法人確定申告自分で｜法人税申告を自力でやる人向け5ステップ

2026年5月6日

丸山桃子

この記事のポイント

✓法人確定申告自分でやりたい経営者向けに
✓法人税・地方法人税・消費税の申告書作成から電子申告までの5ステップを解説
✓税理士に依頼すべき判断基準

法人確定申告自分でやれるのか、税理士に頼まないと無理なのか。1人法人やマイクロ法人を立ち上げたばかりの経営者にとって、最初の決算は精神的にもコスト的にも一番重いイベントです。私もアパレル系のEC運営代行を主業にしながら自分の合同会社の決算を自力でやっていますが、初年度は本当に半泣きでした。それでも、売上規模が小さい法人なら自分で申告するメリットは確実にあります。

この記事では「法人確定申告自分で」というキーワードで検索した人が本当に知りたいこと、つまり「自分で申告できる法人の条件」「必要書類と作成順序」「会計ソフトの選び方」「失敗したときのリスク」「税理士に切り替えるべき判断基準」を、実務目線で具体的に解説します。読み終わるころには、5月決算ラッシュを乗り切るための地図が頭の中に描けているはずです。

マクロ視点：法人の確定申告を自分でやる人はどれくらいいるのか

日本国内の法人数はおよそ280万社と言われていますが、そのうち税理士と顧問契約を結んでいる法人は推計で85〜90%に達します。逆に言えば、10〜15%の法人は顧問税理士を持たず、自社内処理かスポット依頼で確定申告を乗り切っているということです。

ここ数年、自分で申告する法人がジワジワ増えている背景には3つの要因があります。

1つ目は、会計ソフトの劇的な進化です。freee、マネーフォワード、弥生という3大クラウド会計ソフトが、銀行口座・クレジットカード・決済代行サービスとの自動連携を標準装備するようになり、簿記の知識ゼロでも仕訳の8割は自動化できるようになりました。

2つ目は、e-Taxの普及です。国税庁のe-Taxでは法人税・消費税・地方法人税のオンライン申告が完結し、青色申告法人にはe-Tax提出が事実上必須化されました。紙の申告書を税務署に持参する必要がなく、深夜でも自宅から提出できるようになったのは大きな転換点です。

3つ目は、1人法人・マイクロ法人の増加です。フリーランスがインボイス制度や所得分散の目的で法人化するケースが急増し、売上1,000万円未満・従業員ゼロ・取引先5社以内といった「シンプルな法人」が爆発的に増えました。こうしたシンプル法人は、顧問料の年間30〜60万円を払うより、自分で申告した方が合理的という判断が成立しやすいのです。

ファッション系のEC運営代行で独立した私の周りでも、合同会社を作ってマイクロ法人として運用している人が増えています。クラウドソーシングプラットフォームを使えば、法人格を持ちながら少人数で動く働き方が現実的になってきたという背景もあります。たとえばアプリケーション開発のお仕事はリモート完結で受注しやすく、エンジニアが1人法人を作って受発注する流れも一般化しました。

法人の確定申告とは何か：個人の確定申告との違い

「法人の確定申告」と一口に言っても、実際に提出する書類は1種類ではありません。最低でも以下の3種類の申告書をセットで作成・提出する必要があります。

法人税申告書（国税、税務署に提出）
地方法人税申告書（国税、税務署に提出。法人税と同じ用紙）
消費税申告書（国税、税務署に提出。課税事業者のみ）
法人都道府県民税・事業税申告書（地方税、都道府県税事務所に提出）
法人市町村民税申告書（地方税、市区町村に提出。東京23区は不要）

個人の確定申告は所得税1本ですが、法人は国税と地方税が並走し、地方税はさらに都道府県と市町村に分かれる二重構造です。これが「法人の確定申告は大変」と言われる最大の理由です。

加えて、申告書の前段階として決算書（貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、勘定科目内訳明細書）を作る必要があります。これは会社法上の決算手続きでもあり、税務申告の根拠となる数字を確定させる工程です。

提出期限は決算日から2か月以内。たとえば3月決算なら5月末、5月決算なら7月末が期限です。期限を1日でも過ぎると無申告加算税・延滞税の対象になり、青色申告の承認取消というペナルティが待っています。期限管理は経営者の責任で行う必要があります。

