BASE 副業 確定申告｜売上手数料の経費計上と源泉徴収

先日、あるWebデザイナーさんから相談を受けました。「BASEで副業のアクセサリーショップを始めて、初年度の売上が85万円になったんですが、確定申告って必要ですか？手数料は経費にできるんでしょうか」と。結論から言うと、必要です。そして、BASEの「サービス手数料3%」「決済手数料3.6%＋40円」は全額が経費計上の対象になります。これ、知らない人が本当に多いんです。

BASE 副業 確定申告で検索する方の多くは、「いくらから申告が必要なのか」「BASEから振り込まれる金額をそのまま売上として計上していいのか」「手数料はどう処理するのか」という3点で悩んでいます。本記事では、この3つの疑問に明確な答えを出した上で、青色申告・白色申告の選び方、源泉徴収の有無、住民税申告の落とし穴まで、実務レベルで噛み砕いて解説します。

法律はあなたの味方です。正しく知って、正しく申告して、堂々と副業を続けていきましょう。

BASE副業の市場規模と確定申告の必要性

ネットショップ作成サービスの中でも、BASEは初期費用無料・月額無料という参入障壁の低さから副業層に圧倒的な支持を得ています。BASE社の開示資料によると、累計ショップ開設数は270万店舗を超え、その大半が個人運営・副業層です。フリマアプリから一歩進んでブランドとして販売したい層、ハンドメイド作品を継続的に売りたい層、デジタルコンテンツを販売したい層など、利用目的は多様化しています。

副業解禁の流れも追い風になっています。厚生労働省が公表した「副業・兼業の促進に関するガイドライン」の改定以降、大企業を含めて副業を容認する企業が増加し、給与所得者がBASEで小さなEC事業を立ち上げるケースが急増しました。問題は、この層の多くが「確定申告は会社員には無関係」と誤解していることです。

つまり、給与所得者であっても、副業による所得が一定額を超えれば確定申告は法律上の義務になります。BASEで売上が立ち始めた瞬間から、税務の知識は必須スキルになるんです。

メインのお仕事としてBASEを運営している方や、副業でネットショップを運営して 収入が発生すると、自分には確定申告が必要なのかどうか、判断する必要が出てきます。

ここで重要なのは、「収入」と「所得」は別物だということ。BASEから振り込まれた金額がそのまま課税対象になるわけではありません。経費を引いた「所得」で判定します。この基本を押さえずに「いくら振り込まれたら申告が必要か」を調べても、永遠に答えにたどり着けません。

なお、副業全般の確定申告の全体像は、副業年収を最大化！2026年最新版、稼ぎと確定申告の全知識で体系的に解説しています。BASE固有の話に入る前に、副業所得の基本を押さえたい方はこちらを先に読むと理解が早いです。

「20万円ルール」の本当の意味と落とし穴

BASE副業で確定申告を調べると、必ず出てくるのが「副業所得20万円以下なら確定申告不要」というルールです。ただ、このルールには3つの大きな誤解があります。

1. 「売上20万円」ではなく「所得20万円」

20万円ルールは「所得」で判定します。BASEの売上が50万円あっても、仕入れ・梱包資材・手数料などの経費が35万円かかっていれば、所得は15万円になり、所得税の確定申告は不要(※後述の住民税は別)になります。逆に、売上25万円でも経費が3万円しかなければ、所得22万円で申告義務が発生します。

2. 給与所得者の場合に限定されたルール

20万円ルールが適用されるのは、本業で1か所から給与をもらっており、年末調整を受けている人だけです。専業主婦・主夫、フリーランス、年末調整を受けていない人、給与を2か所以上から受けている人には適用されません。これらに該当する方は、所得48万円(基礎控除額)を超えれば申告が必要になります。

3. 住民税の申告は20万円以下でも必要

ここが最大の落とし穴です。20万円ルールはあくまで「所得税」の話で、「住民税」には20万円ルールがありません。つまり、副業所得が1円でも発生したら、市区町村への住民税申告は必要なんです。

※このケースで「会社に副業がバレたくない」と考える方は、住民税の徴収方法を「普通徴収」に切り替える必要があります。詳しくは副業が会社にバレない方法｜住民税・確定申告の注意点【2026年版】で解説しています。

