税事業者というケースをよく見ます。例えば撮影費が11万円（うち消費税1万円）の場合、80%控除の現行ルールなら課税事業者は8,000円を控除できます。これが2026年10月以降は7,000円に下がるという計算です。1取引あたりの差額は小さく見えますが、取引数が増えれば年間で数十万円〜数百万円の負担増になりえます。

【2026年10月以降】控除率の変更点を3段階→5段階で再整理

ここがこの記事で最も重要なポイントです。令和8年度税制改正大綱による5段階への細分化で、実務の判断軸が大きく変わります。

1. 旧スケジュール（3段階）と新スケジュール（5段階）の比較

旧スケジュール（当初設計）は次の通りです。

2023年10月〜2026年9月：80%控除
2026年10月〜2029年9月：50%控除
2029年10月以降：控除なし

新スケジュール（令和8年度税制改正大綱反映）は次の通りです。

2023年10月〜2026年9月：80%控除
2026年10月〜2027年9月：70%控除
2027年10月〜2028年9月：60%控除
2028年10月〜2029年9月：50%控除
2029年10月以降：控除なし

ポイントは、2026年10月の崖が一気に30%落ちる構造から、毎年10%ずつ階段状に下がる構造に変わったことです。これによって、課税事業者は単年度ごとに段階的にコスト調整を進められるようになりました。

2. 控除額シミュレーション：免税事業者への外注費10万円のケース

具体的な数字で見ていきます。免税事業者に税抜10万円（消費税相当1万円）の外注をしたケースで、年度別の仕入税額控除額と実質負担額を計算します。

2026年9月まで（80%）：控除額8,000円／実質負担2,000円
2026年10月〜2027年9月（70%）：控除額7,000円／実質負担3,000円
2027年10月〜2028年9月（60%）：控除額6,000円／実質負担4,000円
2028年10月〜2029年9月（50%）：控除額5,000円／実質負担5,000円
2029年10月以降（控除なし）：控除額0円／実質負担1万円

1取引10万円のケースでも、2026年から2029年までの4年間で、消費税の実質負担が2,000円→1万円へと5倍に膨らみます。アパレルECで月50万円分の外注をしている企業なら、月単位で数千円〜4万円のコスト上昇に相当します。年間に直すと数十万円規模の差です。

3. 経過措置適用に必要な「3つの実務対応」

経過措置の適用を受けるには、次の3点を必ず押さえてください。

区分記載請求書等保存方式に準じた請求書の保存：免税事業者からもらう請求書には、取引日付・取引内容・税率ごとの対価の額・受領者氏名等が必要です。
帳簿への「経過措置適用の旨」記載：仕訳の摘要欄に「80%控除対象」「70%控除対象」など、経過措置の適用区分を明記しておく必要があります。
会計ソフトの税区分マスタ更新：freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計を使っている場合、2026年10月以降は税区分を80%控除から70%控除に切り替える設定変更が必要です。

私の経験で言うと、3つ目の会計ソフトの設定変更を忘れると、決算時に控除額の集計が狂って税理士チェックで弾かれます。10月を跨ぐタイミングで請求書を発行・受領するときは、適用税区分が新ルールに対応しているか確認することを強くおすすめします。

経過措置と「2割特例」「少額特例」は別物。混同しない

ここでよく混乱するのが、免税事業者を救う仕組みとして他にも「2割特例」「少額特例」があることです。これらは経過措置とは別の制度で、対象者も内容も違います。

2割特例とは

2割特例は「免税事業者がインボイス登録して課税事業者になった場合に、納税額を売上消費税の2割に抑えられる」というものです。たとえば年売上が800万円のフリーランスがインボイス登録した場合、本来は売上消費税80万円から仕入税額控除を引いて納税しますが、2割特例なら16万円（80万円×20%）の納税で済みます。

この特例は当初2026年9月までの3年間限定でしたが、令和8年度税制改正大綱で2029年9月まで延長される方向です。免税事業者からインボイス登録した側にとって、激変緩和策として機能しています。

少額特例とは

少額特例は「税込1万円未満の課税仕入れについては、インボイスがなくても帳簿のみで仕入税額控除を認める」というものです。基準期間の課税売上高が1億円以下または特定期間が5,000万円以下の事業者が対象で、適用期間は2029年9月までです。

経過措置（80→70→60→50%）は「免税事業者からの仕入れ全般」が対象、2割特例は「インボイス登録した元免税事業者の納税額」が対象、少額特例は「中小事業者の少額取引」が対象。3つは適用される場面が違うので、自分の取引のどこにどの制度が効くのか整理しておくと、決算で慌てなくて済みます。