売上高1000万円以下など、売上が少ない法人も申告額や税額を間違えるリスクが低いため、自分で確定申告手続きを行ってもよいでしょう。また、法人税を納付しなくてもよい赤字法人の場合も、自分で確定申告を行っても問題ありません。

引用にある通り、売上1,000万円以下のスモール法人や赤字法人であれば、自分で申告するハードルはぐっと下がります。逆に売上数千万円規模で、棚卸資産が多い、減価償却資産が多い、外注比率が高い、海外取引がある、といった条件が重なってくると、自力での申告は現実的ではなくなります。

法人確定申告自分でやる5ステップの全体像

ここから本題です。法人の確定申告を自分でやる場合の標準的な5ステップを、時系列で解説します。決算月の2か月前から動き出すのが理想ですが、最低でも決算月の1か月後には着手していないと間に合いません。

1. 日々の記帳を完成させる（決算日まで）

すべての出発点は、期中の仕訳が正確にできていることです。決算月の最終日までの売上・経費・入金・出金を、すべて会計ソフトに記録します。クラウド会計ソフトの自動仕訳に任せている人ほど、決算前に「自動仕訳の勘定科目が正しいか」を一件ずつ確認する作業が必要です。

特に注意すべき項目は次の通りです。

役員報酬：定期同額給与になっているか。期中変更があると損金不算入のリスク
役員貸付金・借入金：役員との金銭貸借が適切に計上されているか
交際費：年間800万円の損金算入枠を超えていないか
接待飲食費：1人あたり10,000円以下の社外飲食費は全額損金（2026年改正後の基準）
広告宣伝費とSNS運用代行費の区分：私の領域ですが、Instagram運用代行費は「広告宣伝費」ではなく「支払手数料」または「外注費」が一般的

私が初めて自分の合同会社の決算をやったときに一番焦ったのが、Stripe決済の振込タイミングと売上計上日のズレでした。決済発生日（売上計上日）と入金日が月をまたぐと、未収入金で受けないと売上が翌期にずれてしまう。クラウド会計ソフトの自動連携を信じすぎると、こうした収益認識の論点を見落とすので注意が必要です。

2. 決算整理仕訳を入れる（決算日後1週間以内）

期末日が来たら、決算整理仕訳に着手します。決算整理とは、期中の通常仕訳では拾えない「期末特有の調整」を行う工程です。具体的には以下の8項目を順番に処理します。

棚卸：在庫の実地棚卸を行い、期末商品棚卸高を計上
減価償却：固定資産台帳を見て、定額法または定率法で減価償却費を計上
未払費用・前払費用：家賃、通信費、ソフトウェア利用料など、期間按分が必要なものを整理
未収収益・前受収益：請求書発行済みで未入金の売上、受領済みで翌期分のサービス対価を整理
貸倒引当金：売掛金残高に対して法定繰入率で引当金を計上（中小法人特例）
未払法人税等：当期の法人税・地方法人税・住民税・事業税の概算額を計上
未払消費税：消費税の納税額を計算して計上
役員賞与・退職金引当：役員退職慰労引当金など必要なものを計上

アパレルECの場合、棚卸が最大の山場になります。在庫評価方法（原価法か低価法か）を一度決めたら継続適用が原則で、年度途中で変えると税務調査で否認リスクが上がります。

3. 決算書を作成する（決算日後2週間以内）

決算整理仕訳が終わったら、会計ソフトの「決算書出力」機能で以下の書類を作成します。

貸借対照表（B/S）
損益計算書（P/L）
株主資本等変動計算書
個別注記表
販売費及び一般管理費の明細
勘定科目内訳明細書

freee、マネーフォワード、弥生のいずれも、決算整理が終わっていれば自動で出力できます。ただし「勘定科目内訳明細書」は税務署提出用で、預貯金・売掛金・買掛金・借入金・役員報酬・地代家賃などの内訳を取引先別に書く必要があり、ここは手入力部分が残ります。

4. 法人税・消費税申告書を作成する（決算日後1か月以内）

決算書ができたら、いよいよ申告書作成です。法人税申告書は別表が30種類以上ありますが、シンプルな1人法人なら使うのは以下の数枚です。

別表一：申告書の表紙、納税額の集計
別表二：同族会社等の判定（ほぼ全員「同族会社」になる）
別表四：所得の金額の計算（会計上の利益から税務上の所得への調整）
別表五（一）：利益積立金・資本金等の額の計算
別表五（二）：租税公課の納付状況
別表七：欠損金の損金算入（赤字繰越がある場合）
別表十五：交際費の損金算入