販売が本業なら開業届と確定申告、そして、副業の場合は、年間20万円の収入があれば確定申告をしなさい。」というくだらないルールがあります。

この引用元の表現は少し強い言い方ですが、「20万円ルールを盾に住民税まで申告しないのは違法」というメッセージは正しいです。住民税の無申告は、後で追徴課税・延滞金が発生するだけでなく、悪質と判断されると重加算税の対象になります。

BASEの売上計上タイミングと「振込額=売上」ではない理由

ここが、BASE副業の確定申告で最も間違いが多いポイントです。

BASEから振り込まれる金額(振込額)は、すでに各種手数料が差し引かれた「手取り額」です。これをそのまま「売上」として計上してしまうと、税務上は誤りになります。

正しい売上計上の考え方

例えば、顧客が5,000円の商品をBASEで購入したとします。BASEでは決済手数料3.6%＋40円、サービス手数料3%が差し引かれて、ショップに振り込まれるのは概ね4,580円程度になります(料率は時期により変動するため、必ずBASE公式の最新情報を確認してください)。

このとき、税務上の処理は次のようになります。

・売上高: 5,000円(顧客が支払った全額) ・支払手数料(経費): 420円程度(BASEに支払った各種手数料) ・現金/普通預金: 4,580円(実際に振り込まれた額)

つまり、「売上 = 振込額」ではなく、「売上 = 顧客が支払った全額(=手数料を差し引く前の金額)」が正解です。これを誤ると、売上を過少申告した形になり、税務調査で指摘されるリスクが発生します。

売上計上のタイミング(発生主義)

もう一つ重要なのが、売上を計上するタイミングです。原則として、青色申告では「発生主義」(商品を引き渡した時点で売上計上)、白色申告でも「発生主義」が原則になります。

例えば、12月29日に商品を発送し、入金がBASEから1月20日にあった場合、売上計上は12月29日(発送日)です。1月20日の入金日ではありません。これ、副業者の方が本当によく間違える論点です。

売上データの取得方法

BASEの管理画面から「注文一覧」をCSVダウンロードできます。確定申告では、このCSVを基に売上を計上していきます。freeeやマネーフォワード等のクラウド会計ソフトを使えば、CSVを取り込んで自動で仕訳化できます。手作業でやるよりも圧倒的に楽で、ミスも減ります。

BASE手数料の経費計上と勘定科目

BASEを使う上で発生する各種費用は、すべて経費として計上できます。ここを正しく処理することが、節税の第一歩です。

BASEで発生する主な手数料

・サービス手数料: 売上の3%(BASEの利用料) ・決済手数料: 売上の3.6%＋40円(クレジットカード、コンビニ決済等の処理費用) ・振込手数料: 1回250円(振込金額が2万円未満の場合は事務手数料500円も加算) ・事務手数料: 振込金額2万円未満時に500円

※料率は2026年5月時点のBASE公式情報を元にしています。最新の手数料は必ずBASE公式サイトでご確認ください。

仕訳例(勘定科目)

すべて「支払手数料」で処理するのが一般的です。細かく分けたい場合は「販売手数料」「決済手数料」と科目を分けても問題ありません。重要なのは、年度を通して同じ処理を続けること(継続性の原則)です。

【例】顧客から5,000円の決済が入り、4,580円が振り込まれた場合

・(借方)普通預金 4,580 / (貸方)売上高 5,000 ・(借方)支払手数料 420 / (貸方)―

これで売上5,000円・経費420円・差額4,580円が普通預金に入金、という整合の取れた処理になります。

その他、BASE運営で経費にできるもの

BASE副業では、手数料以外にもさまざまな経費が発生します。

・仕入れ費用: 商品の原材料、卸先からの仕入れ ・梱包資材: ダンボール、緩衝材、OPP袋、配送ラベル ・送料: 自己負担で発送した場合の送料 ・通信費: ショップ運営に使ったインターネット代、スマホ通信費の一部(家事按分) ・消耗品費: プリンタインク、コピー用紙、文房具 ・広告宣伝費: Instagram広告、Google広告、SNS運用代行費用 ・外注工賃: 商品撮影、デザイン制作、商品ページのライティング等を外注した費用 ・減価償却費: 10万円以上の機材(撮影機材、PC等)を購入した場合 ・家事按分: 自宅で作業している場合、家賃・光熱費の一部(事業使用割合分)

