電子帳簿保存法2026｜フリーランスが最低限やるべき実務対応

2026年2月13日

＠SOHO編集部

この記事のポイント

✓電子帳簿保存法 2026年版に対応するための
✓フリーランスが最低限やるべき実務を解説します
✓電子データ保存の義務化から保存方法

電子帳簿保存法 2026年を見据えて、フリーランスが最低限やるべき実務対応を整理しました。電子取引データの保存義務化は、個人事業主にとって避けて通れない事務負担となりつつあります。

電子帳簿保存法 2026年フリーランスが直面する現実

2026年現在、電子帳簿保存法への対応は、フリーランスにとって「やっておくと良い」から「必須のルール」へと完全に定着しました。特に電子取引データの保存義務化は、多くの個人事業主が最初につまずくポイントです。これまでのように、メールで受け取った請求書を印刷して紙で保存するだけでは、書類として認められないリスクが高まっています。

制度の全体像は、大きく3つに分かれています。国税庁は電子帳簿等保存制度を、電子帳簿等保存、スキャナ保存、電子取引データ保存の3区分で整理しており、このうち電子取引データ保存だけが法人・個人事業者に対応が求められるものです。残りの2つは希望者のみの任意制度です。ここを混同したまま「全部やらなければならない」と身構えてしまう個人事業主が多く、結果として着手が遅れます。

所得税（源泉徴収に係る所得税を除きます。）及び法人税に係る保存義務者は、電子取引を行った場合には、一定の要件の下で、その電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならないこととされています（電子帳簿保存法7）。出典: 国税庁「電子帳簿保存法の概要」

同じ国税庁の解説では、電子取引の範囲が具体的に示されています。いわゆるEDI取引、インターネット等による取引、電子メールにより取引情報を授受する取引（添付ファイルによる場合を含む）、インターネット上にサイトを設けてそのサイトを通じて取引情報を授受する取引などが含まれます。つまり、通販サイトで消耗品を買ったときの領収書、クラウドサービスの請求書、取引先からメール添付で届いた請求書のPDFは、すべて電子取引データです。

電子取引データの保存要件は3つだけ

対応すべき内容は、実務レベルに落とすと3つのルールに集約できます。国税庁が配布しているリーフレットでは、原則的な保存ルールとして次の3点が示されています。

第一に、改ざん防止のための措置をとること。具体的には、タイムスタンプが付与されたデータを受領する、受領したデータにタイムスタンプを付与する、訂正や削除の履歴が残るシステム等で授受と保存を行う、改ざん防止のための事務処理規程を策定して運用し備え付ける、のいずれかです。

第二に、保存データを確認するためのディスプレイやプリンタ等を備え付けること。これはパソコンとモニターがあれば実質的に満たしています。

第三に、日付、金額、取引先の3つの要素で検索できること。加えて、日付または金額での範囲指定検索と2つの要素を組み合わせた検索ができること、または税務調査等の際に電子取引データのダウンロードの求めに応じることができること、のいずれかが必要です。

3つのうち身構えるべきは1つ目と3つ目だけで、2つ目は現に事業をしていればすでに満たしています。まずここを把握するだけで、対応の見通しが立ちます。

検索要件は売上規模で大きく緩む

検索機能の確保は、もっともハードルが高く見える要件です。しかし、個人事業主の多くはこの要件自体が免除されます。

「基準期間（２年（期）前）の売上高が5,000万円以下の方」等は、電子取引データのダウンロードの求めに応じることができるようにしていれば、③の検索要件を満たす必要はありません。出典: 国税庁「電子帳簿保存法対応！令和６年１月以降の電子取引データの保存方法について」

2年前の売上高が5,000万円以下であれば、索引簿もファイル名ルールも法律上は不要で、求められたときにデータを渡せる状態にしておけば足ります。個人で仕事を受けているフリーランスの大半はこの範囲に収まります。「検索できる形に整えないと違法」と思い込んで高機能なシステムを探しはじめる前に、自分がこの緩和の対象かどうかを先に確かめるほうが早いです。

売上高が基準を超える場合でも、国税庁は簡易な方法を認めています。表計算ソフト等で索引簿を作成して索引簿を使用して検索を可能にする方法、または規則性をもったファイル名（日付、金額、取引先の順番で表記）のデータを特定のフォルダに集約することにより検索を可能にする方法が、同じリーフレットに例示されています。索引簿の例として示されている列は、連番、日付、金額、取引先、備考の5つだけです。専用のシステムがなくても成立します。