フリーランス側が今すぐすべき判断：登録する／しない／様子見

経過措置の縮小は、発注側だけでなく受注側のフリーランスにも直接影響します。発注側のコストが上がれば、当然「免税事業者との取引を見直したい」という心理が働くからです。私自身、EC支援の現場で「2026年10月以降の単価交渉、どうしますか？」という相談を毎月のように受けています。

1. 年売上1,000万円超の事業者：登録一択

年売上が消費税の課税事業者基準（1,000万円）を超えるフリーランスは、選択の余地なく課税事業者となり、インボイス登録するのが合理的です。納税義務はどちらにせよ発生するので、登録しない理由がほぼありません。

2. 年売上1,000万円以下で取引先が課税事業者中心：要検討

このゾーンが一番悩ましいところです。発注側にとって、経過措置の控除率が下がる2026年10月以降、免税事業者と取引を続けるコストは確実に上がります。アパレルEC運営支援の現場では、撮影スタッフ・モデル・ライターなどフリーランス比率が高く、「単価を据え置くなら登録してほしい」という打診が増えています。

このとき2割特例が効くかどうかが決定打になります。年売上500万円のフリーランスなら、課税事業者化しても2割特例で納税額は10万円（500万×10%×20%）程度に抑えられます。月8千円程度の負担で取引機会を維持できると考えれば、登録した方が中長期で有利なケースが多いです。

3. 年売上1,000万円以下で取引先が個人・免税事業者中心：様子見でも可

C向けサービス（個人客への施術・コーチング・ハンドメイド販売など）が中心で、取引先が個人や免税事業者ばかりという場合は、インボイス登録の必要性は相対的に低いです。発注側の控除問題が発生しないからです。

判断に迷う場合は、本店移転・役員変更登記の報酬相場｜オンライン申請とプロへの依頼比較【2026年最新】などで法人化も含めた選択肢を比較してみてください。法人化のタイミングと合わせて登録判断するケースも増えています。

発注側が2026年10月までに準備すべきこと

発注側、つまり課税事業者側がやるべき準備を整理します。私の経験上、2026年4〜6月にはこの作業を始めないと、10月の切り替えに間に合いません。

1. 取引先のインボイス登録ステータス一覧化

まず、すべての外注先の登録ステータスを棚卸しします。Excelやスプレッドシートで「事業者名・登録番号・登録ステータス（登録済/未登録/不明）・年間取引額」を一覧化してください。登録済みの場合は国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで番号が有効かどうかも確認しましょう。

2. 単価交渉と契約見直しの方針決定

未登録の取引先について、次のどちらかを選びます。

取引を継続する：消費税相当分の一部を自社で吸収する、または単価を見直す
取引を停止する：登録済みの取引先に切り替える

ここで重要なのが、下請法（取適法）のリスクです。一方的に単価を下げたり、インボイス登録を強要したりすると、独占禁止法・下請法違反になる可能性があります。詳しくはフリーランスを守る「下請法（取適法）」の知識｜発注書・契約書の必須項目チェックリストを参照してください。発注書・契約書の更新ポイントが整理されています。

3. 会計ソフト・経費精算システムの設定更新

仕入税額控除の計算ロジックが変わるので、会計ソフトの税区分マスタ、経費精算システムの勘定科目設定、ERPの税計算モジュールなど、税率周りの設定を10月までに更新する必要があります。私が見てきた事故ケースで一番多いのが、「ソフトの更新を忘れて2026年10月以降も80%控除で計算していた」というパターンです。決算時に発覚すると、修正申告・追徴課税のコストが発生します。

4. 経理担当者・社員への周知

経理担当者だけでなく、外注を発注する現場の担当者にも周知が必要です。「この外注先は登録済みか未登録か」「未登録ならどの控除率で計算するか」を発注時に把握できる体制を作っておくと、月次決算がスムーズです。

アパレル・EC領域での実務的な落とし穴

ここからは私が実際に現場で見てきた、業界特有の落とし穴を整理します。アパレル・EC領域に限らず、フリーランスを多く活用するクリエイティブ業界全般に応用できる視点です。

撮影スタッフ・モデル・ヘアメイクは免税事業者が多い

ファッション撮影のスタッフは、フリーランスかつ年売上1,000万円以下のケースが多いです。1日の撮影で5〜10名のフリーランスにギャラを払う規模だと、経過措置の控除率縮小のインパクトはじわじわ効いてきます。

実際、私が支援していた中小アパレルブランドでは、2025年に取引先50社の登録状況を一覧化してみたら、約6割が免税事業者のままでした。2026年10月以降、ここを放置するか整理するかで、年間の消費税負担が大きく変わります。