家事按分は計算根拠を明確にしておくことが重要です。例えば「自宅の50平米のうち、商品保管と作業に使っているのが10平米だから家賃の20%を経費計上」のように、合理的な根拠で按分します。税務調査が入った際に「なんとなくこれくらい」では通用しません。

例えば、商品撮影やショップ画像制作を外注する場合は、ECサイト制作・運用・画像制作のお仕事で紹介しているような専門ワーカーに依頼すると、品質の高い画像でCVR向上が期待できます。外注費用は当然経費になりますし、結果的に売上が伸びれば投資対効果も高くなります。

青色申告と白色申告、副業ならどっち？

副業でBASEを始めて売上が立ち始めると、必ず迷うのが「青色申告にすべきか、白色申告のままでいいか」です。結論から言うと、所得が年48万円を超えるなら青色申告一択です。

青色申告のメリット

1. 青色申告特別控除: 最大65万円の控除が受けられる(複式簿記＋e-Tax提出が条件)。10万円控除、55万円控除のパターンもある
2. 赤字の繰越: 事業で赤字が出た場合、翌年以降3年間赤字を繰り越して、黒字と相殺できる
3. 家族への給与: 専従者給与として家族に支払う給与を経費にできる(青色事業専従者給与)
4. 30万円未満の備品の一括経費化: 通常は10万円以上の備品は減価償却が必要だが、青色申告なら30万円未満まで一括経費化できる(少額減価償却資産の特例)

青色申告のデメリット

1. 事前申請が必要: 「青色申告承認申請書」を税務署に提出する必要がある(原則、その年の3月15日まで)
2. 複式簿記が必要: 65万円控除を受けるには複式簿記での記帳が必要。簿記の知識がないと最初は戸惑う
3. e-Tax提出が必要: 65万円控除には電子申告(e-Tax)もしくは電子帳簿保存が条件

白色申告のメリット・デメリット

白色申告は事前申請不要で、記帳も簡易簿記でOKです。手軽さは魅力ですが、特別控除がない・赤字繰越ができない等、青色申告と比べると税制上の優遇がほぼありません。

つまり、副業所得が少額(年20〜30万円程度)で、当面拡大する予定もないなら白色でもいいですが、「副業を伸ばしていきたい」「年100万円超の売上を目指している」なら、最初から青色申告にしておくべきです。

クラウド会計ソフト(freeeやマネーフォワード)を使えば、複式簿記の知識がなくても自動で複式簿記の帳簿が作れるので、ハードルは大きく下がっています。

開業届の提出について

青色申告をする場合、「個人事業の開業・廃業等届出書」(開業届)も併せて提出します。開業届は副業でも提出可能で、提出しても会社に通知が行くわけではありません(住民税の徴収方法で副業がバレるリスクとは別問題)。開業届の提出は、社会的信用の獲得・小規模企業共済への加入資格の取得などのメリットがあります。

開業届と青色申告承認申請書は、e-Taxでオンライン提出できます。詳しくは国税庁の案内ページを参照してください。

BASE副業で源泉徴収は発生する？

「BASEで売上が立ったら源泉徴収されるんですか？」という質問を受けることがあります。結論から言うと、原則として源泉徴収はされません。

源泉徴収は、給与・原稿料・講演料・デザイン料・士業報酬等、所得税法で定められた「特定の報酬」を、報酬支払者(クライアント)が源泉徴収義務者として徴収する制度です。BASEは「物品売買」のプラットフォームであり、ショップ運営者(あなた)と購入者(顧客)の間の取引は単なる商品の売買契約です。源泉徴収の対象になる「特定の報酬」には該当しません。

ただし、これは「クライアントワーク」の場合は別

注意が必要なのは、デジタルコンテンツ(電子書籍、デザインデータ等)をBASEで販売している場合の、税務上の位置づけです。一見すると物品販売に見えますが、特定の発注者からの依頼で制作したものを納品する場合は「役務提供」と判断されることがあり、源泉徴収の対象になる可能性があります。