ファイル名のルール化を最初に決める

検索要件が免除される立場であっても、ファイル名のルールは決めておいたほうが実務が楽になります。法律の要件と、自分が後から探せるかどうかは別の話です。

おすすめは、日付、取引先、金額の順で並べる書き方です。「20260412_○○株式会社_11000.pdf」のように統一しておけば、ファイル名の並び替えだけで時系列に整い、取引先名の部分一致で絞り込めます。年をまたいでも崩れないよう、日付は必ず8桁で書き、月日は1桁のときも0を付けます。取引先名は正式名称の表記ゆれを避けるため、自分の中で1社1表記に固定します。株式会社を前に付ける会社と後ろに付ける会社が混在すると、あとで検索が効かなくなります。

フォルダの分け方は、年度で切るのが無難です。「2026年度」の下に「受領」と「発行」を置き、その下に月のフォルダを作る程度で十分です。取引先ごとにフォルダを作る方式は、取引先が増えたときに階層が深くなり、月次の見直しがしにくくなります。

金額の書き方も決めておきます。カンマや円記号を入れると、機械的な並び替えが崩れます。数字だけで「11000」と書くほうが扱いやすく、消費税の内訳が必要な場面ではファイル名ではなく帳簿側で持ちます。同じ取引先から同じ日に同じ金額の請求が2件届くことも起こるので、末尾に「_1」「_2」を足す運用まで決めておくと、上書き事故を避けられます。

請求書と領収書のように種類が違うものは、ファイル名の末尾に「請求書」「領収書」と付けます。国税庁が例示している索引簿でも、備考の列に請求書、注文書、領収書といった書類の種別が記載されています。種別を持たせておくと、あとから「この取引は請求書は来ているが領収書がない」という穴に気づけます。

何年残すのか、どの書類が短くて済むのか

保存のルールを整える前に、そもそも何年残す必要があるのかを確かめておきます。電子データにしても紙にしても、期間の考え方は同じです。

これらの帳簿および書類などは、原則として7年間保存することとされていますが、書類によっては5年間でよいものもあります。出典: 国税庁「No.2070 青色申告制度」

同じ解説では、5年間の保存でよい書類の例として、請求書、見積書、納品書、送り状が挙げられています。つまり、日々受け取る請求書のPDFは5年、帳簿そのものは7年という整理になります。実務上は、区別して管理するほうがかえって手間なので、フォルダは年度で切って一律に残し、7年を過ぎた年度のフォルダをまとめて処理するのが簡単です。

外部のクラウドストレージだけに預けている場合は、解約したらどうなるかを先に確認しておきます。サービスをやめた瞬間に7年分が消えると、保存義務を果たせません。手元のディスクに年度ごとの控えを取り、外付けにも複製する二重化が現実的です。年に一度、確定申告が終わったタイミングで前年度分をまとめて固める運用にすると、作業が1回で済みます。

青色申告特別控除の55万円と65万円の分かれ目

電子帳簿保存法と青色申告特別控除は、別の制度でありながら金額の面で直結しています。ここを取り違えて「複式簿記でつけているから65万円のはず」と思い込んでいる個人事業主が少なくありません。

国税庁の解説では、正規の簿記の原則により記帳し、その記帳に基づいて作成した貸借対照表および損益計算書を確定申告書に添付して、確定申告書を提出期限までに提出している場合に、原則として最高55万円を控除することとされています。そして、最高55万円の控除を受けられる人が、電子帳簿保存またはe-Taxによる電子申告を行っている場合に、最高65万円になります。

令和4年分以後の青色申告特別控除（最高65万円）の適用を受けるためには、その年分の事業における仕訳帳および総勘定元帳について優良な電子帳簿の要件を満たして電子データによる備付けおよび保存を行い、一定の事項を記載した届出書を提出する必要があります。出典: 国税庁「No.2070 青色申告制度」

読み解くと、65万円に届く道は2本あります。1本は電子帳簿保存の道で、仕訳帳と総勘定元帳について優良な電子帳簿の要件を満たし、届出書を出す必要があります。もう1本はe-Taxで電子申告する道で、こちらは届出書が要りません。ハードルの低さで比べると、多くの個人事業主にとってはe-Taxのほうが早いです。