これらを国税庁のe-Tax用ソフト（インストール型のe-Taxソフトまたはブラウザ版）に入力していきます。または、市販の法人税申告書作成ソフトを使う方が圧倒的に楽です。代表的なソフトは以下の通りです。

全力法人税：年間29,800円〜（消費税申告対応）、元国税調査官監修
マネーフォワードクラウド法人税：年間プラン39,800円程度
JDL IBEX出納帳Major：無料版あり、法人税申告書作成は別途
税理士いらず：年間18,000円前後

会計ソフトと申告書作成ソフトは別物で、freeeやマネーフォワードの会計ソフト料金には法人税申告書作成機能は含まれていない点に注意してください（マネーフォワードはオプションとして法人税モジュールを別売り）。

消費税申告書も同様に、課税事業者であれば作成必須です。インボイス制度開始後、登録番号を取得した1人法人は売上1,000万円未満でも課税事業者になっているケースが多いので、消費税申告書を忘れないようにしてください。

5. e-Taxで電子申告し、納税する（決算日後2か月以内）

申告書ができたら、e-Taxで電子申告します。電子申告の流れは次の通りです。

法人番号と利用者識別番号でe-Taxにログイン
電子証明書（マイナンバーカードまたは商業登記電子証明書）で電子署名
申告データを送信
受信通知をダウンロードして保管
法人税・地方法人税は税務署、地方法人税・事業税は都道府県、住民税は市町村にそれぞれ納付

地方税はeLTAXという別システムで申告するため、ここで初心者が一番混乱します。「国税はe-Tax、地方税はeLTAX」と覚えておいてください。eLTAXに対応した会計ソフトを使えば、地方税申告書も同時作成できます。

納税方法は、ダイレクト納付（口座振替）、インターネットバンキング、クレジットカード納付、コンビニ納付、税務署窓口納付など複数選べます。1人法人なら、ダイレクト納付を事前登録しておくのが一番ラクです。

自分で申告するメリット：コストと経営感覚の獲得

法人の確定申告を自分でやる最大のメリットは、もちろんコスト削減です。税理士の顧問料相場は、売上規模別に以下のような目安があります。

年間売上	顧問料月額	決算料	年間合計
1,000万円未満	2.0〜3.0万円	10〜15万円	34〜51万円
1,000〜3,000万円	2.5〜4.0万円	15〜20万円	45〜68万円
3,000〜5,000万円	3.5〜5.0万円	20〜25万円	62〜85万円
5,000万〜1億円	5.0〜8.0万円	25〜35万円	85〜131万円

売上1,000万円未満の1人法人なら、自分で申告することで年間30〜50万円のコスト削減になります。これは決して小さい金額ではありません。

ただし、コスト削減だけが目的なら、そこまで強くおすすめはしません。本当のメリットは経営者として数字に強くなることだと考えています。

毎日の仕訳を自分で見ていると、「広告費が売上の何%か」「粗利率がどう推移しているか」「役員報酬を上げるとどう税負担が変わるか」が体感的にわかってきます。これは税理士に丸投げしていたら絶対に身につかない感覚です。

私自身、自分でEC運営代行案件の損益管理をやり始めてから、見積もりの精度が一気に上がりました。月額20万円で受けていた案件が、実は粗利30%しかなく時給換算で2,000円を切っていたとわかったのは、自分で簿記処理を始めたからです。経営の数字を握る感覚は、フリーランス出身の経営者ほど重要です。

著述家，記者，編集者の年収・単価相場を見ても、業種別の単価感を客観データで把握しておくことは、自分の事業の値付けと税務戦略の両方に効いてきます。

自分で申告するデメリット：時間コストと税務リスク

メリットの裏側には、当然デメリットもあります。

デメリット1：時間コストが莫大

自分で申告する場合、決算1か月前から申告完了まで、純粋な作業時間で40〜80時間程度はかかります。初年度はその倍と見ておいた方がいいでしょう。1人法人の経営者にとって、この時間を本業から削ることの機会損失は無視できません。