つまり、不特定多数に対する「商品販売」なら源泉徴収不要、特定クライアントへの「成果物納品」なら源泉徴収対象、と整理できます。BASEで販売する形式が後者に該当するかどうかは、契約書や取引実態で判断します。判断に迷うケースでは、税理士または所轄税務署に相談することをおすすめします。

※このケースで、特に著作物や原稿に近い性質を持つコンテンツを販売する場合は、必ず税理士に相談してください。

消費税の取り扱いとインボイス制度の影響

副業でBASEを始めたばかりの方には消費税は無縁ですが、売上が拡大してきた段階で必ず知っておくべき論点です。

消費税の納税義務が発生する基準

原則として、基準期間(前々年)の課税売上高が1,000万円を超えると、消費税の納税義務者(課税事業者)になります。BASE副業で年間売上1,000万円を超えるケースは少数派ですが、ハンドメイド作家として人気が出てきた、デジタルコンテンツがヒットした、等で売上が伸びた場合は、この基準を意識しておく必要があります。

インボイス制度(適格請求書等保存方式)の影響

2023年10月から始まったインボイス制度は、副業者にも一定の影響を与えています。BASEの個人購入者向けの販売ではインボイス発行の必要性はほぼありませんが、法人や個人事業主向けにBtoB販売もしている場合は、購入者から「インボイス発行事業者になってほしい」と要請されることがあります。

インボイス発行事業者になるには、原則として課税事業者になる必要があります。これは「免税の特典を捨てる」ことを意味するため、年間売上1,000万円以下の小規模事業者にとっては慎重に検討すべき選択です。BASEで個人向け販売がメインの場合は、現時点では免税事業者のままで問題ないケースが多いです。

判断に迷う場合は、国税庁のインボイス制度特設サイト、または所轄の税理士に相談してください。

確定申告の具体的な手順

ここまでの知識を踏まえて、実際の申告の流れを整理します。

Step 1. 帳簿付け(通年)

BASEの売上データを月次でCSVダウンロードし、クラウド会計ソフトに取り込みます。経費の領収書も都度、会計ソフトに入力(or スマホ撮影でOCR取り込み)します。これを毎月コツコツ続けることが、確定申告期(2〜3月)の地獄を回避する最大のコツです。

Step 2. 決算整理(1月〜2月上旬)

年末(12月31日)時点の在庫を棚卸して、期末在庫の金額を確定させます。期中の仕入れから期末在庫を差し引いた金額が「売上原価」になります。減価償却資産がある場合は、減価償却費の計上も行います。

Step 3. 確定申告書の作成(2月中旬〜3月15日まで)

決算整理が終わったら、確定申告書を作成します。クラウド会計ソフトを使っていれば、申告書の自動作成機能で大半が完成します。

Step 4. 申告書の提出と納税(3月15日まで)

e-Tax(電子申告)もしくは郵送、税務署窓口での提出が可能です。青色申告で65万円控除を受けるには、e-Tax提出が必須です。所得税の納税は3月15日まで(振替納税を申し込んでいる場合は4月中旬)、消費税は3月31日まで(課税事業者の場合)です。

Step 5. 住民税の申告(別途必要なケース)

所得税の確定申告をしていれば、その情報が自治体に共有されるため住民税の申告は不要です。所得税の申告が不要(20万円以下)でも、住民税は申告が必要なケースが多いため、市区町村役場で「市民税・県民税申告書」を提出します。

申告に関するより詳細な実務

副業の売上管理を効率化するスプレッドシート活用術は、副業 確定申告 売上管理 スプレッドシート！2026年最新の時短術で紹介しています。BASEのCSVデータをスプレッドシートで整理する方法も解説しているので、会計ソフトを使わず手作業で進めたい方は参考になります。

よくあるトラブル事例と対処法

私が実際に相談を受けたBASE副業の確定申告トラブルを3つ、匿名化して紹介します。

事例1: 「振込額をそのまま売上にしていた」ケース

ハンドメイドアクセサリーをBASEで販売していた30代の方からの相談。3年間、「BASEから振り込まれた金額=売上」として申告していたところ、税務調査で売上の過少申告を指摘されました。手数料分だけ売上が少なく計上されていたため、3年分の修正申告と過少申告加算税が課税される結果に。手数料を経費計上していれば税額は変わらなかったケースですが、売上の計上漏れは「過少申告」として加算税の対象になります。