さらにその先に、前述したデジタルシームレス保存による75万円があります。65万円まではe-Taxで届き、そこから先はデータ連携の仕組みを整えて届出を出す、という段差の付き方になっています。自分がいまどの段にいて、次の段に上がるコストがいくらかを見るのが、制度を金額で捉える正しい順序です。

なお、複式簿記で記帳していない青色申告者の控除額は、最高10万円にとどまります。会計ソフトを入れる最初の理由としては、この55万円との差が実利としてもっとも大きいところです。

タイムスタンプを個別に買う必要はない

電子帳簿保存法に対応しようとすると、必ずタイムスタンプという言葉に行き当たります。これは、そのデータがいつ存在し、その後改ざんされていないかを証明する仕組みです。

ただし、改ざん防止の措置は前述のとおり4択で、タイムスタンプはそのうちの2つを占めるだけです。訂正や削除の履歴が残るシステムで授受と保存を行う方法、あるいは改ざん防止のための事務処理規程を策定して運用する方法を選べば、タイムスタンプの契約は必要ありません。国税庁のリーフレットにも「専用のシステムを導入しない方法もあります」と明記されています。

なお、総務大臣が認定する時刻認証業務に係るタイムスタンプについて、認定を受けた事業者の一覧は総務省のサイトで確認できるとされています。有料サービスを検討する場合は、そこに載っているかどうかを最初に見ます。

事務処理規程はテンプレートを直すだけで済む

一人で事業を営んでいる個人事業主にとって、もっとも現実的な改ざん防止策は事務処理規程の策定です。費用がかからず、システムの乗り換えも不要です。

国税庁は、電子帳簿保存法一問一答に例示のある各種規程等のサンプルを、参考資料としてまとめて公開しています。個人事業者用の事務処理規程のひな形も含まれているので、事業者名と適用開始日を書き換え、自分の運用に合わない条項を削るだけで完成します。

規程を作ったら、印刷して事業所に備え付けるか、いつでも出せる場所に保存しておきます。策定したことを忘れて何年も放置すると、実際の運用と規程の内容がずれます。年に一度、確定申告の作業と同じタイミングで読み返すと決めておくと、ずれに気づけます。

従業員や家族に事務を手伝ってもらっている場合は、規程があることの意味がさらに大きくなります。「このファイルは消してよいのか」という判断を人ごとに任せずに済むからです。

対応が間に合わないときの猶予措置

要件のどれかに間に合っていない状態でも、データを消さずに残していれば救済されます。国税庁のリーフレットは、猶予措置の条件を次の2つの組み合わせとして示しています。

原則的な保存ルールに従って電子取引データを保存することができなかったことについて、所轄税務署長が相当の理由があると認める場合出典: 国税庁「電子帳簿保存法対応！令和６年１月以降の電子取引データの保存方法について」

このうち相当の理由については、事前届出は不要で、人手不足、システム整備の資金不足、システム整備が間に合わないなども相当の理由として認められる、と明記されています。もう1つの条件は、税務調査の際に電子取引データのダウンロードの求めと、電子取引データをプリントアウトした書面の提示や提出の求めに、それぞれ応じることができるようにしている場合です。

読み替えると、いちばん避けるべき失敗は「要件を満たせないから、いっそデータを捨てる」ことです。整え方が不十分でも、元データが残っていれば立て直せます。逆に、紙に印刷して満足してデータを削除すると、猶予措置の条件を自分から外しに行ったことになります。

2026年からは控除額を増やす側の制度も動いている

電子帳簿保存法は義務の話だけではありません。要件を満たした保存をしている事業者に、税制上の優遇を与える方向でも制度が動いています。令和7年度税制改正では、請求書等の電子取引データを自動で保存して帳簿に自動連携する仕組み（デジタルシームレス保存）に対応した制度が新設されました。

青色申告特別控除75万円（65万円から75万円へ引き上げ）出典: 国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」

国税庁の改正解説によると、青色申告特別控除の引き上げは令和9年分以後の所得税について適用されます。適用を受けるには、国税庁長官が定める基準に適合するシステムを使用したうえで、新設された要件を満たして送受信と保存を行い、あらかじめ届出書を提出する必要があります。基準に適合するシステムとは、デジタル庁が管理する仕様に従って送受信されたデジタルインボイス、または預貯金口座における決済データのいずれかについて、新設要件に従って保存できる機能を持つものを指すとされています。