在庫リスクと税負担増のダブルパンチに注意

アパレル業界は元々、在庫リスク（売れ残りのセール処分）と原価率の低さが両立しないという構造的な課題があります。そこに2026年10月の控除率縮小が乗ると、粗利率がじわじわ削られます。特にD2Cブランドのように内製率が低く外注比率が高いビジネスモデルは、影響を受けやすいです。

私の体験では、撮影費・モデル費・ライティング費といった販管費の7割がフリーランス外注というブランドが珍しくありませんでした。控除率10%の差は単発では小さくても、年間で見ると「セール1回分の粗利」くらいインパクトが出てくることがあります。

Instagram・TikTok運用代行も同じ構図

SNS運用代行も個人事業主の比率が高い領域です。Instagramのリール編集、TikTok動画制作、コミュニティマネージャーなど、月額契約のフリーランスを複数抱えるブランドは多いです。「個別の単価は小さいが、件数が多い」というのが、経過措置縮小で利きやすい構造です。

ツール・サービスを使った効率化

経過措置の管理を手作業でやるのは、件数が増えると現実的ではありません。私が現場で薦めているのは、次のようなツール・サービスの併用です。

1. クラウド会計ソフトの活用

freeeやマネーフォワードは、インボイス制度・経過措置に対応した税区分を標準装備しています。請求書・領収書をスキャンするだけで、登録番号の自動抽出と控除率の自動判定をしてくれるので、件数が多い事業者ほど導入メリットが大きいです。

2. 適格請求書発行事業者公表サイトのAPI連携

国税庁が運営する公表サイトには、Web-API経由で登録番号の有効性をチェックできる仕組みがあります。会計ソフトや受発注システムに組み込めば、請求書受領時に自動で登録チェックが走ります。エンジニアの工数が必要なので、IT部門のあるBtoB企業向けの打ち手です。

3. 税理士・会計事務所への相談

年間取引数が500件を超えるような規模だと、税理士に相談して制度設計を整理してもらった方が早いです。税理士の副業ガイド｜確定申告代行・記帳代行で稼ぐ方法【2026年版】では税理士の業務範囲や費用感が整理されているので、依頼を検討する際の参考になります。

たとえばソフトウェア作成者の年収・単価相場を見ると、システム開発・Webアプリ開発などの単価水準は高く、年売上1,000万円を超える層も少なくありません。発注元も法人が中心なので、インボイス登録しないと取引機会を失うリスクが高く、登録は実質必須化しています。

一方で著述家，記者，編集者の年収・単価相場のように、文字単価ベースで小規模案件が積み重なる職種は、年売上1,000万円以下のフリーランスが多く、登録判断が分かれます。発注元が個人・小規模事業者の場合、控除問題が発生しないので、登録しない選択も合理的です。

本コラムのメインテーマである部分です。免税事業者からの仕入税額控除の経過措置について、2026年10月からは当初「現在の80%控除から50％控除まで引き下げ」となる予定でした。これでは発注先（課税事業者）の税負担がいきなり30％分も増えることになります。

緩和されたとはいえ、2026年10月から段階的に毎年10%ずつ控除率が下がる流れは確定しています。発注側の負担が増えるベクトル自体は変わらないので、フリーランス側も「単価交渉力をどう維持するか」という観点での準備が必要です。

経過措置はあくまでも「激変緩和」のための時限措置です。2029年10月以降は免税事業者からの仕入れに対する控除がゼロになる前提で、3〜4年先を見据えたキャリア戦略を組み立てることが、フリーランス・副業従事者にとっての本質的なリスク管理になります。私が現場で見ている範囲でも、2026年10月の切り替えを冷静に乗り切るブランドは、こうした準備を2025年から始めている企業が大半です。

よくある質問

Q. インボイス未登録のままですが、2026年10月の変更で何か損をしますか？

取引先が課税事業者の場合、取引先側での仕入税額控除率が80%から70%に下がるため、あなたの請求額に対して10%分の値下げ交渉が行われるリスクがあります。自身の取引先ポートフォリオを確認し、登録の是非を再検討すべき時期です。

Q. 2割特例が終わるなら、インボイス登録を辞めて「免税事業者」に戻ってもいいですか？

法的には、登録の取り消し届出書を出せば免税事業者に戻ることは自由です。しかし、2026年現在、B2B（対企業）ビジネスにおいて「インボイス未登録（免税事業者）」であることは、新規契約の打ち切りや、消費税分（10%）の報酬減額通告と同義になりつつあります。免税に戻る判断は、B2C（一般消費者向け）の商売をしていない限り、売上の激減を覚悟した上で行うべき極めてリスキーな選択です。