私の事例で言うと、初年度の決算は土日を3週間つぶしました。EC案件のクライアントワークを止めると当然売上に響くので、ここは正直しんどい部分です。

デメリット2：節税の機会を逃しやすい

税理士の本当の価値は「申告書を作ること」ではなく「節税アドバイスをすること」にあります。役員報酬の設定、退職金の積立、出張旅費規程の作成、社宅家賃の活用、小規模企業共済の活用、倒産防止共済（経営セーフティ共済）の活用など、合法的な節税策は無数にあります。

これらを自分で勉強して導入するのは可能ですが、最新の税制改正をキャッチアップし続けるのはかなりの負担です。年間で30〜100万円の節税機会を見落としていた、というケースもよく聞きます。

デメリット3：税務調査リスク

申告内容にミスがあった場合、修正申告と過少申告加算税の対象になります。悪質と判断されれば重加算税35%が追加で課されます。

また、税務調査が入ったときに、税理士が立ち会わないと自分1人で税務署員と対峙することになります。法律論で押し切られるリスクが高く、本来なら通る経費が否認されることも珍しくありません。

デメリット4：銀行融資・信用力で不利

銀行から融資を受けようとすると、「税理士の決算書添付」を求められるケースが少なくありません。税理士の署名がない決算書は、銀行から見ると信頼性が一段落ちます。融資を活用して事業拡大したい場合は、この点も考慮が必要です。

自分で申告して大丈夫な法人の条件

これまでの内容を踏まえて、「自分で申告しても大丈夫な法人」の条件を整理します。以下の条件をすべて満たす法人なら、自力申告は十分に可能です。

年商1,500万円以下
取引先数が20社以下
役員1〜2名の同族会社
在庫がほぼゼロ、または棚卸が単純
固定資産が少ない（PC・什器程度）
海外取引なし
補助金・助成金の受給なし
銀行融資を予定していない
簿記3級程度の知識はある（または学ぶ意欲がある）

逆に、次のような法人は最初から税理士に依頼することを強くおすすめします。

年商3,000万円超え
従業員5名以上を雇用
在庫管理が複雑（製造業、卸売業、ECのフルライン展開）
不動産を保有
関連会社・グループ会社あり
銀行融資を活用したい
補助金・助成金を申請中

特にスタートアップ系でNPO法人が使える補助金・助成金2026年版｜活動資金の確保方法まとめに書かれているような補助金を活用する場合や、EV充電器補助金法人 2026のような設備投資系の補助金を受給する場合は、補助金の経理処理（圧縮記帳など）が複雑になるため、税理士に依頼した方が結果的に得をします。

会計ソフトの選び方：3大クラウド会計の比較

「法人確定申告自分で」を実現するために、会計ソフト選びは最重要の意思決定です。2026年現在、実用に耐える法人向けクラウド会計ソフトは事実上3社に絞られます。

freee会計

法人プラン料金：ミニマム月額2,380円〜、ベーシック月額4,780円〜
特徴：UIが最もわかりやすく、簿記知識ゼロでも使える設計
法人税申告：「freee申告」が別売り、年額39,800円〜
向いている人：初めて法人決算をする経営者、ITリテラシーが高い人
公式サイト：freee

マネーフォワードクラウド会計

法人プラン料金：スモールビジネス月額3,980円〜、ビジネス月額5,980円〜
特徴：金融機関連携の数が業界トップ。請求書・経費精算など周辺サービスも充実
法人税申告：「マネーフォワードクラウド税務」が別売り
向いている人：既存の経理経験がある人、銀行口座や決済サービスを多数使う人
公式サイト：マネーフォワード

弥生会計オンライン

法人プラン料金：セルフプラン年額30,000円程度、ベーシック年額42,000円程度
特徴：会計ソフト国内シェアNo.1の老舗、ベーシックプランは電話サポート付き
法人税申告：「やよいの法人税申告オンライン」が別売り
向いている人：経理知識のある人、サポート重視の人

法人税申告書まで完結させたいなら、会計ソフト＋申告ソフトのセットで年間7〜10万円程度の予算を見ておくと良いでしょう。それでも税理士の顧問料より圧倒的に安いのは間違いありません。