届出の期限は、適用を受ける年分の法定申告期限までです。国税庁の資料では、個人事業者が令和8年分から優遇措置を受けたい場合、令和9年3月15日までに届出書を提出する必要がある、という例が示されています。青色申告特別控除75万円の適用を受ける場合は、所得税の青色申告承認申請手続も併せて必要です。

このほか、訂正や削除の履歴が残る優良な電子帳簿の要件を満たして保存している場合には、あらかじめ届出書を提出することで過少申告加算税が5%軽減される制度もあります。守りの義務対応と、控除を増やす攻めの対応が、同じ「データで保存する」という行為の上に乗っている構造になっています。

ソフト選びはJIIMA認証を最初のふるいにする

要件を満たすソフトを自力で見極めるのは骨が折れます。国税庁は、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）の認証を受けたソフトについて、税制上の優遇措置を受けるための機能要件を満たしていると案内しています。認証マークの種類にはデジタルシームレスソフトと電子帳簿ソフトがあり、認証を受けたソフトの一覧はJIIMAのサイトに掲載されています。

ただし国税庁は、認証ソフトが自分が作成している帳簿等に対応しているかは別途確認が必要であること、優遇措置を受けるには機能要件のほかにシステムの説明書やディスプレイの備付け等の要件も満たす必要があることを注記しています。認証があれば自動的に要件が満たされるわけではない点は押さえておきます。

自社開発や独自の仕組みで対応したい場合には、国税庁が要件適合性に関する事前相談窓口を設けています。制度の解釈や適用についての一般的な相談は、国税局電話相談センターが受け付けています。

年間いくらかかるのかを先に押さえる

クラウド会計ソフトを入れると決めたら、次に見るのは年額です。個人事業主向けの主要な3社について、各社が公開している料金表の金額（いずれも税抜）を並べると、判断の土台ができます。

freee会計の個人事業主向けプランは、確定申告のみを行うスターターが年額11,760円、消費税申告まで含むスタンダードが年額23,760円、電話サポートと税務調査サポートが付くプレミアムが年額39,800円、入力と仕訳の作業を代行してもらう入力おまかせが年額49,800円です。入力おまかせは基本料金に月60件の処理が含まれ、61件目からは1件あたり70円の従量課金が発生すると注記されています。

マネーフォワードクラウドの個人向けは、消費税申告が使えないパーソナルミニが年払いで月900円（一括10,800円/年）、消費税申告とレポートまで含むパーソナルが年払いで月1,280円（一括15,360円/年）、電話サポートが付くパーソナルプラスが年払いのみで月2,980円（一括35,760円/年）です。レシート撮影の無料枠がプランごとに月15件、30件、100件と分かれており、超過分は1件20円のオプション料金になると案内されています。

やよいの青色申告オンラインは、機能はすべてのプランで同じで、サポート内容だけが違う構成です。セルフプランが年額11,800円、操作質問ができるベーシックプランが年額22,800円、業務相談まで含むトータルプランが年額39,600円（いずれも税別）です。公開されているキャンペーンでは、セルフとベーシックが1年間無料、トータルが初年度19,800円と案内されています。

並べてみると、確定申告を通すだけなら年1万円台、消費税申告まで含めても年1万円台から2万円台、電話で人に聞きたいなら年3万円台という相場観になります。前述した青色申告特別控除の55万円と65万円の差だけを見ても、ソフト代は十分に回収できる水準です。金額は各社が随時改定するため、契約する前に必ず各社の料金ページで当日の値を確かめてください。

月次の作業手順に落とし込む

制度を理解しても、手順に落とさなければ続きません。個人事業主が現実的に回せる形は、次のような組み立てになります。

受け取ったその場で保存する。メールに請求書のPDFが届いたら、読んだ流れで所定のフォルダに入れてリネームまで済ませます。「あとでまとめて」は溜まった時点で破綻します。

通販サイトの領収書は月に一度まとめて落とす。購入履歴の画面から発行できるものは、月末に一度まとめて取りに行くほうが早いです。サイト上でしか見られず、ダウンロード機能がないものは、画面の保存でも取引情報が読み取れる形であれば残します。