つまり、振込額ベースで申告すると、手数料分が経費にも売上にも反映されないため、結果的に税額は同じに見えても、税務上は「売上計上漏れ」というペナルティ対象の処理になります。

事例2: 「住民税の申告を忘れていた」ケース

会社員として働きながらBASEで副業をしていた方。所得は年15万円程度で「20万円ルール」に該当するため確定申告はしていませんでしたが、住民税の申告も併せて忘れていました。3年後に市役所から「副業所得の申告漏れ」として通知が届き、3年分の住民税と延滞金を一括納付することに。

住民税は所得税と違って、給与所得者でも副業所得の申告義務があります。これ、見落としている方が本当に多いです。

事例3: 「家事按分の根拠が説明できなかった」ケース

自宅でハンドメイド商品を制作してBASEで販売していた方。家賃の50%を経費として家事按分計上していましたが、税務調査で「根拠は？」と問われた際に明確な説明ができず、按分割合の引き下げ(20%程度に修正)を求められました。

家事按分は税務上認められる経費処理ですが、根拠(使用面積、使用時間、業務専用スペースの確保等)を明確にできないと、後で否認されるリスクがあります。

※これらのケースで税額が大きく変わる場合は、必ず税理士に相談してください。

1. 副業の確定申告サポート需要が増加

行政書士・税理士・会計事務所への単発依頼から、月次の記帳代行まで、外注ニーズは多様化しています。詳しくはキャリア・副業・人生相談のお仕事で、副業の悩みに対応する専門家ワーカーをご紹介しています。

2. ECサイト運営の専門スキル単価相場

逆に、BASE副業者自身がこれらのスキルを持っていれば、本業のショップ運営とは別に、他のEC事業者向けに撮影・ライティング支援を副業として提供することも可能です。BASE運営で得たノウハウを、別の収益源として活用できる可能性があります。

3. AI活用による業務効率化の波

AI技術の進展により、商品ページのライティング、画像生成、SEO対策等が大幅に効率化されています。AI・マーケティング・セキュリティのお仕事カテゴリでは、BASE等のEC運営者向けにAIツール導入支援を行うワーカーも増えてきました。

BASE副業の確定申告で計上する経費の中に、AI関連のサブスクリプション費用が含まれるケースも増加しています。ChatGPT等のAIツール利用料、画像生成AIの利用料も、業務で使用していれば全額が経費として計上可能です。

4. 行政書士・会計士等の専門家ニーズ

副業ECの拡大に伴い、契約・許認可・税務面で専門家のサポートを必要とする層が増えています。行政書士資格を持つワーカーへの依頼も、開業届の提出代行、許認可手続き、契約書レビュー等で増加しています。

また、商品撮影に必要なツールスキルとしてAdobe認定プロフェッショナル Adobe Expressを保有しているワーカーは、BASE副業者向けの画像加工・バナー作成案件で重宝されています。

5. 確定申告期前後の依頼集中

よくある質問

Q. 副業の確定申告は売上20万円を超えたら必要ですか？

基準になるのは原則として売上ではなく、収入から必要経費を差し引いた所得です。副業所得が20万円を超える会社員は、確定申告が必要になるのが基本です。

Q. 副業の所得が20万円以下なら本当に確定申告は不要ですか？

所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告は市区町村に対して別途必要になります。所得税の申告を行えば住民税の手続きも自動で完了するため、将来を見据えてあえて確定申告を行うことをお勧めします。

Q. 会社に副業を知られたくないのですが、確定申告で対策できますか？

確定申告書の住民税の徴収方法の欄で「自分で納付（普通徴収）」を選択することで、副業分の住民税通知が会社に届かないようにすることが可能です。ただし、給与所得としての副業の場合はこの選択ができないことがあります。

Q. 副業の確定申告をしないとどうなりますか？

税務署に把握された場合、延滞税（年利7.3〜14.6%）や無申告加算税（15〜20%）がかかります。クラウドソーシングの報酬は支払調書を通じて税務署に把握されているため、「申告しなくてもバレない」ということはありません。

Q. 副業の確定申告では本業の収入も書く必要がありますか？

はい。会社員の副業で確定申告をする場合、本業の給与収入と副業の所得を同じ申告書にまとめて記載します。源泉徴収票の内容をもとに入力します。

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