自分で申告した後の保管・税務調査対応

申告が終わったら、それで終わりではありません。法人税法では帳簿書類の10年間保管義務（電子帳簿保存法対応の場合）があります。会計データ、領収書、請求書、契約書、給与関連書類、源泉徴収関連書類など、すべて保管対象です。

2024年以降、電子取引データの電子保存が完全義務化されました。AmazonビジネスやECモールから発行されたPDF領収書、メールで送られてきた請求書PDFは、紙に印刷して保存するのではなく、電子データのまま「真実性の確保」と「可視性の確保」の要件を満たして保管する必要があります。

電子帳簿保存法の要件は次の3つです。

真実性の確保：タイムスタンプ付与、または訂正削除履歴が残るシステムでの保存
可視性の確保：取引年月日・取引金額・取引先で検索できる状態
見読可能性：いつでもディスプレイで確認できる状態

freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計ソフトを使えば、これらの要件は自動的に満たせる仕組みになっています。自前で電子保存システムを作るのは現実的ではないので、ここはクラウド会計ソフトに頼るのが正解です。

税務調査については、設立から3〜5年経過した黒字法人に入りやすい傾向があります。1人法人の場合は確率は低いものの、ゼロではありません。調査が入ったら、まず慌てずに税理士にスポット相談する判断を持っておきましょう。スポット税務調査対応の料金相場は、1日あたり10〜20万円程度です。

典型的な依頼パターンは次の3つです。

記帳代行のみ：月額15,000〜30,000円程度。日々の仕訳入力を外注し、決算・申告は自分でやる
決算書作成サポート：スポット50,000〜100,000円程度。決算整理仕訳と決算書作成までを外注し、申告書作成は自分でやる
申告書チェックのみ：スポット30,000〜50,000円程度。自分で作った申告書を税理士にレビューしてもらう

特に「申告書チェックのみ」は、自分で申告したい経営者にとって最強の選択肢です。すべて自分で作りつつ、最後に税理士の目を通すことで税務リスクを大幅に下げられます。

AIコンサル・業務活用支援のお仕事が伸びている影響で、AIを使った会計データの自動仕訳精度向上、AI監査支援、AIによる節税提案などの新サービスも生まれています。経理業務をAIで自動化しながら、人間の専門家による最終チェックを組み合わせる構成が、これからの1人法人のスタンダードになっていくはずです。

加えて、AI・マーケティング・セキュリティのお仕事カテゴリでは、税務関連のセキュアな業務委託を行うフリーランスも増えており、機密性の高いデータを扱う場合の選択肢も広がっています。

専門家への切り替えタイミングと判断基準

最後に、自分で申告するフェーズから税理士契約に切り替えるべきタイミングについて触れておきます。次のいずれかに該当したら、専門家への切り替えを真剣に検討するタイミングです。

売上が3,000万円を超えた
従業員を雇用した
設備投資を本格化させ、減価償却が複雑になった
海外取引が始まった
M&Aや事業承継の話が出てきた
銀行融資を本格的に活用したい
補助金・助成金の申請が増えてきた
自分の時間単価が税理士料金を大幅に超えてきた

特に最後の「自分の時間単価」の論点は重要です。たとえば自分の時間単価が時給10,000円で、決算・申告に年間60時間使うなら、その機会損失は60万円。これより安く税理士に依頼できるなら、迷わず外注した方が経営的に正解です。

なお、海外法人化を視野に入れている経営者は、シンガポール・ドバイでの海外法人設立コストと維持費｜タックスヘイブンの現実【2026年最新】で書かれているような国際税務の論点が出てきた時点で、絶対に国際税務に強い税理士に切り替えてください。これは自力では絶対に対応できない領域です。

税理士業界では中小企業診断士とのダブルライセンス保有者が増えており、経営アドバイスまで含めた付加価値の高いサービスを提供する事務所も多くなっています。また、医療事務技能審査試験（メディカルクラーク）のような業界特化資格を持つ税理士なら、医療法人や調剤薬局など業界固有の論点にも強いので、業種に合った専門家を選ぶのも一つの判断軸です。

法人確定申告自分でやる選択は、コスト削減だけでなく経営感覚を磨く絶好の機会です。一方で、事業フェーズに応じて専門家とハイブリッドで運用することが、最終的には最も合理的な経営判断になります。会計ソフトとクラウドソーシングを賢く組み合わせて、自社にとって最適な税務体制を組み立ててください。