月に一度、件数を数える。前月に受け取った電子取引データの件数と、保存済みのファイル数を突き合わせます。数が合わなければ、その月のうちに探せます。年に一度しか見ないと、探しても見つかりません。

紙で届いたものは分けて考える。郵送で届いた請求書は電子取引ではないので、紙のまま保存しても問題ありません。スキャナ保存は希望者のみの任意制度なので、無理にデータ化しなくてよいということです。ここを取り違えて紙の山をスキャンしはじめると、義務でない作業に時間を使うことになります。

つまずきやすい5つの場面と、その場での判断

制度を読んだうえで、実際に手が止まるのはいつも同じ場面です。判断の基準を先に決めておけば、迷う時間が消えます。

サイト上でしか見られない領収書。ダウンロードできる形式が用意されていないサービスもあります。この場合は画面を保存して、取引年月日、金額、取引先が読み取れる状態で残します。判断の軸は「印刷せずにデータで残しているか」と「取引情報が欠けていないか」の2点です。

同じ取引の請求書が、メールとサイトの両方にある場合。片方を残せば足ります。二重に残しても違反にはなりませんが、件数が合わなくなって自分が混乱します。「メール添付が届くものはメール、届かないものはサイト」と、取引先ごとに取得元を1つに決めておくと、月次の突き合わせが成立します。

紙で受け取って、あとからPDFももらった場合。紙とデータのどちらが正本かで扱いが変わります。電子取引として授受したデータは、電子取引データ保存の対象です。紙で郵送されたものをこちらで勝手にスキャンしたものは、希望者のみの任意制度であるスキャナ保存の話であり、義務ではありません。

クレジットカードの利用明細だけがある場合。カード明細は取引の相手方と金額を示しますが、取引先が発行した領収書や請求書の代わりにはなりません。明細で済ませるのではなく、各サービスの購入履歴から個別の領収書を取りに行きます。この作業を月に一度まとめて行う段取りにすると、抜けが出にくくなります。

年の途中で会計ソフトを乗り換えた場合。乗り換え前に受け取ったデータは、乗り換え先に取り込むか、年度フォルダにそのまま残すかのどちらかです。旧サービスを解約する前に、期間内の全データを手元に落としておきます。解約後に取りに戻れないことが、この作業でいちばん多い事故です。

国税庁は、要件を満たせているかどうかを自分で点検できるように、電子取引データ保存要件チェックシートを公開しています。上の5場面を整理したあと、最後にこのチェックシートで抜けを拾うと、自己点検が一巡します。

事務にかける時間を減らして単価の高い仕事に回す

法対応は、売上を直接増やす作業ではありません。だからこそ、仕組みを一度作って手を動かす時間を最小化する価値があります。浮いた時間を、単価の高い仕事や新しい取引先の開拓に回せます。

どの職種がどのくらいの報酬水準にあるかは、職種別の年収データで確認できます。経理や会計の知識そのものを仕事にする道もあり、経理・記帳代行の仕事の進め方には、必要なスキルと稼働時間の目安がまとまっています。制度理解を仕事の幅に変えたい場合は、日商簿記2級のように実務で通用する資格から手を付けると、法対応の知識がそのまま報酬に結びつきます。

対応の順番を1枚にまとめると、次のようになります。まず、自分が電子取引データ保存の対象であることと、スキャナ保存は任意であることを切り分けます。次に、2年前の売上高が5,000万円以下かどうかを確かめ、検索要件が免除されるかを判定します。続いて、改ざん防止の4択から事務処理規程を選び、国税庁のサンプルを直して備え付けます。ここまでで義務への対応は完了します。そのうえで、青色申告特別控除を55万円から65万円に上げるためにe-Taxを使うか、優良な電子帳簿の要件と届出で対応するかを選び、将来の75万円に向けてデータ連携の仕組みを検討します。

電子帳簿保存法への対応は、国税庁自身が「業務のペーパーレス化やデジタル化につながり、業務の効率化も期待できます」と案内している通り、単なる負担ではありません。データで受け取り、データで残し、データのまま帳簿につなげる流れを作れば、確定申告前の徹夜はなくなります。まずは受け取ったその場で保存する習慣と、事務処理規程の1枚から始めるのが、いちばん確実な入り方です。